Job Description P13482 Confidence 97.51% Date Thu Jan 5 11:33:37 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 307 % Identity 15% Template d2nvpa1 SCOP info alpha/alpha toroid Six-hairpin glycosidases CPF0428-like Resolution 2.20

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		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.							.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210														.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.		.	.	230	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.				.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.				.
Query Sequence		H	W	D	K	V	A	D	M	V	A	N	F	A	H	E	I	.	.	.	.	.	.	D	T	Y	G	H	I	P	N	G	N	R	S	Y	Y	L	S	R	S	Q	P	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	L	M	V	E	L	L	A	Q	H	E	G	D	.	A	A	L	.	K	Q	Y	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.				.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.				.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	A	I	F	T	G	L	I	N	R	Q	V	K	C	I	F	I	D	P	Y	A	N	A	F	N	K	E	P	N	G	Q	K	W	D	N	D	I	T	K	D	S	P	W	V	W	E	R	K	Y	E	I	D	S	L	C	Y	P	V	R	L	I	H	K	Y	W	K	E	S	G	D	E	T	F	F	N	D	D	I	K
Template Known Secondary structure		G																			T	T		S				S	S	S	S				S	S			B	S				T	T																													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	M	Q	K	E	Y	A	Y	W	M	D	G	V	E	N	L	Q	A	G	Q	Q	E	K	R	V	V	K	L	Q	D	G	T	L	L	N	R	Y	W	D	D	R	D	T	P	R	P	E	S	W	V	E	D	I	A	T	A	K	S	N	P	N	R	P	A	T	E	I	Y	R	D	L	R	S	A	A	A	S	G	W
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	F	N	X	I	I	D	L	W	R	V	E	Q	Y	H	R	E	K	S	D	Y	S	F	Q	R	L	N	C	S	V	T	D	T	L	S	H	.	.	E	G	L	G	T	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	T	G	X
Template Known Secondary structure														G	G	G										B			S		S	S	S				S	S	.	.	S	S	S		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.			200	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	210	.
		312	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.																																										.																										.	.
Query SS confidence					.																																										.																										.	.
Query Sequence		D	F	S	.	S	R	W	M	D	N	P	Q	Q	L	N	T	L	R	T	T	S	I	V	P	V	D	L	N	S	L	M	F	K	M	E	K	I	L	A	R	A	S	K	A	A	.	G	D	N	A	M	A	N	Q	Y	E	T	L	A	N	A	R	Q	K	G	I	E	K	Y	L	W	.	.	N	D	Q	Q	G	W	Y
Query Conservation					.																																										.																										.	.
Alig confidence					.														.	.	.	.	.	.	.																						.																										.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	W	S	G	F	R	P	S	D	D	A	C	E	Y	G	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	I	P	A	N	X	F	A	V	V	A	L	R	Y	I	S	E	I	A	E	K	V	Y	K	D	E	E	L	K	E	K	A	D	S	L	R	E	E	I	D	N	A	I	E	K	H	G	K	V	Y	K	E	G	F	G	E	V
Template Known Secondary structure					S	B		T	T	S		B		S	S	S		B	.	.	.	.	.	.	.																					T	S																						T	T	S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.								.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.						.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.				430	.	.	.	.	.	.	.	.			.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.									.																.	.	.										.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.									.																.	.	.										.	.
Query Sequence		A	D	Y	D	L	K	S	H	K	V	R	N	Q	L	T	A	A	A	L	.	.	.	.	.	F	P	L	Y	V	N	A	A	.	A	K	D	R	A	N	K	M	A	T	A	T	K	T	H	.	.	.	L	L	Q	P	G	G	L	N	T	.	.	T	S	V	K	S	G	Q	Q	W	D	A	P	N	G	W	A	P	L
Query Conservation																					.	.	.	.	.									.																.	.	.										.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.									.																.	.	.										.	.									.	.	.	.					.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.					.	.
Template Sequence		Y	A	Y	E	T	D	G	X	G	N	Y	N	F	X	D	D	A	N	V	P	S	L	L	S	I	P	Y	L	E	Y	K	G	I	E	D	E	V	Y	Q	N	T	R	K	F	I	L	S	K	N	N	R	F	F	F	E	G	K	A	A	K	G	I	G	S	P	H	T	P	D	Q	.	.	.	.	Y	I	W	H	.	.
Template Known Secondary structure				S	B			S	S	S								S	S	S	S		G	G	G					T	S	S		S	S												T	S	T	T	S	T	T					S	S							T	T	S		T	T	.	.	.	.					.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.					.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.					.	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	W	V	A	T	E	G	L	Q	N	Y	G	Q	K	E	V	A	M	D	I	S	W	H	F	L	T	N	V	Q	H	T	Y	D	R	E	K	K	L	V	E	K	Y	D	V	S	T	T	G	T	G	G	G	G	G	E	Y	P	L	Q	D	G	F	G	W	T	N	G	V	T	L	K	M	L	D	L	I	C	P	K
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	L	S	X	Q	G	L	T	T	N	N	Q	E	E	I	D	Q	L	I	K	.	.	.	.	.	L	L	K	E	T	D	A	G	T	G	Y	X	H	E	G	F	H	V	D	D	P	T	K	F	T	R	.	.	.	.	.	.	.	D	W	F	A	W	S	N	S	L	F	S	H	F	I	Y	E	K	V	I	N
Template Known Secondary structure										S													.	.	.	.	.					T	S	T	T	S	S	S			S				T	T						S		.	.	.	.	.	.	.	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.						380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.								.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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