Job Description P13482 Confidence 99.88% Date Thu Jan 5 11:33:37 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 338 % Identity 17% Template c1v7wA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:chitobiose phosphorylase; PDBTitle: crystal structure of vibrio proteolyticus chitobiose phosphorylase in2 complex with glcnac Resolution 1.60 Å

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		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.										.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	P	Y	V	V	P	G	G	R	F	R	E	V	Y	Y	W	D	S	Y	F	T	M	L	G	L	A	E	S	G	H	W	D	K	V	A	D	M	V	A	N	F	A	H	E	I	D	T	Y	G	H	I	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	R	S	Y	Y	L	S	R	S	Q	P	P	F	F	A	L
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.																				.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.																				.
Template Sequence		F	A	S	F	I	E	V	G	G	R	.	T	G	L	G	Y	R	D	T	A	Q	D	A	I	S	V	P	H	A	N	.	P	E	M	T	R	K	R	I	V	D	L	L	R	G	Q	V	K	A	G	Y	G	L	H	L	F	D	P	D	W	F	D	P	I	H	G	I	K	D	T	C	S	D	D	H	L	W	L	I	P
Template Known Secondary structure		S		S	S	S			S	S		.		S										T	T	S		T	T	T		.														T	B		T	T	S		B		S				G	G	G	G						G	G	G		B	S	S	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure												.																				.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.		.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		M	V	E	L	L	A	Q	H	E	G	D	.	A	A	L	K	Q	Y	L	P	Q	M	Q	K	E	Y	A	Y	W	M	D	G	V	E	N	L	Q	A	G	Q	Q	E	K	R	V	V	K	L	Q	D	G	T	L	L	N	R	Y	W	D	D	R	D	T	P	R	P	E	S	W	V	E	D	I	A	T	A	K	S	N	P
Query Conservation													.
Alig confidence													.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	C	K	Y	V	M	E	T	G	E	T	S	F	F	D	Q	M	I	P	Y	A	D	G	G	E	A	S	V	Y	E	H	M	K	A	A	L	D	F	S	A	E	Y	V	G	Q	T	G	I	C	K	G	L	R	A	D	W	N	D	C	L	N	L	G	G	G	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													G	G	G	G	G						T	T	S																			S	B		T	T	S		B				T		S	S	S	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	P	A	T	E	I	Y	R	D	L	R	S	A	A	A	S	G	W	D	F	S	S	R	W	M	D	N	P	Q	Q	L	N	T	L	R	T	T	S	I	V	P	V	D	L	N	S	L	M	F	K	M	E	K	I	L	A	R	A	S	K	A	A	G	D	N	A	M	A	N	Q	Y	E	T	L	A	N	A	R	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	M	V	S	F	L	H	F	W	A	L	Q	E	F	I	D	L	A	K	F	L	G	K	D	Q	D	V	N	T	Y	T	E	M	A	A	N	V	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																												502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.									390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	I	E	K	Y	L	W	N	D	Q	Q	G	W	Y	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	L	K	S	H	K	V	R	N	Q	L	T	A	A	A	L	F	P	L	Y	V	N	A	A	A	K	D	R	A	N	K	M	A	T	A	T	K	T	H	L	L	Q	P	G	G	L	N	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	C	E	T	H	L	W	D	D	E	G	G	W	Y	I	R	G	L	T	K	N	G	D	K	I	G	T	A	Q	Q	Q	E	G	R	V	H	L	E	S	N	T	L	A	V	L	S	G	L	A	S	Q	E	R	G	E	Q	A	M	D	A	V	D	E	H	L	F	S	P	Y	G	L	H	L	N	A	P	S	F	S
Template Known Secondary structure								S			T	T	T	T								T	T	S				S		T	T		S	S														T	T		S																			T	T				S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
										438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.						.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	V	K	S	G	Q	Q	W	D	A	P	N	G	W	A	P	L	Q	W	V	A	T	E	G	L	Q	N	Y	G	Q	K	E	V	A	M	D	I	S	W	H	F	L	.	.	.	.	.	T	N	V	Q	H	T	Y	D	R	E	K	K	L	V	E	K	Y	D	V	S	T	T	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.													.																																.	.	.	.	.
Template Conservation																						.
Template Sequence		T	P	N	D	D	I	G	F	V	T	R	V	Y	Q	G	V	K	E	N	G	.	A	I	F	S	H	P	N	P	W	A	W	V	A	E	T	K	L	G	R	G	D	R	A	M	K	F	Y	D	A	L	N	P	Y	N	Q	N	D	I	I	E	K	R	I	A	E	P	Y	S	Y	V	Q	F	I	M	G	R	D	H	Q
Template Known Secondary structure		S			T	T	T		G	G	G	G	S		T	T	B	T	T	B	T	.	S			S	T	T											T	T														G	G	G	G	T	T							S		T	T	S								T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.											.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	G	G	G	G	E	Y	P	L	Q	D	G	F	G	W	T	N	G	V	T	L	K	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	L	I	C	P	K	E	Q	P	C	D	N	V	P	A
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	H	G	R	A	N	H	.	.	.	.	.	.	.	P	W	L	T	G	T	S	G	W	A	Y	F	A	V	T	N	Y	I	L	G	V	Q	S	G	F	T	G	L	S	V	D	P	C	I	P	S
Template Known Secondary structure		T	T	T					.	.	.	.	.	.	.		S	S		T												T	T	S						S	S		B					B			T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		699	700	.	.	.	.	.								.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.