Job Description P37342 Confidence 97.77% Date Thu Jan 5 11:55:22 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 242 % Identity 18% Template c2cvuA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large chain PDBTitle: structures of yeast ribonucleotide reductase i Resolution 2.90 Å

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		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.						240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250				.	.	.	.	.	.	.	.			.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.												.	.	.									.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.												.	.	.									.	.
Query Sequence		T	P	D	D	L	L	L	E	V	A	K	N	I	C	E	C	S	K	P	H	I	A	N	G	P	V	H	D	K	I	F	T	K	G	G	Y	G	I	V	S	C	Y	N	S	.	.	.	.	.	L	P	L	A	G	G	G	S	T	L	V	.	.	.	R	L	N	L	K	A	I	A	.	.	E	R	S	E	S	L	D
Query Conservation																																														.	.	.	.	.												.	.	.									.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.	.												.	.	.									.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	Q	K	L	W	Y	S	I	L	E	A	Q	T	E	T	G	T	P	F	V	V	Y	K	D	A	C	N	R	K	S	N	Q	K	N	L	G	V	I	K	S	S	N	L	C	C	E	I	V	E	Y	S	A	P	D	E	T	A	V	C	N	L	A	S	V	A	L	P	A	F	I	E	T	S	E	D	G	K	T	S
Template Known Secondary structure																		S		S											T		T	T	G	G	G								T	T	S							B	T	T	B											G	G	G	G				T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	F	T	R	T	L	P	H	Y	C	Q	Q	Q	I	A	I	I	D	A	R	C	E	F	L	Y	Q	Q	S	H	F	F	E	N	S	F	L	V	K	E	G	L	I	N	P	E	R	F	V	P	M	F	G	M	Y	G	L	A	E	A	V	N	L	L	C	E	K	E	G	I	A	A	R	Y	G	K	E	A	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Y	N	F	K	K	L	H	E	I	A	K	V	V	T	R	N	L	N	R	V	I	D	R	N	Y	Y	P	V	E	E	A	R	K	S	N	M	R	H	R	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	G	V	Q	G	L	A	D	T	F	M	L	L	.	.	.	.	.	.	.	R	L	P	F	D	S	E	E	A
Template Known Secondary structure																													S	S														.	.	.	.	.	.	.	.														T	.	.	.	.	.	.	.	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.									.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.								520	.	.	.	.	.	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	E	V	G	Y	R	I	S	A	Q	L	A	E	F	V	A	N	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	Y	G	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	L	N	I	Q	I	F	E	T	I	Y	H	A	S	M	E	A	S	C	E	L	A	Q	K	D	G	P	Y	E	T	F	Q	G	S	P	A	S	Q	G	I	L	Q	F	D	M	W	D	Q	K	P	Y	G	M	W	D	W	D	T	L	R	K	D	I	M	K	H	G	V	R	N	S	L	T	M	A	P	M	P	T
Template Known Secondary structure																															T	T		T	T	S	T	G	G	G	T			G	G	G	G	G	T						S	S															S		S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
			370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	Q	K	R	A	M	L	H	A	Q	S	G	I	S	S	D	I	G	T	T	P	G	A	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	G	D	E	P	D	P	I	T	H
Query Conservation		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	T	S	Q	I	L	G	Y	N	E	C	F	E	P	V	T	S	N	M	Y	S	F	Q	V	V	N	P	Y	L	L	R	D	L	V	D	L	G	I	W	D	E	G	M	K	Q	Y	L	I	T	Q	N	G	S	I	Q	G	L	P	N	V	P	Q	E	L	K	D	L	Y	K	T	V	W	E	I	S	Q	K	T	I
Template Known Secondary structure		T	T						T			S	T	T				S		S	S																	T	T			S										T	T	T			S	S		T	T									S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	T	V	A	P	H	H	A	Y	Y	Y	S	G	I	S	D	I	L	T	L	D	E	T	I	K	R	N	P	Q	A	L	V	Q	L	C	L	G	A	F	K	A	G	M	R	E	F	T	A	N	V
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.
Template Conservation																										.	.	.
Template Sequence		I	N	M	A	A	D	R	S	V	Y	I	D	Q	S	H	S	L	N	L	F	L	R	A	P	.	.	.	T	M	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	K	G	L	K	T	G	M	Y	Y	L
Template Known Secondary structure									G	G	G		S	S									S	S		.	.	.															T	T		S				S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.
Template SS confidence
		696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.				720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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