Job Description P77802 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:57 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 453 % Identity 12% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	S	N	L	S	Y	N	L	G	V	Y	N	N	Q	L	R	N	G	G	S	N	T	S	S	Y	L	S	L	N	N	V	T	A	L	R	E	H	H	V	V	L	D	G	S	L	Y	G	I	G	S	G	Q	Q	D	S	E	L	Y	K	A	M	Y	E	R	D	F	A	G	H	R	F	A	G	G	M	L	D	T	W	N
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.
Template Conservation																																																					.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	S	N	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S																.	.														T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.			190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	S	L	G	P	M	T	A	I	S	A	G	K	I	Y	G	L	S	W	G	N	Q	A	S	S	T	I	F	D	S	S	Q	S	A	T	P	V	I	A	F	L	P	A	A	G	E	V	H	L	T	R	D	G	R	L	L	S	V	Q	N	F	T	M	G	N	H	E	V	D	T	R	G	L	P	Y	G	I	Y	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.									.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	V	E	V	I	V	N	G	R	V	I	S	K	R	T	Q	R	V	N	K	L	F	S	R	G	R	G	V	G	A	P	L	A	W	Q	V	W	G	G	S	F	H	M	D	R	W	S	E	N	G	K	K	T	R	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	S	W	L	A	G	A	S	T	S	G	S	L	S
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.
Template Sequence		L	Q	V	T	I	K	E	A	D	.	.	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R
Template Known Secondary structure									S	S	.	.	S																		T	T															S	T	T																G	G	G											S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.			.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		402	.	.	.	.	.	.			.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.						.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																																																																.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.																																																																.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	S	W	A	A	T	.	.	G	Y	G	Y	D	N	Q	A	V	G	E	T	R	L	T	L	P	L	G	G	A	I	N	V	N	L	Q	N	M	L	A	S	D	S	S	W	S	S	I	G	S	I	S	A	T	L	P	G	G	F	S	S	L	W	V	N	Q	E	K	T	R	I	G	.	.	.	.	.	N	Q	L
Query Conservation									.	.																																																																.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																																						.	.	.																								.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.
Template Sequence		A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	D
Template Known Secondary structure													T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	S	D	A	D	N	R	A	I	G	G	T	L	N	L	N	S	L	W	S	K	L	G	T	F	S	I	S	Y	N	D	D	R	R	Y	N	S	H	Y	Y	T	A	D	Y	Y	Q	N	V	Y	S	G	T	F	G	S	L	G	L	R	A	G	I	Q	R	Y	N	N	G	D	S	N	A	N	T	G	K	Y	I	A
Query Conservation
Alig confidence																																																		.																						.
Template Conservation																																																		.																						.
Template Sequence		Y	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	.	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	.	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A
Template Known Secondary structure					T	T	S															T	T	T													S	S	S											.						S	S													T	T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.																						.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.	.	.	.	550
		555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	L	S	L	P	L	G	N	W	F	S	A	G	M	T	H	Q	N	G	Y	T	M	A	N	L	S	A	R	K	Q	F	D	E	G	T	I	R	T	V	G	A	N	L	S	R	A	I	S	G	D	T	G	D	D	K	T	L	S	G	G	A	Y	A	Q	F	D	A	R	Y	A	S	G	T	L	N	V	N	S	A
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.
Template Conservation																																					.	.
Template Sequence		L	N	V	N	I	P	F	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	.	.	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S
Template Known Secondary structure																					T	T													T	T	.	.	T	T												T	T	S	S														S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.
Template SS confidence
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.			.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	G	Y	V	N	T	N	L	T	A	N	G	S	V
Query Conservation
Alig confidence				.
Template Conservation				.
Template Sequence		D	D	.	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure		S	S	.
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		643	.		.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.