Job Description P77802 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:57 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 736 % Identity 12% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.						.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.					.	.	120	.	.	.	.	.	.				.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.																				.	.	.	.										.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.																				.	.	.	.										.	.	.
Query Sequence		R	Q	D	D	Q	R	I	G	S	A	F	I	W	L	D	D	G	Q	L	R	I	R	K	I	Q	L	E	E	S	E	D	.	.	.	.	.	N	A	S	V	S	E	Q	T	R	Q	Q	L	M	A	L	A	N	A	P	.	.	.	.	F	N	E	A	L	T	I	P	L	.	.	.	T	D	N	A	Q	L	D	L	S
Query Conservation																																	.	.	.	.	.																				.	.	.	.										.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.																				.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L	D
Template Known Secondary structure																T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S									S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		L	R	Q	L	L	L	Q	L	V	V	K	R	E	A	L	G	T	V	L	R	S	R	S	E	D	I	G	Q	S	S	V	N	T	L	S	S	.	N	L	S	Y	N	L	G	V	Y	N	N	Q	L	R	N	G	G	S	N	T	S	S	Y	L	S	L	N	N	V	T	A	L	R	E	H	H	V	V	L	D	G	S	L
Query Conservation																																						.
Alig confidence																	.	.																				.
Template Conservation																	.	.
Template Sequence		V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	.	.	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W
Template Known Secondary structure		T	T	T	T								G	G	G	B	.	.	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120			.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	I	G	S	G	Q	Q	D	S	E	L	Y	K	A	M	Y	E	R	D	F	A	G	H	R	F	A	G	G	M	L	D	T	W	N	L	Q	S	L	G	P	M	T	A	I	S	A	G	K	I	Y	G	L	S	W	G	N	Q	A	S	S	T	I	F	D	S	S	Q	S	A	T	P	V	I	A	F	L	P	A	A
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.																												.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.																												.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Y	N	S	N	.	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	.	.	.	.	.	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T
Template Known Secondary structure							.	.	.														T	T	T	T											.	.	.	.	.		S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.				.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.						.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	V	H	L	T	R	D	G	R	L	L	S	V	Q	N	F	T	M	G	N	H	E	V	D	T	R	G	L	P	Y	G	I	Y	D	V	E	V	E	V	I	V	N	G	R	V	I	S	K	R	T	Q	R	V	N	K	L	F	S	R	G	R	G	V	G	A	P	L	A	W	Q	V	W	G	G	S	F	H	M	D
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.
Template Conservation																																														.	.
Template Sequence		A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	.	.	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G
Template Known Secondary structure									T	T										S												T	T	S										S	S	.	.	S													T	T				T	T														S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.			.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.									.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.			.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query Sequence		R	W	S	E	N	G	K	K	T	R	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	S	W	L	A	G	A	S	T	S	G	S	L	S	T	L	S	W	A	A	T	.	.	G	Y	G	Y	D	N	Q	A	V	G	E	T	R	L	T	L	P	L	G	G	A	I	N	V	N	L	Q	N	M	L	A	S	D	S	S	W
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S
Template Known Secondary structure			T	T	B															G	G	G											T	T														T	T															T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.
Query SS confidence																												.
Query Sequence		S	S	I	G	S	I	S	A	T	L	P	G	G	F	S	S	L	W	V	N	Q	E	K	T	R	I	.	G	N	Q	L	R	R	S	D	A	D	N	R	A	I	G	G	T	L	N	L	N	S	L	W	S	K	L	G	T	F	S	I	S	Y	N	D	D	R	R	Y	N	S	H	Y	Y	T	A	D	Y	Y	Q	N	V
Query Conservation																												.
Alig confidence																												.																																																					.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		L	N	E	S	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	.
Template Known Secondary structure				T	T	S													T	T									B	S	S					T	T	S															S	S	S													S	S												.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.													.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	G	T	F	G	S	L	G	L	R	A	G	I	Q	R	Y	N	N	G	D	S	N	A	N	T	G	K	Y	I	A	L	D	L	S	L	P	L	G	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	A	G	M	T	H	Q	N	G	Y	T	M	A	N	L	S	A	R	K	Q	F	D	E	G	T	I
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	.	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D
Template Known Secondary structure							T	T													S	S	.	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S													S	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	V	G	A	N	L	S	R	A	I	S	G	D	T	G	D	D	K	T	L	S	G	G	A	Y	A	Q	F	D	A	R	Y	A	S	G	T	L	N	V	N	S	A	A	D	G	Y	V	N	T	N	L	T	A	N	G	S	V	G	W	Q	G	K	N	I	A	A	S	G	R	T	D	G	N	A	G	V	I	F	N
Query Conservation
Alig confidence																																															.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	.	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q	P	L	N	D	T	V	V	L	V	K	A
Template Known Secondary structure															S	T	T	T															S	S											S	S	.																T	T						S				S	S
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.		.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	L	E	D	D	G	Q	I	S	A	K	I	N	G	R	I	F	P	L	N	G	K	R	N	Y	L	P	L	S	P	Y	G	R	Y	E	V	E	L	Q	N	S	K	N	S	L	D	S	Y	D	I	V	S	G	R	K	S	R	L	T	L	Y	P	G	N	V	A	V	I	E	P	E	V	K	Q	M	V	T	V	S
Query Conservation
Alig confidence										.	.																																								.	.
Template Conservation										.	.																																								.	.
Template Sequence		P	G	A	K	D	A	K	V	.	.	E	N	Q	T	G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	.	.	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L	L
Template Known Secondary structure		T	T			S		B	B	.	.	T	T	S	T	T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T			.	.		S		S						B		T	T												S
Template Predicted Secondary structure										.	.																																								.	.
Template SS confidence
		679	680	.	.	.	.	.	.			.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.			.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
		752	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.		.	.	.	.	.	.	770	.	.	.			.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.			.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.											.	.																																							.	.
Query SS confidence														.											.	.																																							.	.
Query Sequence		G	R	I	R	A	E	D	G	T	L	L	A	.	N	A	R	I	N	N	H	I	G	R	.	.	T	R	T	D	E	N	G	E	F	V	M	D	V	D	K	K	Y	P	T	I	D	F	R	Y	S	G	N	K	T	C	E	V	A	L	E	L	N	Q	.	.	A	R	G	A	V	W	V	G	D	V	V	C	S
Query Conservation														.											.	.																																							.	.
Alig confidence							.							.											.	.																													.										.	.
Template Conservation							.																																																.
Template Sequence		M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M	V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	K	V	Q	V	K	W	G	E	A	H	.	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q	Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C	R
Template Known Secondary structure							.	T	T					T	T						S	S	S	S							G	G	G									S								S					.									G	G	G	S	S		S
Template Predicted Secondary structure							.																																																.
Template SS confidence
		755	.	.	.	.		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.		.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830