Job Description P76464 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 1209 % Identity 14% Template c3cu7A_ PDB info PDB header:immune system Chain: A: PDB Molecule:complement c5; PDBTitle: human complement component 5 Resolution 3.10 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	G	K	E	L	L	V	W	T	A	G	K	K	Q	G	E	A	K	P	G	S	E	I	L	W	T	D	G	L	G	V	M	T	R	G	V	T	D	D	S	G	T	L	Q	L	Q	H	I	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	S	Y	I	L	G	K	D	A	E	G
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.											.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.											.	.	.
Template Sequence		R	V	G	A	S	E	N	I	V	I	Q	V	Y	G	Y	T	E	A	F	.	D	A	T	I	S	I	K	S	Y	P	.	.	.	D	K	K	F	S	Y	S	S	G	H	V	H	L	S	S	E	N	K	F	Q	N	S	A	I	L	T	I	Q	P	K	Q	L	P	G	G	Q	N	P	V	S	Y	V	Y	L	E	V	V
Template Known Secondary structure			T	T													S			B	.									T	T	.	.	.						S				B			B		T	T	T	T	T															S	S
Template Predicted Secondary structure																					.											.	.	.
Template SS confidence
		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60				.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	F	V	S	E	N	F	F	Y	E	S	E	I	Y	N	T	R	L	Y	I	F	T	D	R	P	L	Y	R	A	G	D	R	V	D	V	K	V	I	G	R	E	F	H	D	P	L	H	S	S	P	I	V	S	A	P	A	K	L	S	V	L	D	A	N	G	S	L	L	Q	T	V	N	V	T	L	D	A	R	N
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	H	F	S	K	S	K	R	M	P	I	T	Y	D	N	G	F	L	F	I	H	T	D	K	P	V	Y	T	P	D	Q	S	V	K	V	R	V	Y	S	L	N	D	D	L	K	.	.	.	.	.	P	A	K	R	E	T	V	L	T	F	I	D	P	E	G	S	E	V	D	M	V	E	E	I	D	H	I	G	I
Template Known Secondary structure			S	S														S							S		S				T	T												T	T		S	.	.	.	.	.													T	T	T											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.						.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.				.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.			.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.																																	.	.
Query SS confidence																											.	.	.																																	.	.
Query Sequence		G	G	Q	G	S	F	R	L	P	E	N	A	V	A	G	G	Y	E	L	R	L	A	Y	R	N	.	.	.	Q	V	Y	S	S	S	F	R	V	A	N	Y	I	K	P	H	F	E	I	G	L	A	L	A	K	K	E	F	K	T	G	E	.	.	A	V	S	G	K	L	Q	L	L	Y	P	D	G	E	P	V	K	N
Query Conservation																											.	.	.																																	.	.
Alig confidence																											.	.	.																																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	F	P	D	F	K	I	P	S	N	P	R	Y	G	M	W	T	I	K	A	K	Y	K	E	D	F	S	T	T	G	T	A	Y	F	E	V	K	E	Y	V	L	P	H	F	S	V	S	I	E	P	E	Y	N	F	I	G	Y	K	N	F	K	N	F	E	I	T	I	K	A	R	Y	F	Y	N	K	V	V	T	E
Template Known Secondary structure											S	S												B	S	S	S																		S	S							S		S				S	T	T	S	S											T	T	T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.												.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query Sequence		A	R	V	Q	L	S	L	R	A	Q	Q	L	S	M	V	G	N	D	L	R	Y	A	G	R	F	P	V	S	L	E	G	S	E	T	V	S	D	A	S	G	H	V	A	L	N	L	P	A	A	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	R	Y	L	L	T	V	S	A	S	D	G	A	A	.	.	Y
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.
Template Sequence		A	D	V	Y	I	T	F	G	I	R	E	D	L	K	D	D	Q	K	E	M	M	Q	T	A	.	.	.	.	.	M	Q	N	T	M	L	I	N	G	I	A	Q	V	T	F	D	S	E	T	A	V	K	E	L	S	Y	Y	S	L	E	D	L	N	N	K	Y	L	Y	I	A	V	T	V	I	E	S	T	G	G	F	S
Template Known Secondary structure												S		S	S		S						S	S		.	.	.	.	.		B						T	T	B							T	T	T	T	T	T	T	T	S	S				S	T	T			S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.						.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.														.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	T	T	T	K	E	I	L	I	E	R	G	L	A	H	Y	S	L	S	T	A	A	Q	Y	S	N	S	G	E	S	V	V	F	R	Y	A	A	L	E	S	S	K	Q	V	P	V	T	Y	E	W	L	R	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	T	S	H	S	G	E	L	P	S	G
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.
