Job Description P37342 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:55:22 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 466 % Identity 16% Template c2y8nC_ PDB info PDB header:lyase Chain: C: PDB Molecule:4-hydroxyphenylacetate decarboxylase large subunit; PDBTitle: crystal structure of glycyl radical enzyme Resolution 1.75 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	E	N	A	L	Q	Q	R	C	Q	Q	I	V	T	S	P	V	L	S	P	E	Q	K	R	H	F	L	A	L	E	A	E	N	N	L	P	Y	P	Q	L	P	A	E	A	R	R	A	L	D	E	G	V	I	C	D	M	F	E	G	H	A	P	Y	K	P	R	Y	V	L	P	D	Y	A	R	F	L	A	N	G
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	S	R	G	Y	Y	Y	A	A	M	K	E	I	T	K	G	L	S	A	W	C	E	N	.	.	.	Y	S	K	R	A	K	Y	L	A	S	I	E	T	D	S	E	I	K	A	N	Y	E	K	I	E	E	V	M	G	N	I	A	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T																							.	.	.																																T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.				.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.							.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.																		.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query SS confidence																																		.																		.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query Sequence		S	E	W	L	E	L	E	G	A	K	D	L	D	D	A	L	S	L	L	T	I	L	Y	H	H	V	P	S	V	T	S	M	.	P	V	Y	L	G	Q	L	D	A	L	L	Q	P	Y	V	R	I	.	.	.	.	.	.	L	T	Q	D	E	I	D	V	R	I	K	R	F	W	R	Y	L	D	R	T	L	.	.	.
Query Conservation																																		.																		.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																										.																		.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	K	P	A	N	F	W	E	A	I	Q	M	T	L	C	C	H	F	G	V	V	N	E	D	P	Q	S	G	L	S	I	G	R	L	G	Q	V	L	Q	P	F	Y	E	K	D	V	E	D	G	I	M	T	D	E	E	V	I	E	L	L	E	L	Y	R	I	K	I	T	C	I	E	C	F	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.				S																	T	T	S								B						S										T	T	S																			T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
												154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.								.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	A	F	M	H	A	N	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	S	D	S	P	I	T	R	A	I	L	R	A	D	A	E	L	K	Q	V	S	P	N	L	T	F	I	Y	D	P	E	I	T	P	D	D	L	L	L	E	V	A	K	N	I	C	.	E	C	S	K	P	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																															.															.
Template Conservation																																																												.
Template Sequence		S	A	G	V	S	G	G	V	L	S	G	N	T	F	N	N	L	S	L	G	G	Q	N	Y	D	G	L	S	A	V	T	P	L	E	Y	L	I	V	E	A	G	M	R	N	Q	T	P	Q	P	T	L	S	V	L	Y	D	E	K	.	T	P	E	D	F	L	M	K	A	A	S	C	T	K	L	G	L	G	Y	P	A
Template Known Secondary structure							T	T	T	S	T	T											B		T	T	S	S	B																S			S		S								T	T	.	S													T	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure																																																												.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.													.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Query Sequence		I	A	N	G	P	V	H	D	K	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	G	G	Y	G	I	V	S	C	Y	N	S	L	P	L	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S	T	L	V	R	L	N	L	K	A	I	A	E	R	S	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	M	N	N	Q	T	G	M	N	F	M	M	R	N	Y	G	P	E	G	M	D	L	H	D	A	R	A	W	C	L	G	G	C	L	E	S	A	P	G	C	F	L	P	L	E	Y	N	G	K	V	T	M	I	P	G	G	A	S	P	T	C	G	T	G	V	H	F	I	G	M	P	K	V	L	E	L	V	L	T	N
Template Known Secondary structure																	G	G	G	T								T					T	T	T													T	T										S	S		S	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
														262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.												.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	L	D	D	F	F	T	R	T	L	P	H	Y	C	Q	Q	Q	I	A	I	I	D	A	R	C	E	F	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	S	H	F	F	E	N	S	F	L	V	K	E	G	L	I	N	P	E	R	F	V	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																				.	.
