Job Description P13036 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:33:31 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 545 % Identity 18% Template d2gufa1 SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 1.95

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		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	D	W	L	G	D	A	R	E	N	D	V	F	E	H	A	G	A	R	D	V	I	R	R	E	D	F	A	K	T	G	A	T	T	M	R	E	V	L	N	R	I	P	G	V	S	A	P	E	N	N	G	T	G	S	H	D	L	A	M	N	F	G	I	R	G	L	N	P	R	L	A	S	R	S	T	V	L	M
Query Conservation
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template Sequence		T	L	V	V	T	A	N	R	F	E	Q	P	R	S	T	V	L	A	P	T	T	V	V	T	R	Q	D	I	D	R	W	Q	S	T	S	V	N	D	V	L	R	R	L	P	G	V	D	I	T	Q	L	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	F	I	R	G	T	N	A	.	.	.	S	H	V	L	V	L	I
Template Known Secondary structure					S	T	T	T	S	S				G	G	G			S														T		S	S	S					T	T	S	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T			G	.	.	.	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.										60	.	.	.	.	.	.	.				.	.	70	.	.	.	.
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	I	P	V	P	F	A	P	Y	G	Q	P	Q	L	S	L	A	P	V	S	L	G	N	M	D	A	I	D	V	V	R	G	G	G	A	V	R	Y	G	P	Q	S	V	G	G	V	V	N	F	V	T	R	A	I	P	Q	D	F	G	I	E	A	G	V	E	G	Q	L	S	P	T	S	S	Q	N	N	P	K	E
Query Conservation
Alig confidence														.
Template Conservation														.
Template Sequence		D	G	V	R	L	N	L	A	G	V	S	G	.	S	A	D	L	S	Q	F	P	I	A	L	V	Q	R	V	E	Y	I	R	G	P	R	S	A	V	Y	G	S	D	A	I	G	G	V	V	N	I	I	T	T	R	D	E	P	G	T	E	I	S	A	G	W	G	S	N	S	Y	Q	N	Y	D	V	S	T	Q	Q	Q
Template Known Secondary structure		T	T							S	T	T	G	.	G	G	G	G	G	G	S		G	G	G		S							S								T	T		S	S																						T	T	T
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	H	N	L	M	V	G	G	T	A	D	N	G	F	G	T	A	L	L	Y	S	G	T	R	G	S	D	W	R	E	H	S	A	T	R	I	D	D	L	M	L	K	S	K	Y	A	P	D	E	V	H	T	F	N	S	L	L	Q	Y	Y	D	G	E	A	D	M	P	G	G	L	S	R	A	D	Y	D	A	D	R	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	G	D	K	T	R	V	T	L	L	G	D	Y	A	H	T	H	D	G	F	L	S	K	T	L	Y	G	A	L	E	H	N	F	T	D	A	W	S	G	F	V	R	G	Y	G	Y	D	N	R	T	N	Y	D	T	R	K	L	Y	S	Q	S	W	D	A	G	L	R	Y	N	G	E	L	I	K	S	Q	L	I	T	S
Template Known Secondary structure		S	S	T	T																													S	S	S	S																																			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	S	T	R	P	Y	D	R	F	W	G	R	R	K	L	A	S	L	G	Y	Q	F	Q	P	D	S	Q	H	K	F	N	I	Q	G	F	Y	T	Q	T	L	R	S	G	Y	L	E	Q	G	K	R	I	T	L	S	P	R	N	Y	W	V	R	G	I	E	P	R	Y	S	Q	I	F	M	I	G	P	S	A	H	E	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	H	S	K	D	Y	N	Y	D	P	H	Y	G	R	Y	D	S	S	A	T	L	D	E	M	K	Q	Y	T	V	Q	W	A	N	N	V	I	V	G	H	G	S	I	G	A	G	V	D	W	Q	K	Q	T	T	T	P	G	T	G	Y	V	E	D	G	Y	D	Q	R	N	T	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	T	T		T	T	S	T	T																				S	S																	T	T			G	G	G	S									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	G	Y	R	Y	L	N	E	S	T	H	E	M	R	Y	Y	T	A	T	S	S	G	Q	L	P	S	G	S	S	P	Y	D	R	D	T	R	S	G	T	E	A	H	A	W	Y	L	D	D	K	I	D	I	G	N	W	T	I	T	P	G	M	R	F	E	H	I	E	S	Y	Q	N	N	A	I	T	G	T	H	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	T	G	L	Q	Q	V	G	D	F	T	F	E	G	A	A	R	S	D	D	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																												341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	S	Y	N	A	P	L	P	A	L	N	V	L	Y	H	L	T	D	S	W	N	L	Y	A	N	T	E	G	S	F	G	T	V	Q	Y	S	Q	I	G	K	A	V	Q	S	G	N	V	E	P	E	K	A	R	T	W	E	L	G	T	R	Y	D	D	G	A	L	T	A	E	M	G	L	F	L	I	N	F	N	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	F	G	R	H	G	T	W	Q	T	S	A	G	W	E	F	I	E	G	Y	R	F	I	A	S	Y	G	T	S	Y	K	A	P	N	L	G	Q	L	Y	G	F	Y	G	N	P	N	L	D	P	E	K	S	K	Q	W	E	G	A	F	E	G	L	T	A	G	V	N	W	R	I	S	G	Y	R	N	D	V	S	D
Template Known Secondary structure		T	T	T																T	T																					S	T	T			T	T																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
		598	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Y	D	S	N	Q	T	N	D	T	V	T	A	R	G	K	T	R	H	T	G	L	E	T	Q	A	R	Y	D	L	G	T	L	T	P	T	L	D	N	V	S	I	Y	A	S	Y	A	Y	V	N	A	E	I	R	E	K	G	D	T	Y	G	N	L	V	P	F	S	P	K	H	K	G	T	L	G	V	D	Y	K	P
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Sequence		L	I	D	Y	D	D	H	T	L	K	Y	Y	N	E	G	K	A	R	I	K	G	V	E	A	T	A	N	F	D	T	.	.	.	.	.	.	.	G	P	L	T	H	T	V	S	Y	D	Y	V	D	A	R	N	A	I	T	.	.	.	.	D	T	P	L	L	R	R	A	K	Q	Q	V	K	Y	Q	L	D	W	Q	L
Template Known Secondary structure							T	T	T	T																						.	.	.	.	.	.	.	T	T															T	T	T	.	.	.	.			B		T	T			S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template SS confidence
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.								.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.					.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		678	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	W	T	F	N	L	N	S	D	F	Q	S	S	Q	F	A	D	N	A	N	T	V	K	E	S	A	D	G	S	T	G	R	I	P	G	F	M	L	W	G	A	R	V	A	Y	D	F	G	P	Q	M	A	D	L	N	L	A	F	G	V	K	N	I	F	D	Q	D	Y	F	I	R	S	Y	D	D	N	N	K	G
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	D	F	D	W	G	I	T	Y	Q	Y	L	G	T	R	Y	D	K	D	Y	S	S	.	.	.	.	Y	P	Y	Q	T	V	K	M	G	G	V	S	L	W	D	L	A	V	A	Y	P	V	T	.	.	.	S	H	L	T	V	R	G	K	I	A	N	L	F	D	K	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T																			S	S	.	.	.	.	S	S																				S	S	.	.	.	S	S									S	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.					.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.				.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Y	A	G	Q	P	R	T	L	Y	M	Q	G	S	L	K	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	G	R	E	Y	T	L	S	G	S	Y	T	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.