Job Description P13482 Confidence 99.38% Date Thu Jan 5 11:33:37 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 295 % Identity 14% Template c1lf6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:glucoamylase; PDBTitle: crystal structure of bacterial glucoamylase Resolution 2.10 Å

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		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.				.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.					.	.	.	200	.	.			.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.																																													.	.	.	.							.	.
Query SS confidence													.	.	.																																													.	.	.	.							.	.
Query Sequence		L	P	E	P	Y	V	V	P	G	G	R	.	.	.	F	R	E	V	Y	Y	W	D	S	Y	F	T	M	L	G	L	A	E	S	G	H	W	D	K	V	A	D	M	V	A	N	F	A	H	E	I	D	T	Y	G	H	I	P	N	.	.	.	.	G	N	R	S	Y	Y	.	.	L	S	R	S	Q	P	P	F	F	A
Query Conservation													.	.	.																																													.	.	.	.							.	.
Alig confidence													.	.	.																																													.	.	.	.							.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	P	W	G	D	G	Q	R	D	D	N	T	G	G	Y	H	L	V	W	S	R	D	L	Y	H	V	A	N	A	F	I	A	A	G	D	V	D	S	A	N	R	S	L	D	Y	L	A	K	V	V	K	D	N	G	M	I	P	Q	N	T	W	I	S	G	K	P	Y	W	T	G	I	Q	L	D	E	Q	A	D	P	I
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	S	B	S	B	S			G	G	G	S	B																T																				S	S			S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.		.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		L	M	V	E	L	L	A	Q	H	E	G	D	.	A	A	L	K	Q	Y	L	P	Q	M	Q	K	E	Y	A	Y	W	M	D	G	V	E	N	L	Q	A	G	Q	Q	E	K	R	V	V	K	L	Q	D	G	T	L	L	N	R	Y	W	D	D	R	D	T	P	R	P	E	S	W	V	E	D	I	A	T	A	K	S	N
Query Conservation														.
Alig confidence														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	S	Y	R	L	K	R	Y	D	L	Y	D	S	L	V	K	P	L	A	D	F	I	I	K	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T		G	G	G	T	T	T	T													S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	N	R	P	A	T	E	I	Y	R	D	L	R	S	A	A	A	S	G	W	D	F	S	S	R	W	M	D	N	P	Q	Q	L	N	T	L	R	T	T	S	I	V	P	V	D	L	N	S	L	M	F	K	M	E	K	I	L	A	R	A	S	K	A	A	G	D	N	A	M	A	N	Q	Y	E	T	L	A	N	A	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	G	Q	E	R	W	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	G	Y	S	P	A	T	M	A	A	E	V	A	G	L	T	C	A	A	Y	I	A	E	Q	N	K	D	Y	E	S	A	Q	K	Y	Q	E	K	A	D	N	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B	S	S		T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B	B																						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																					431	.	.	.	.	.	.	.	.											440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.		390	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.			.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query SS confidence																				.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query Sequence		Q	K	G	I	E	K	Y	L	W	N	D	Q	Q	G	W	Y	A	D	.	Y	D	L	K	S	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	N	Q	L	T	A	A	A	L	F	P	L	Y	V	N	A	A	A	K	.	.	D	R	A	N	K	M	A	T	A	T	K	T
Query Conservation																				.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Alig confidence																				.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	L	I	D	N	L	T	Y	T	E	N	G	P	L	G	N	G	Q	Y	Y	I	R	I	A	G	L	S	D	P	D	A	D	F	M	I	N	I	A	N	G	G	G	V	Y	D	Q	K	E	I	V	D	P	S	F	L	E	L	V	R	L	G	V	K	S	A	D	D	P	K	I	L	N	T	L	K	V	V	D	S
Template Known Secondary structure												S	S		S	S	T	T	S					S		B	S	S	S		T	T	S							T	T	T	T					G	G	G				G	G	G	G					T	T	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.														.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	L	L	Q	P	G	G	L	N	T	T	S	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	Q	Q	W	D	A	P	N	G	W	A	P	L	Q	W	V	A	T	E	G	L	Q	N	Y	G	Q	K	E	V	A	M	D	I	S	W	H	F	L	T	N	V	Q	H	T	Y	D	R	E	K	K	L	V
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	K	V	D	T	P	K	G	P	S	W	Y	R	Y	N	H	D	G	Y	G	E	P	S	K	T	E	L	Y	H	G	A	G	K	G	R	L	W	P	L	L	T	G	E	R	G	M	Y	E	I	A	A	G	K	D	.	.	.	.	.	.	A	T	P	Y	V	K	A	M	E	K	F	A	N	E	G	G	I	I	S
Template Known Secondary structure			S					T	T						S	S	T	T				S		S	B	T	T	B			S	S	S	S				B	B														T	T			.	.	.	.	.	.												S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		562	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.							.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	Y	D	V	S	T	T	G	T	G	G	G	G	G	E	Y	P	L	Q	D	G	F	G	W	T	N	G	V	T	L	K	M	L
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	V	W	E	D	T	G	L	P	T	D	S	A	S	P	.	.	.	.	.	.	L	N	W	A	H	A	E	Y	V	I	L	F
Template Known Secondary structure		S		B		T	T	T			B		S	S		S	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.							.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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