Job Description P37342 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:55:22 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 467 % Identity 17% Template c2f3oB_ PDB info PDB header:unknown function Chain: B: PDB Molecule:pyruvate formate-lyase 2; PDBTitle: crystal structure of a glycyl radical enzyme from archaeoglobus2 fulgidus Resolution 2.90 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	T	S	H	E	N	A	L	Q	Q	R	C	Q	Q	I	V	T	S	P	V	L	S	P	E	Q	K	R	H	F	L	A	L	E	A	E	N	N	L	P	Y	P	Q	L	P	A	E	A	R	R	A	L	D	E	G	V	I	C	D	M	F	E	G	H	A	P	Y	K	P	R	Y	V	L	P	D	Y	A	R	F	L	A
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.													.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.													.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Y	E	G	E	K	Y	S	F	Y	Q	A	A	K	I	V	S	E	A	V	I	N	Y	G	L	R	.	.	.	Y	S	K	L	A	E	E	L	A	E	S	E	.	D	G	E	R	R	E	E	L	L	K	I	A	E	I	C	R	K	V	P	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																										.	.	.										T	T	S	.																		T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.													.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.				.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.							.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.																		.	.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence																																				.																		.	.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		N	G	S	E	W	L	E	L	E	G	A	K	D	L	D	D	A	L	S	L	L	T	I	L	Y	H	H	V	P	S	V	T	S	M	.	P	V	Y	L	G	Q	L	D	A	L	L	Q	P	Y	V	R	I	.	.	.	.	.	.	L	T	Q	D	E	I	D	V	R	I	K	R	F	W	R	Y	L	D	R	T	L	.
Query Conservation																																				.																		.	.	.	.	.	.																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																		.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	E	T	F	W	E	A	V	Q	F	V	W	L	V	Q	S	A	L	H	Q	E	N	Y	E	Q	A	I	S	M	G	R	I	D	Q	Y	L	Y	P	F	F	K	K	D	I	G	E	G	R	I	N	R	E	L	A	F	D	I	L	A	N	L	W	I	K	T	N	E	I	V	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.				S																			S		S	S						S					S								T	T	T	T	S	S																T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
														154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.								.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	A	F	M	H	A	N	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	S	D	S	P	I	T	R	A	I	L	R	A	D	A	E	L	K	Q	V	S	P	N	L	T	F	I	Y	D	P	E	I	T	P	D	D	L	L	L	E	V	A	K	N	I	C	.	E	C	S	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																																														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.																															.															.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		A	F	D	S	L	L	E	Q	Y	F	S	G	Q	A	T	N	Q	A	V	T	I	G	G	C	D	I	Y	G	N	D	A	T	N	E	L	T	Y	L	M	L	E	V	T	D	R	L	R	L	R	Q	P	N	V	H	V	R	I	N	K	G	.	S	P	E	S	F	L	K	R	L	A	E	A	I	S	S	G	C	N	N
Template Known Secondary structure											S	T	T	T											B		T	T	S		B																			S		S								T	T	.	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.		.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.									.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.			.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	H	I	A	N	G	P	V	H	D	K	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	G	G	Y	G	I	V	S	C	Y	N	S	L	P	L	A	G	.	.	G	G	S	T	L	V	R	L	N	L	K	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	R	S	E	S	L	D	D
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	L	F	F	D	D	A	A	V	K	A	L	K	N	A	E	V	D	D	R	D	A	L	N	Y	T	T	D	G	C	V	E	I	A	P	F	G	N	S	F	T	S	S	D	A	A	L	I	N	V	A	K	A	L	E	Y	A	L	N	E	G	V	D	L	Q	F	G	Y	E	F	G	A	K	T	E	K	P	K	F
Template Known Secondary structure																	T	T								T					T	T	T					S	S	S					T	T	S														T	T	T	B		T	T	T			B		S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
		267							.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.									.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		F	.	.	.	.	.	.	F	T	R	T	L	P	H	Y	C	Q	Q	Q	I	A	I	I	D	A	R	C	E	F	L	Y	Q	Q	S	H	F	F	E	N	S	F	L	V	K	E	G	L	I	N	P	E	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	M	F	G	M	Y	G	L	A	E	A	V	N	L	L	C	E	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	D	L	L	E	K	L	R	E	Q	V	S	H	I	V	K	L	V	V	R	G	S	N	V	L	S	Y	A	N	A	E	V	K	P	T	P	L	L	S	L	C	V	E	D	C	F	E	K	G	V	D	V	S	R	G	G	A	R	Y	N	F	T	G	I	Q	A	V	G	I	A	D	V	G	D	S	L	V	A	I
Template Known Secondary structure																																											T	S	T	T					T			T	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
																															332	.	.	.	.	.	.	.	340	.		.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.										370	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	G	I	A	A	R	Y	G	K	.	E	A	A	A	N	E	V	G	Y	R	I	S	A	Q	L	A	E	F	V	A	N	T	P	V	K	Y	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	K	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	A	L	N	A	G	Y	S	M	D	D	I	V	E	A	C	R	K	N	F	V	G	Y	E	K	L	H	K	L	L	L	Q	S	P	K	Y	G	N	D	D	D	A	A	D	K	Y	T	K	M	V	L	E	W	Y	C	E	E	V	N	R	H	R	N	F	R	G	G	K	F	A	A	G	C	Y	P	M	T	T	N
Template Known Secondary structure							T	T												T	T	T	S	S											S			T	T	S	S																					T		B		T	T	S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.											.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430			.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		A	M	L	H	A	Q	S	G	I	S	S	D	I	G	T	T	P	G	A	R	L	P	Y	G	D	E	P	D	P	I	T	H	L	Q	T	V	A	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	Y	Y	Y	S	G	I	S	D	I	L	T	L	D	E	T	I	K	.	.	R	N	P	Q	A	L	V	Q	L	C
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Alig confidence																				.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																				.	.	.
Template Sequence		V	G	F	G	F	F	T	S	A	L	P	S	G	R	K	S	G	E	.	.	.	P	L	N	P	G	V	S	P	S	T	G	M	D	R	E	G	V	T	A	V	I	N	S	A	S	K	L	S	Y	E	N	L	P	N	G	A	S	L	T	I	N	L	S	S	D	V	L	G	E	K	G	D	A	V	I	E	A	L	I
Template Known Secondary structure												T	T	S			T	T		.	.	.					T	T	S			T	T				S		S								T	T	S		G	G	G		T	T															S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.				.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	A	F	K	A	G	M	R	E	F	T	A	N	V	S	G	N	D	L	V	R	V	T	G	Y	M	V	R	L	S	D	L	E	K	Y	R	A	E	G	S	R	T	N	T	T	W	L	G	E	E	A	A	R	N	T	R	I	L	E	R	Q	P	R	V	I	S	H	E	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Sequence		K	S	S	M	E	L	G	V	M	H	V	Q	F	N	I	L	K	E	D	L	L	R	.	.	.	.	.	K	A	Q	Q	E	P	E	K	Y	R	W	L	L	V	R	.	.	.	.	V	A	G	W	S	A	Y	F	V	E	L	S	R	P	V	Q	E	E	V	I	R	R	I	S	C
Template Known Secondary structure							T	T		S														.	.	.	.	.			T	T		G	G	G	G	T	T					.	.	.	.		S	S	S				G	G	G	S										T	T		B
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template SS confidence
		713	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.						.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.					750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.