Job Description P76464 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 527 % Identity 18% Template c3hrzA_ PDB info PDB header:immune system Chain: A: PDB Molecule:cobra venom factor; PDBTitle: cobra venom factor (cvf) in complex with human factor b Resolution 2.20 Å

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		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290				.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.									.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure																															.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	V	S	G	K	E	L	L	V	W	T	A	G	K	K	Q	G	E	A	K	P	G	S	E	I	L	W	T	.	.	.	D	G	L	G	V	M	T	R	G	V	T	D	D	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Q	L	Q	H	I	S	P	E	R	S	Y	I	L	G	K	D	A	E	G	G	V	F	V
Query Conservation																															.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.							.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.
Template Sequence		V	L	R	T	D	T	E	E	Q	I	L	V	E	A	H	G	D	S	T	P	K	Q	.	L	D	I	F	V	H	D	F	P	R	K	Q	K	T	L	F	Q	T	R	V	D	M	N	P	A	G	G	M	L	V	T	P	T	I	E	I	P	A	K	E	V	S	T	D	N	Q	Y	V	V	V	Q	V	T	G	P	Q	V
Template Known Secondary structure					B	T	S										S							.									T	T			S											G	G	G	T	T								B		G	G	G	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.		.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	E	N	F	F	Y	E	S	E	I	Y	N	T	R	L	Y	I	F	T	D	R	P	L	Y	R	A	G	D	R	V	D	V	K	V	I	G	R	E	F	H	D	P	L	H	S	S	P	I	V	S	A	P	A	K	L	S	V	L	D	A	N	G	S	L	L	Q	T	V	N	V	T	L	D	A	R	N	G	G	Q	G
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Sequence		R	L	E	K	V	V	L	L	S	Y	Q	S	S	F	L	F	I	Q	T	D	K	G	I	Y	T	P	G	S	P	V	L	Y	R	V	F	S	M	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	T	V	I	V	E	F	Q	T	P	E	G	I	L	V	S	S	N	S	V	.	.	.	.	D	L	N	F	F	W
Template Known Secondary structure														S							S		S				T	T										S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T										.	.	.	.	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.													130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.					150	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.			.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.			.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.																																.	.																				.
Query SS confidence																							.	.																																.	.																				.
Query Sequence		S	F	R	L	P	E	N	A	V	A	G	G	Y	E	L	R	L	A	Y	R	N	.	.	Q	V	Y	S	S	S	F	R	V	A	N	Y	I	K	P	H	F	E	I	G	L	A	L	A	K	K	E	F	K	T	G	.	.	E	A	V	S	G	K	L	Q	L	L	Y	P	D	G	E	P	V	K	N	.	A	R	V	Q
Query Conservation																							.	.																																.	.																				.
Alig confidence																							.	.																																.	.																				.
Template Conservation
Template Sequence		P	Y	N	L	P	D	L	V	S	L	G	T	W	R	I	V	A	K	Y	E	H	S	P	E	N	Y	T	A	Y	F	D	V	R	K	Y	V	L	P	S	F	E	V	R	L	Q	P	S	E	K	F	F	Y	I	D	G	N	E	N	F	H	V	S	I	T	A	R	Y	L	Y	G	E	E	V	E	G	V	A	F	V	L
Template Known Secondary structure							S	S													T	T		S																S								S	S	S				T	T														T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.												.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	L	R	A	Q	Q	L	S	M	V	G	N	D	L	R	Y	A	G	R	F	P	V	S	L	E	G	S	E	T	V	S	D	A	S	G	H	V	A	L	N	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	D	K	P	S	R	Y	L	L	T	V	S	A	S	D	G	A	A	Y	R	V	T	T	T	K
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	G	V	K	I	D	D	A	K	K	S	I	P	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	R	I	P	I	I	D	G	D	G	K	A	T	L	K	R	D	T	F	R	S	R	F	P	N	L	N	E	L	V	G	H	T	L	Y	A	S	V	T	V	M	T	E	S	G	S	D	M	V	V	T	E	Q	S
Template Known Secondary structure							T	T						G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							B	T	T																		G	G	G	G	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.											.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
		555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.	.	.	630	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.