Template Sequence		E	E	A	E	I	P	G	I	K	Y	V	L	S	P	Y	K	L	N	L	V	A	T	P	L	F	L	K	P	G	I	P	Y	P	I	K	V	Q	V	K	.	D	S	L	D	Q	L	V	G	G	V	P	V	T	L	N	A	Q	T	I	D	V	N	Q	E	T	S	D	L	D	P	S	K	S	V	T	R	V	D	D	G
Template Known Secondary structure													S		S						B	S			S				S	S	S										.		T	T			B			S												T	T	S														S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.		.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
		616	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640						.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.																	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	S	F	T	V	N	F	A	.	K	P	G	N	Y	N	L	T	L	R	D	K	D	G	L	I	.	.	.	.	.	L	A	G	L	S	H	A	V	S	G	K	G	S	T	A	H	T	G	T	V	D	I	V	A	D	K	T	L	Y	Q	P	G	E	T	A	K	M	L	I	T	F	P	E	P	I	D	E	A	L
Query Conservation											.																	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	S	F	V	L	N	L	P	S	G	V	T	V	L	E	F	N	V	K	T	D	A	P	D	L	P	E	E	N	Q	A	R	E	G	Y	R	A	I	A	Y	S	S	L	S	Q	S	Y	L	Y	I	D	W	T	D	N	H	K	A	L	L	V	G	E	H	L	N	I	I	V	T	P	K	S	P	Y	I	D	K	I
Template Known Secondary structure											T	T													T	T	S		G	G	G	S													T	T	S										S	S	S	S	B		T	T													S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
		690	.						.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.					.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.																	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.																	.	.
Query Sequence		L	T	.	.	.	.	.	L	E	R	D	R	V	E	Q	Q	S	L	L	S	H	P	A	N	W	L	T	L	Q	R	L	N	D	T	Q	Y	E	A	R	V	P	V	S	N	S	F	A	P	N	I	T	F	S	V	L	Y	T	R	.	.	.	.	N	G	Q	Y	S	F	Q	N	A	G	I	K	V	A	V	P	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.																	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	H	Y	N	Y	L	I	L	S	K	G	K	I	I	H	F	G	T	R	E	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	A	S	Y	Q	S	I	N	I	P	V	T	Q	N	M	V	P	S	S	R	L	L	V	Y	Y	I	V	T	G	E	Q	T	A	E	L	V	S	D	S	V	W	L	N	I	E	E	K	C	G
Template Known Secondary structure											T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S										G	G	G	S	S													S	S	S												B					S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.									.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
			759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	Q	L	D	I	R	V	K	T	D	K	T	H	Y	Q	P	G	E	L	V	N	V	E	L	T	S	S	L	K	G	K	P	V	S	A	Q	L	T	V	G	V	V	D	E	M	I	Y	A	L	Q	P	E	I	A	P	N	I	G	K	F	F	Y	P	L	G	R	N	N	V	R	T	S	S	S	L	S	F	I	S	Y
Query Conservation		.
Alig confidence		.																													.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	L	Q	V	H	L	S	P	D	A	D	A	Y	S	P	G	Q	T	V	S	L	N	M	A	T	G	M	D	.	.	.	.	.	S	W	V	A	L	A	A	V	D	S	A	V	Y	G	V	Q	R	G	A	K	K	P	L	E	R	V	F	Q	F	L	E	K	S	D	L	G	C	G	A	G	G	G	L	N	N	A
Template Known Secondary structure		S							S	S			S	S	B		T	T										S	S		.	.	.	.	.							B			T	T	T	T		S	S			T	T		S								T	T	T	T					S	S	S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.						.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
		838	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	F	H	L	A	G	L	T	F	L	T	N	A	N	A	D	D	S	Q	E	N	D	E	P	C	K	E	I	L	L	Q	K	K	I	E	E	I	A	A	K	Y	K	H	S	V	V	K	K	C	C	Y	D	G	A	C	V	N	N	D	E	T	C	E	Q	R	A	A	R	I	S	L	G	P	R	C	I	K	A	F
Template Known Secondary structure							T	T						S	S	S					S	S	S						S									T	G	G	G			S	S									G	G	G	S				S	S								T			S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
									840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	L	S	S	E	P	V	A	P	G	A	T	N	R	S	E	R	R	V	K	M	L	E	R	P	R	R	E	E	V	D	T	A	A	W	M	P	S	L	T	T	D	K	Q	G	K	A	Y	F	T	F	L	M	P	D	S	L	T	R	W	R	I	T	A	R	G	M	N	G	D	G	L	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.
