Job Description P76464 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 737 % Identity 16% Template c3pvmB_ PDB info PDB header:immune system Chain: B: PDB Molecule:cobra venom factor; PDBTitle: structure of complement c5 in complex with cvf Resolution 4.30 Å

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		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	I	F	T	D	R	P	L	Y	R	A	G	D	R	V	D	V	K	V	I	G	R	E	F	H	D	P	L	H	S	S	P	I	V	S	A	P	A	K	L	S	V	L	D	A	N	G	S	L	L	Q	T	V	N	V	T	L	D	A	R	N	G	G	Q	G	S	F	R	L	P	E	N	A	V	A	G	G	Y	E
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Sequence		L	F	I	Q	T	D	K	G	I	Y	T	P	G	S	P	V	L	Y	R	V	F	S	M	D	H	N	T	S	.	.	.	.	.	K	M	N	K	T	V	I	V	E	F	Q	T	P	E	G	I	L	V	S	S	N	S	V	D	.	.	.	.	L	N	F	F	W	P	Y	N	L	P	D	L	V	S	L	G	T	W	R
Template Known Secondary structure							S		S				T	T															S	.	.	.	.	.													T	T	S										.	.	.	.	S	S									S	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.						.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.					180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		425	.	.	.	.	430	.			.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.			.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.		.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																															.	.																					.
Query SS confidence									.	.																															.	.																					.
Query Sequence		L	R	L	A	Y	R	N	.	.	Q	V	Y	S	S	S	F	R	V	A	N	Y	I	K	P	H	F	E	I	G	L	A	L	A	K	K	E	F	K	T	.	.	G	E	A	V	S	G	K	L	Q	L	L	Y	P	D	G	E	P	V	K	N	.	A	R	V	Q	L	S	L	R	A	Q	Q	L	S	M	V	G	N	D
Query Conservation									.	.																															.	.																					.
Alig confidence									.	.																															.	.																					.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	A	K	Y	E	H	S	P	E	N	Y	T	A	Y	F	D	V	R	K	Y	V	L	P	S	F	E	V	R	L	Q	P	S	E	K	F	F	Y	I	D	G	N	E	N	F	H	V	S	I	T	A	R	Y	L	Y	G	E	E	V	E	G	V	A	F	V	L	F	G	V	K	I	D	D	A	K	K	S	I	P	D
Template Known Secondary structure							T	T																		S								S	S	S				T	T														T	T	T																T	T						G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.										.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.			.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		L	R	Y	A	G	R	F	P	V	S	L	E	G	S	E	T	V	S	D	A	S	G	H	V	A	L	N	L	P	A	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	S	R	Y	L	L	T	V	S	A	S	D	G	A	A	.	.	Y	R	V	T	T	T	K	E	I	L	I	E	R	G	L	A	H	Y	S	L	S
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	R	I	P	I	I	D	G	D	G	K	A	T	L	K	R	D	T	F	R	S	R	F	P	N	L	N	E	L	V	G	H	T	L	Y	A	S	V	T	V	M	T	E	S	G	S	D	M	V	V	T	E	Q	S	G	I	H	I	V	A	S	P	Y	Q	I	H	F	T
Template Known Secondary structure		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							B	T	T																						T	T												T	T	S	S														S		S						S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		279											280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.		.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640						.	.
Predicted Secondary structure																																																												.															.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.															.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	A	Q	Y	S	N	S	G	E	S	V	V	F	R	Y	A	A	L	E	S	S	K	Q	V	P	V	T	Y	E	W	L	R	L	E	D	R	T	S	H	S	G	E	L	P	S	G	G	K	S	F	T	V	N	F	A	K	P	.	G	N	Y	N	L	T	L	R	D	K	D	G	L	I	.	.	.	.	.	L	A
Query Conservation																																																												.															.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																																							.															.	.	.	.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		K	T	P	K	Y	F	K	P	G	M	P	Y	E	L	T	V	Y	V	T	.	N	P	D	G	S	P	A	A	H	V	P	V	V	S	E	A	F	H	S	M	G	T	T	L	S	D	G	T	A	K	L	I	L	N	I	P	L	N	A	Q	S	L	P	I	T	V	R	T	N	H	G	D	L	P	R	E	R	Q	A	T
Template Known Secondary structure		S	S		S				T	T	S										.		T	T	S		B			S						G	G	G	T							T	T	S										T	T													T	T	S		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.		.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
		643	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.								.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	L	S	H	A	V	S	G	K	G	S	T	A	H	T	G	T	V	D	I	V	A	D	K	T	L	Y	Q	P	G	E	T	A	K	M	L	I	T	F	P	E	P	I	D	E	.	.	.	.	.	.	.	A	L	L	T	L	E	R	D	R	V	E	Q	Q	S	L	L	S	H	P	A	N	W	L	T	L	Q	R	L
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	S	M	T	A	I	A	Y	Q	T	Q	G	G	S	G	N	Y	L	H	V	A	I	T	S	T	E	I	K	P	G	D	N	L	P	V	N	F	N	V	K	G	N	A	N	S	L	K	Q	I	K	Y	F	T	Y	L	I	L	N	K	G	K	I	F	K	V	G	R	Q	P	R	R	D	G	Q	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												G	G	G													S	B		T	T											S						T	T											T	T												T	T		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
		716	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.		.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.		.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.																.
Query SS confidence																													.																.
Query Sequence		N	D	T	Q	Y	E	A	R	V	P	V	S	N	S	F	A	P	N	I	T	F	S	V	L	Y	T	R	.	N	G	Q	Y	S	F	Q	N	A	G	I	K	V	A	V	.	P	Q	L	D	I	R	V	K	T	D	K	T	H	Y	Q	P	G	E	L	V	N	V	E	L	T	S	S	L	K	G	K	P	V	S	A	Q
Query Conservation																													.																.
