Job Description P05824 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 10:58:56 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 202 % Identity 20% Template c2it1B_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:362aa long hypothetical maltose/maltodextrin PDBTitle: structure of ph0203 protein from pyrococcus horikoshii Resolution 1.94 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.		.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																						.
Query SS confidence																						.
Query Sequence		Q	L	T	I	S	N	F	A	I	V	R	E	L	E	I	D	F	H	S	G	.	M	T	V	I	T	G	E	T	G	A	G	K	S	I	A	I	D	A	L	G	L	C	L	G	G	R	A	E	A	D	M	V	R	T	G	A	A	R	A	D	L	C	A	R	F	S	L	K	D	T	P	A	A	L	R	W	L	E	E
Query Conservation																						.
Alig confidence																						.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	K	F	G	N	F	T	A	L	N	N	I	N	L	K	I	K	D	G	E	F	M	A	L	L	G	P	S	G	S	G	K	S	T	L	L	Y	T	I	A	G	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	T	S	G	K	I	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T													T	T									T	T	S	S										T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.												.	.	.	.	.	.	60	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Q	L	E	D	G	H	E	C	L	L	R	R	V	I	S	S	D	G	R	S	R	G	F	I	N	G	T	A	V	P	L	S	Q	L	R	E	L	G	Q	L	L	I	Q	I	H	G	Q	H	A	H	Q	L	L	T	K	P	E	H	Q	K	F	L	L	D	G	Y	A	N	E	T	S	L	L	Q	E	M	T	A	R
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	L	W	H	Q	S	C	R	D	L	A	H	H	Q	Q	L	S	Q	E	R	A	A	R	A	E	L	L	Q	Y	Q	L	K	E	L	N	E	F	N	P	Q	P	G	E	F	E	Q	I	D	E	E	Y	K	R	L	A	N	S	G	Q	L	L	T	T	S	Q	N	A	L	A	L	M	A	D	G	E	D	A	N	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	S	Q	L	Y	T	A	K	Q	L	V	S	E	L	I	G	M	D	S	K	L	S	G	V	L	D	M	L	E	E	A	T	I	Q	I	A	E	A	S	D	E	L	R	H	Y	C	D	R	L	D	L	D	P	N	R	L	F	E	L	E	Q	R	I	S	K	Q	I	S	L	A	R	K	H	H	V	S	P	E	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	K	D	V	T	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																										63	.	.	.	.	.	.	70
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	Y	Y	Q	S	L	L	E	E	Q	Q	Q	L	D	D	Q	A	D	S	Q	E	T	L	A	L	A	V	T	K	H	H	Q	Q	A	L	E	I	A	R	A	L	H	Q	Q	R	Q	Q	Y	A	E	E	L	A	Q	L	I	T	D	S	M	H	A	L	S	M	P	H	G	Q	F	T	I	D	V	K	F	D	E	H
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	P	K	D	R	N	V	G	L	V	F	Q	N	W	A	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	M	T	V	Y	K	N	I	A	F	P	L	E	L	R	K	A	P	R	E	E	I	D	K	K	V	R	E	V	A	K	M	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T						T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S													T	T																	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.														.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		H	L	G	A	D	G	A	D	R	I	E	F	R	V	T	T	N	P	G	Q	P	M	Q	P	I	A	K	V	A	S	G	G	E	L	S	R	I	A	L	A	I	Q	V	I	T	A	R	K	M	E	T	P	A	L	I	F	D	E	V	D	V	G	I	S	G	P	T	A	A	V	V	G	K	L	L	R	Q	L	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.																															.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	K	L	L	N	R	Y	P	W	Q	L	S	G	G	Q	Q	Q	R	V	A	I	A	R	A	L	V	.	.	.	.	K	E	P	E	V	L	L	L	D	E	P	L	S	N	L	D	A	L	L	R	L	E	V	R	A	E	L	K	R	L	Q	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	T	T	S		G	G	G	S															T	.	.	.	.	T			S						S	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.
Template SS confidence
																			123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.					150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.		.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.
Query SS confidence																.
Query Sequence		G	E	S	T	Q	V	M	C	V	T	H	L	P	Q	.	V	A	G	C	G	H	Q	H	Y	F	V	S	K	E	T	D	G	A	M	T	E	T	H
Query Conservation																.
Alig confidence																.													.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.
Template Sequence		E	L	G	I	T	T	V	Y	V	T	H	D	Q	A	E	A	L	A	M	A	D	R	I	A	V	I	R	.	.	.	.	E	G	E	I	L	Q	V
Template Known Secondary structure				T								S										S							.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.					.	210	.	.	.	.	.