Template Sequence		T	E	C	C	V	V	A	S	Q	L	R	A	N	I	S	L	G	R	L	H	M	K	T	L	L	P	V	S	K	P	E	I	R	S	Y	F	P	E	S	W	L	W	E	V	.	.	.	H	L	V	P	R	R	K	Q	L	Q	F	A	L	P	D	S	L	T	T	W	E	I	Q	G	I	G	I	S	N	T	G	I	C
Template Known Secondary structure													T	T														T	T					S							B					.	.	.				S	S										S	S	S												T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.
Template SS confidence
		729	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.				.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.
		913	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.								.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.		.	980	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		G	Q	G	R	A	Y	L	R	S	E	K	N	L	Y	M	K	W	S	M	P	T	V	Y	R	V	G	D	K	P	A	A	G	L	F	I	F	S	Q	Q	D	N	E	P	V	A	L	V	T	K	F	A	G	A	E	M	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	T	L	T	L	H	K	G	A	N	.	Y	I	S	L	T	Q
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	D	T	V	K	A	K	V	F	K	D	V	F	L	E	M	N	I	P	Y	S	V	V	R	G	E	Q	I	Q	L	K	G	T	V	Y	N	Y	R	T	S	G	M	Q	F	C	V	K	M	S	A	V	E	G	I	C	T	S	E	S	P	K	C	V	R	Q	K	V	E	G	S	S	S	H	L	V	T	F	T	V
Template Known Secondary structure													S									S				T	T													S	S	S		B										T	T				S	S									B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		811	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890
		985	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.																.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	I	Q	Q	S	G	L	L	S	A	E	L	Q	Q	.	N	G	Q	V	Q	D	S	I	S	T	K	L	S	F	V	D	N	S	W	P	V	E	Q	Q	K	N	V	M	L	G	G	G	D	N	A	L	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	E	Q	A	S	N	I	R	L	Q	S	S
Query Conservation																.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	L	E	I	G	L	H	N	I	N	F	S	L	E	T	W	F	G	K	E	I	L	V	K	T	L	R	V	V	P	E	G	V	K	R	E	S	Y	S	G	V	T	L	D	P	R	G	I	Y	G	T	I	S	R	R	K	E	F	P	Y	R	I	P	L	D	L	V	P	K	T	E	I	K	R	I	L	S	V	K
Template Known Secondary structure					S	S	S											T	T														S													B	T	T		T	T	T	S		B											T	T	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		901	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980
		1049	1050	.	.	.	.	.	.	.							.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.										.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	T	P	Q	E	I	F	R	N	.	.	.	.	.	.	N	L	D	A	L	V	D	E	P	W	G	G	V	I	N	T	G	S	R	L	I	P	L	S	L	A	W	R	S	L	A	D	H	Q	S	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	D	I	R	Q	M	I	Q	D	N	R	L	R	L	M	Q	L	A
Query Conservation											.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	L	V	G	E	I	L	S	A	V	L	S	Q	E	G	I	N	I	L	T	H	L	P	K	G	S	A	E	A	E	L	M	S	V	V	P	V	F	Y	V	F	H	Y	L	E	T	G	N	H	W	N	I	F	H	S	D	P	L	I	E	K	Q	K	L	K	K	K	L	K	E	G	M	L	S	I	M	S	Y	R
Template Known Secondary structure		S	S	T	T									S	S	S	S				S	S	S			S		S	S					T	T	S													T	T		G	G	G		S	S																				G	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		981	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060
		1114	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	P	G	A	R	F	T	W	W	G	E	D	G	N	G	D	A	F	L	T	A	W	A	W	Y	A	D	W	Q	A	S	Q	A	I	G	V	T	Q	Q	P	E	Y	W	Q	H	M	L	D	S	Y	A	E	Q	A	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																	.							.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.																	.							.
Template Sequence		N	A	D	Y	S	Y	S	V	W	K	G	G	.	S	A	S	T	W	L	T	A	F	A	L	R	V	L	G	Q	.	V	N	K	Y	V	E	.	Q	N	Q	N	S	I	C	N	S	L	L	W	L	V	E	N	Y	Q	L	D	N	G	S	F	K	E	N	S	Q	Y	Q	P	I	K	L	Q	G	T	L	P	V	E	A
Template Known Secondary structure			T	T	S		B		S	S	S	S	S	.																	.			T	T	S		.																	S	B		T	T	S		B				S	S								S
Template Predicted Secondary structure														.																	.							.
Template SS confidence
		1061	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1090	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.
				1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.			.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																		.	.																																										.
Query SS confidence		.	.																		.	.																																										.
Query Sequence		.	.	M	P	L	L	H	R	A	L	V	L	A	W	A	Q	E	M	N	.	.	L	P	C	K	T	L	L	K	G	L	D	E	A	I	A	R	R	G	T	K	T	E	D	F	S	E	E	D	T	R	D	I	N	D	S	L	I	L	D	T	P	.	E	S	P	L	A	D	A	V	A	N	V	L	T	M	T	L	L
Query Conservation		.	.																		.	.																																										.