Alig confidence		.	.																										.																.																														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	N	L	V	T	M	N	L	H	I	T	P	D	L	I	P	S	F	R	F	V	A	Y	Y	Q	V	G	N	N	E	I	V	A	D	S	V	W	V	D	V	K	D	T	C	M	G	T	L	V	V	K	G	D	N	L	I	Q	M	P	G	A	A	M	K	I	K	L	E	G	D	P	G	.	.	.	.	.	A	R
Template Known Secondary structure		.	.	S										G	G	G	T	T											T	T	T											B					S	S											B		T	T											T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
				502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.						.	.
		794	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	V	G	V	V	D	E	M	I	Y	A	L	Q	P	E	I	A	P	N	I	G	K	F	F	Y	P	L	G	R	N	N	V	R	T	S	S	S	L	S	F	I	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	A	L	S	S	E	P	V	A	P	G	A	T	N	R	S	E	R	R
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	L	V	A	V	D	K	A	V	Y	V	L	N	D	K	Y	K	I	S	Q	A	K	I	W	D	T	I	E	K	S	D	F	G	C	T	A	G	S	G	Q	N	N	L	G	V	F	E	D	A	G	L	A	L	T	T	S	T	N	L	N	T	K	Q	R	S	A	A	K	C	P	Q	P	A	N	E	D	G	F	I
Template Known Secondary structure															T	T	T	T	S												T	T					S	S	B			S	S															T	T	S		B							S	S			S				T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		575	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.
		858	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.						.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.		.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																																				.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.																																				.
Query Sequence		V	K	M	L	E	R	P	R	R	E	E	V	D	T	A	A	W	M	P	S	L	T	T	D	.	.	.	.	.	K	Q	G	K	A	Y	F	T	F	L	M	P	D	S	L	T	R	W	R	I	T	A	R	G	M	N	G	D	G	L	V	G	Q	G	R	.	A	Y	L	R	S	E	K	N	L	Y	M	K	W	S	M
Query Conservation																										.	.	.	.	.																																				.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																																				.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	S	D	I	I	S	R	S	D	F	P	K	S	W	L	W	L	T	K	D	L	T	E	E	P	N	S	Q	G	I	S	S	K	T	M	S	F	Y	L	R	D	S	I	T	T	W	V	V	L	A	V	S	F	T	P	T	K	G	I	C	V	A	E	P	Y	E	I	R	V	M	K	V	F	F	I	D	L	Q	M
Template Known Secondary structure			G	G	G				B					S											S				T	T	S												S		S	S										B	T	T	T	B			B								B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		741	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820
		932	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.											.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.		.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.
Query Sequence		P	T	V	Y	R	V	G	D	K	P	A	A	G	L	F	I	F	S	Q	Q	D	N	E	P	V	A	L	V	T	K	F	A	G	A	E	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	T	L	T	L	H	K	G	A	N	.	Y	I	S	L	T	Q	N	I	Q	Q	S	G	L	L	S	A	E	L	Q	Q	.	.
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Y	S	V	V	K	N	E	Q	V	E	I	R	A	I	L	H	N	Y	V	N	E	D	I	Y	V	R	V	E	L	L	Y	N	P	A	F	C	S	A	S	T	K	G	Q	R	Y	R	Q	Q	F	P	I	K	A	L	S	S	R	A	V	P	F	V	I	V	P	L	E	Q	G	L	H	D	V	E	I	K	A	S	V
Template Known Secondary structure			S				T	T													S	S	S												T	T				S			S	S	S										S	S													S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		821	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900
			999	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030															.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.
Predicted Secondary structure		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query SS confidence		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Query Sequence		.	N	G	Q	V	Q	D	S	I	S	T	K	L	S	F	V	D	N	S	W	P	V	E	Q	Q	K	N	V	M	L	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	A	L	M	L	P	E	Q	A	.	S	N	I	R	L	Q	S	S	E	T	P	Q	E	I	F	R	N	N	L	D	A	L
Query Conservation		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Alig confidence		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.															.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	E	A	L	W	S	D	G	V	R	K	K	L	K	V	V	P	E	G	V	Q	K	S	I	V	T	I	V	K	L	D	P	R	A	K	G	V	G	G	T	Q	L	E	V	I	K	A	R	K	L	D	D	R	V	P	D	T	E	I	E	T	K	I	I	I	Q	G	D	P	H	K	D	.	.	.	.	.	L	N	L
Template Known Secondary structure		S	S	S	S														S	S													T	T	T	T		S	S	S													S	S		T	T																	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		901	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.						.	.	.
		1063	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110			.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140
Predicted Secondary structure																																																		.	.
Query SS confidence																																																		.	.
Query Sequence		V	D	E	P	W	G	G	V	I	N	T	G	S	R	L	I	P	L	S	L	A	W	R	S	L	A	D	H	Q	S	A	A	A	N	D	I	R	Q	M	I	Q	D	N	R	L	R	L	M	.	.	Q	L	A	G	P	G	A	R	F	T	W	W	G	E	D	G	N	G	D	A	F	L	T	A	W	A	W	Y	A	D
Query Conservation																																																		.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Sequence		D	I	T	I	E	L	P	D	R	E	V	P	I	R	Y	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	E	N	A	L	L	A	R	T	V	E	T	K	L	N	Q	D	I	T	V	T	A	S	G	D	G	K	.	A	T	M	T	I	L	T	F	Y	N	A	Q	L	V
Template Known Secondary structure								T	T		S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	S	S								S	S											S	S		.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template SS confidence
		1276	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.