Query SS confidence																																																																								.
Query Sequence		E	I	L	I	E	R	G	L	A	H	Y	S	L	S	T	A	A	Q	Y	S	N	S	G	E	S	V	V	F	R	Y	A	A	L	E	S	S	K	Q	V	P	V	T	Y	E	W	L	R	L	E	D	R	T	S	H	S	G	E	L	P	S	G	G	K	S	F	T	V	N	F	A	.	K	P	G	N	Y	N	L	T	L
Query Conservation																																																																								.
Alig confidence																																			.																																					.
Template Conservation																																			.
Template Sequence		G	I	H	I	V	A	S	P	Y	Q	I	H	F	T	K	T	P	K	Y	F	K	P	G	M	P	Y	E	L	T	V	Y	V	T	.	N	P	D	G	S	P	A	A	H	V	P	V	V	S	E	A	F	H	S	M	G	T	T	L	S	D	G	T	A	K	L	I	L	N	I	P	L	N	A	Q	S	L	P	I	T	V
Template Known Secondary structure							S	S	S						T	T	S		S				T	T	S										.		T	T	S		B		T	T						G	G	G	T							T	T	S										T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																			.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.		.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		634	.	.	.	.	.						640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.								.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	K	D	G	L	.	.	.	.	.	I	L	A	G	L	S	H	A	V	S	G	K	G	S	T	A	H	T	G	T	V	D	I	V	A	D	K	T	L	Y	Q	P	G	E	T	A	K	M	L	I	T	F	P	E	P	I	D	E	.	.	.	.	.	.	.	A	L	L	T	L	E	R	D	R	V	E	Q	Q	S
Query Conservation								.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	N	H	G	D	L	P	R	E	R	Q	A	T	K	S	M	T	A	I	A	Y	Q	T	Q	G	G	S	G	N	Y	L	H	V	A	I	T	S	T	E	I	K	P	G	D	N	L	P	V	N	F	N	V	K	G	N	A	N	S	L	K	Q	I	K	Y	F	T	Y	L	I	L	N	K	G	K	I	F	K	V	G
Template Known Secondary structure						T	T	S		G	G	G	S													G	G	G													S			T	T											S							T											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
		702	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.		.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.		.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.																	.
Query SS confidence																																											.																	.
Query Sequence		L	L	S	H	P	A	N	W	L	T	L	Q	R	L	N	D	T	Q	Y	E	A	R	V	P	V	S	N	S	F	A	P	N	I	T	F	S	V	L	Y	T	R	.	N	G	Q	Y	S	F	Q	N	A	G	I	K	V	A	V	P	.	Q	L	D	I	R	V	K	T	D	K	T	H	Y	Q	P	G	E	L	V	N	V
Query Conservation																																											.																	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.																													.																	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Q	P	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	N	L	V	T	M	N	L	H	I	T	P	D	L	I	P	S	F	R	F	V	A	Y	Y	Q	V	G	N	N	E	I	V	A	D	S	V	W	V	D	V	K	D	T	C	M	G	T	L	V	V	K	G	D	N	L	I	Q	M	P	G	A	A	M	K	I
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S										G	G	G		S											T	T	T																S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		472	.	.	.	.									.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
		780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	T	S	S	L	K	G	K	P	V	S	A	Q	L	T	V	G	V	V	D	E	M	I	Y	A	L	Q	P	E	I	A	P	N	I	G	K	F	F	Y	P	L	G	R	N	N	V	R	T	S
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	E	G	D	P	G	.	.	.	.	.	A	R	V	G	L	V	A	V	D	K	A	V	Y	V	L	N	D	K	Y	K	I	S	Q	A	K	I	W	D	T	I	E	K	S	D	F	G	C	T
Template Known Secondary structure						S	T	T	.	.	.	.	.																		S	S														T		S			S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550						.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.