Alig confidence		.	.																		.	.																																										.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	N	S	L	Y	L	T	A	F	T	V	I	G	I	R	K	A	F	D	I	C	P	L	V	K	I	D	T	A	L	I	K	A	D	N	F	L	L	E	N	T	L	P	A	Q	S	T	F	T	L	A	I	S	A	Y	A	L	S	L	G	D	K	T	H	P	Q	F	R	S	I	V	S	A	L	K	R	E	A	L
Template Known Secondary structure																			T	G	G	G	S																					S	S		S													T	T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1138	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.
		1245	.	.	.	.	1250	.	.	.							.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.								.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	A	Q	L	K	S	T	V	.	.	.	.	.	.	M	P	Q	V	Q	Q	Y	A	W	D	K	A	A	N	S	N	Q	P	L	A	H	T	V	V	L	L	N	S	G	G	D	A	T	Q	T	A	A	I	L	S	G	L	.	.	.	.	.	.	.	T	A	E	Q	S	T	I	E	R	A	L	A	M	N	W	L
Query Conservation											.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	G	N	P	P	I	Y	R	F	W	K	D	N	L	Q	H	K	D	S	S	V	P	N	T	G	T	A	R	M	V	E	T	T	A	Y	A	L	L	T	S	L	N	L	K	D	I	N	Y	V	N	P	V	I	K	W	L	S	E	E	Q	R	Y	G	G	G	F	Y	S	T	Q	D	T	I	N	A	I	E	G	L
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	S						S		S	S			S	S				S																				T	T																S		S	S	S			S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1218	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.
		1312	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	Y	M	A	T	M	P	P	V	V	L	P	A	P	A	G	A	W	A	K	H	K	L	T	G	G	G	E	D	W	R	W	V	G	Q	G	V	P	D	I	L	S	F	G	D	E	L	S	P	Q	N	V	Q	V	R	W	R	E	P	A	K	M	A	Q	Q	S	N	I	P	V	T	V	E	R	Q	L	Y	R	L
Query Conservation
Alig confidence																														.	.								.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.								.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	Y	S	L	L	V	K	Q	L	R	L	S	M	D	I	D	V	S	Y	K	H	K	G	A	L	H	N	.	.	Y	K	M	T	D	K	N	.	F	L	G	R	P	V	E	V	L	L	N	D	D	L	I	V	S	T	G	F	G	S	G	L	A	.	.	.	.	.	.	T	V	H	V	T	T	V	V	H	K	T
Template Known Secondary structure								S														S	S	S						.	.					S	S	S	.		S								S	S	S								S			S			.	.	.	.	.	.										B	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.								.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1298	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.			.	.	.	.	1330	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.							.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.
		1392	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.		1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		I	P	G	E	E	E	M	S	F	I	L	Q	P	V	T	S	N	E	I	D	S	D	A	L	Y	L	D	E	I	T	L	T	S	E	Q	D	A	V	.	L	R	Y	G	Q	V	E	V	P	L	P	P	G	A	D	V	E	R	T	T	W	G	I	S	V	N	K	P	N	A	A	K	Q	Q	G	Q	L	L	E	K	A
Query Conservation																																								.
Alig confidence														.																										.																																.	.	.	.	.
Template Conservation														.																																																										.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	S	E	E	V	C	S	F	Y	L	K	.	I	D	T	Q	D	I	Y	K	R	I	V	A	C	A	S	Y	K	P	S	R	E	E	S	S	S	G	S	S	H	A	V	M	D	I	S	L	P	T	G	I	S	A	N	E	E	D	L	K	A	L	V	E	G	V	D	Q	L	.	.	.	.	.	F	T	D	Y	Q
Template Known Secondary structure				S	S	S			S					.																				T	T			S	S				S									T	T													S	S	T	T		S	.	.	.	.	.		S	B
Template Predicted Secondary structure														.																																																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1369	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.						.	.	1440	.	.
		1471	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	E	M	G	E	L	A	Y	M	V	P	V	K	E	L	T	G	T	V	T	F	R	H	L	L	R	F	S	Q	K	G	Q	F	V	L	P	P	A	R	Y	V	R	S	Y	A	P	A	Q	Q	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	K	D	G	H	V	I	L	Q	L	N	S	I	P	S	S	D	F	L	C	V	R	F	R	I	F	E	L	F	E	V	G	F	L	S	P	A	T	F	T	V	Y	E	Y	H	R	P	D	K	Q	C
Template Known Secondary structure				T	T							S				S	S	S											S	S			S	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1455	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.