Job Description P77802 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:57 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 458 % Identity 15% Template c2vqiA_ PDB info PDB header:transport Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein papc; PDBTitle: structure of the p pilus usher (papc) translocation pore Resolution 3.2 Å

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		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220								.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	L	S	Y	N	L	G	V	Y	N	N	Q	L	R	N	G	G	S	N	T	S	S	Y	L	S	L	N	N	V	T	A	L	R	E	H	H	V	V	L	D	G	S	L	Y	G	I	G	S	G	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	D	S	E	L	Y	K	A	M	Y	E	R	D	F	A	G	H	R	F	A	G	G	M
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.
Template Sequence		X	L	D	Y	N	L	N	G	T	V	S	R	N	Y	Q	G	G	D	S	H	Q	F	S	Y	N	G	T	V	G	G	N	L	.	P	W	R	L	R	A	D	Y	Q	G	S	Q	E	Q	S	R	Y	N	G	E	K	T	T	N	R	N	F	T	W	S	R	F	Y	L	F	R	A	I	P	R	W	R	A	N	L	T	L
Template Known Secondary structure															S	S	S															B		.																		S	S																				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																		.
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	D	T	W	N	L	Q	S	L	G	P	M	T	A	I	S	A	G	K	I	Y	G	L	S	W	G	N	Q	A	S	S	T	I	F	D	S	S	Q	S	A	T	P	V	I	A	F	L	P	A	A	G	E	V	H	L	T	R	D	G	R	L	L	S	V	Q	N	F	T	M	G	N	H	E	V	D	T	R	G	L	P
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.																		.	.	.																																																	.
Template Conservation							.	.	.	.	.																		.	.	.																																																	.
Template Sequence		G	E	N	N	I	.	.	.	.	.	N	S	D	I	F	R	S	W	S	Y	T	G	A	S	L	E	S	.	.	.	X	L	P	P	R	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	I	A	E	T	N	A	R	V	V	V	S	Q	Q	G	R	V	L	Y	D	S	X	V	P	A	G	P	F	S	I	Q	D	L	D	.	S
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.			S	S	S													.	.	.				G	G	G	S											S	S	S								T	T										S										.	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.																		.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.						.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.					.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	I	Y	D	V	E	V	E	V	I	V	N	G	R	V	I	S	K	R	T	Q	R	V	N	K	L	F	S	R	G	R	G	V	G	A	P	L	A	W	Q	V	W	G	G	S	F	H	M	D	R	W	S	E	.	.	.	.	N	G	K	K	T	R	P	A	K	E	S	W	L	A	G	A	S	T	S	G	S	L
Query Conservation																																																								.	.	.	.
Alig confidence																.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation																.	.
Template Sequence		S	V	R	G	R	L	D	V	E	V	I	E	Q	N	.	.	G	R	K	K	T	F	Q	V	D	T	A	S	V	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	L	V	S	G	R	S	R	G	Y	E	G	P	V	F	A	T	G	E	A	S	W	G	L	S	N	Q	W	S	L	Y	G	G	A	V	L	A	G	D	Y
Template Known Secondary structure		T			S									T	T	.	.	S																		T	T																													S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.			.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.																																																														.
Query SS confidence													.	.																																																														.
Query Sequence		S	T	L	S	W	A	A	T	G	Y	G	.	.	Y	D	N	Q	A	V	G	E	T	R	L	T	L	P	L	G	G	A	I	N	V	N	L	Q	N	M	L	A	S	D	S	S	W	S	S	I	G	S	I	S	A	T	L	P	G	G	F	S	S	L	W	V	N	Q	E	K	T	R	I	G	N	.	Q	L	R	R	S
Query Conservation													.	.																																																														.
Alig confidence													.	.																																			.	.	.	.																								.
Template Conservation																																																	.	.	.	.
Template Sequence		N	A	L	A	A	G	A	G	W	D	L	G	V	P	G	T	L	S	A	D	I	T	Q	S	V	A	R	I	E	G	E	R	T	F	Q	G	K	S	W	R	L	S	Y	S	K	R	F	.	.	.	.	D	D	I	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	R	N	Y	X	T	X	E	Q	Y	L	N	A	R	Y	R	N	D
Template Known Secondary structure													S	S	S															T	T	T																	.	.	.	.													T	T													S
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.					430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.		.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.				.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.																				.	.	.
Query SS confidence																							.																				.	.	.
Query Sequence		D	A	D	N	R	A	I	G	G	T	L	N	L	N	S	L	W	S	K	L	G	.	T	F	S	I	S	Y	N	D	D	R	R	Y	N	S	H	Y	Y	T	A	.	.	.	D	Y	Y	Q	N	V	Y	S	G	T	F	G	S	L	G	L	R	A	G	I	Q	R	Y	N	N	G	D	S	N	A	N	T	G	K	Y	I
Query Conservation																							.																				.	.	.
Alig confidence																							.																				.	.	.						.																				.	.	.
Template Conservation																																																			.																				.	.	.
Template Sequence		Y	S	S	R	E	K	E	X	Y	T	V	T	L	N	K	N	V	A	D	W	N	T	S	F	N	L	Q	Y	S	R	Q	T	Y	W	D	I	R	K	T	D	Y	Y	T	V	S	V	N	R	Y	.	F	N	V	F	L	Q	G	V	A	V	G	L	S	A	S	R	S	K	Y	.	.	.	L	G	R	D	N	D	S	A
Template Known Secondary structure																			T	T	T	T													S	S	S														.			S	S	S															.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.																				.	.	.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530				.	.	.	.	.	.	.	.
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	D	L	S	L	P	L	G	N	W	F	S	A	G	M	T	H	Q	N	G	Y	T	M	A	N	L	S	A	R	K	Q	F	D	E	G	T	I	R	T	V	G	A	N	L	S	R	A	I	S	G	D	T	G	D	D	K	T	L	S	G	G	A	Y	A	Q	F	D	A	R	Y	A	S	G	T	L	N	V	N	S
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	R	I	S	V	P	L	G	T	G	T	A	S	Y	S	G	S	X	S	N	D	R	Y	V	N	X	A	G	Y	T	D	T	F	N	D	G	L	D	S	Y	S	L	N	A	G	L	N	.	.	.	.	S	G	L	T	S	Q	R	Q	I	N	A	Y	Y	S	H	R	S	P	L	A	N	L	S	A	N	I	A	S
Template Known Secondary structure										T	T											T	T													G	G	G	T											.	.	.	.																		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.					.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
		634	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	D	G	Y	V	N	T	N	L	T	A	N	G	S	V	G	W	Q	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	K	G	Y	T	S	F	G	V	S	A	S	G	G	A	T	I	T	G
Template Known Secondary structure			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.