Template Sequence		G	L	D	K	R	T	G	K	Q	V	Y	P	P	H	N	K	K	L	.	.	D	S	Y	E	T	M	V	N	Q	W	K	E	Y	M	E	L	T	T	D	V	V	N	R	C	N	N	I	Q	M	D	I	W	R	K	Y	N	M	P	A	V	N	S	L	L	K	P	D	C	F	K	K	G	K	H	I	G	T	M	G	A
Template Known Secondary structure		T			T	T	T	T				S								.	.		S																																		S			S						S	T	T					T			G	G	G	T		S
Template Predicted Secondary structure																				.	.
Template SS confidence
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.			.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
										315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																																																				.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	P	M	F	G	M	Y	G	L	A	E	A	V	N	L	L	C	E	K	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	Y	N	S	C	I	N	F	E	S	C	G	T	I	T	F	V	N	S	L	S	S	I	K	K	N	V	F	D	D	S	K	F	T	I	E	E	M	T	D	A	M	L	N	N	F	G	F	K	T	A	Y	E	T	E	V	F	S	P	D	F	R	E	S	T	D	K	S	T	K	Y	E	K	I	F	A	A	C	V	N
Template Known Secondary structure		S			T	T																						T	T	T	S			S											T	G	G	G	B										S	T	T				B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		629	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.
		336	.	.	.	340	.		.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.										370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.		.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence								.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		A	A	R	Y	G	K	.	E	A	A	A	N	E	V	G	Y	R	I	S	A	Q	L	A	E	F	V	A	N	T	P	V	K	Y	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	K	R	A	M	L	H	A	Q	S	G	I	S	S	D	I	G	T	T	P	G	A	R	L	P	Y	G	D	E	.	P	D	P	I	T	H
Query Conservation								.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Alig confidence								.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.						.
Template Conservation																																																																			.	.	.
Template Sequence		A	P	K	Y	G	N	A	D	K	Y	A	D	E	I	F	K	A	Y	H	Y	Y	I	Y	D	M	T	H	K	F	R	S	Y	Y	G	K	P	L	Y	L	C	Q	I	S	V	S	T	H	G	P	Q	G	F	V	T	L	A	T	A	D	G	R	L	A	G	T	.	.	.	T	Y	S	D	G	S	V	S	A	A	A	G
Template Known Secondary structure		S			T	T	S																					T	T		B		T	T	S		B								T	T	T								S				T	T	S			T	T		.	.	.				S	T	T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Template SS confidence
		709	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.				.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.										.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.				430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query Sequence		L	Q	T	V	A	P	H	H	A	Y	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	I	S	D	I	L	T	L	D	E	T	I	.	.	.	K	R	N	P	Q	A	L	V	Q	L	C	L	G	A	F	K	A	G	M	R	E	F	T	A	N	V	S	G	N	D	L	V	R	V	T	G	Y	M	V	R	L	S	D
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	K	N	G	I	Y	A	I	F	E	S	A	T	V	Y	D	H	S	M	H	Q	N	A	Q	M	N	L	K	L	H	P	T	A	V	K	G	I	N	G	T	R	K	L	L	D	L	V	R	A	Y	M	R	K	G	G	F	H	V	Q	F	N	V	V	D	S	K	T	L	R	.	.	.	.	.	D	A	Q	L	T
Template Known Secondary structure					S										T	S	S		G	G	G	S	S										G	G	G	G																				T									S							.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		786	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.						.	.	.	.	860
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	K	Y	R	A	E	G	S	R	T	N	T	T	W	L	G	E	E	A	A	R	N	T	R	I	L	E	R	Q	P	R	V	I	S	H	E	Q	Q	M	R
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.
Template Sequence		P	E	K	Y	R	E	L	M	V	R	.	.	.	.	V	A	G	F	T	Q	Y	W	C	E	I	G	K	P	I	Q	D	E	V	I	Y	R	T	E	Y	D	K
Template Known Secondary structure		G	G	G		T	T					.	.	.	.		S	S					G	G	G	S											S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Template SS confidence
		861	.	.	.	.	.	.	.	.	870					.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.