Job Description P37180 Confidence 89.61% Date Thu Jan 5 11:54:55 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 375 % Identity 12% Template d1ar1a_ SCOP info Cytochrome c oxidase subunit I-like Cytochrome c oxidase subunit I-like Cytochrome c oxidase subunit I-like Resolution 2.70

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		5	.	.	.	.	10	.			.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.														.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	P	L	G	G	K	.	.	I	I	S	K	P	V	M	I	F	G	P	L	I	V	I	C	M	L	L	I	V	K	R	L	V	F	G	L	G	S	V	S	D	L	N	G	G	F	P	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	W	I	A	F	D	L	L	I	G	T	G	F	A	C	G	G
Query Conservation									.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																														.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.
Template Sequence		P	L	H	I	G	A	P	D	M	A	F	P	R	L	N	N	L	S	Y	W	M	Y	V	C	G	V	A	L	G	V	A	S	L	L	A	P	G	G	.	N	D	Q	M	G	S	G	V	G	W	V	L	Y	P	P	L	S	T	T	E	A	G	Y	S	M	D	L	A	I	F	A	V	H	V	S	G	A	S	S	I	L
Template Known Secondary structure						T		S	S		S																									S			T	.	T	T			S			S	T	T	T	T		T	T	T	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.
Template SS confidence
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.		.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.													90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	A	L	A	W	A	V	Y	V	F	N	R	G	Q	Y	H	.	P	L	V	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	L	L	A	S	L	F	G	Y	S	L	G	G	L	S	I	T	I	D	V	G	R	Y	W	N	L	P	Y	F	Y	I	P	G	H	F	N	V	N	S	V	L	F	E	T	A	V
Query Conservation																		.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	I	N	I	I	T	T	F	L	N	M	R	A	P	G	M	T	L	F	K	V	P	L	F	A	W	S	V	F	I	T	A	W	L	I	L	L	S	L	P	V	L	A	G	A	I	T	M	L	L	M	D	R	N	F	G	T	Q	F	F	D	P	A	G	G	G	D	P	V	L	Y	Q	H	I	L	W	F	F	G
Template Known Secondary structure												S	S			T	T			G	G	G	S																																		S				T	T		G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.			.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.
Query SS confidence										.	.
Query Sequence		C	M	T	I	Y	I	G	V	.	.	M	A	L	E	F	A	P	A	L	F	E	R	L	G	W	K	V	S	L	Q	R	L	N	K	V	M	F	F	I	I	A	L	G	A	L	L	P	T	M	H	Q	S	S	M	G	S	L	M	I	S	A	G	Y	K	V	H	P	L	W	Q	S	Y	E	M	L	P	L	F	S	L
Query Conservation										.	.
Alig confidence										.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Sequence		H	P	E	V	Y	I	I	I	L	P	G	F	G	I	I	S	H	V	I	S	T	F	A	K	K	P	I	F	G	Y	L	P	M	V	L	A	M	A	A	I	G	I	L	G	F	V	V	W	A	H	H	M	Y	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	S	L	T	Q	Q	.	A	Y	F	M	L	A	T	M
Template Known Secondary structure																									T	S			T	T															T	T	S		G	G	G	G		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T							.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330										.	.	.	.	.	.	.		.	.	340	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	A	F	I	M	G	F	S	I	V	I	F	E	G	S	L	V	Q	A	G	L	R	G	N	G	P	D	E	K	S	L	F	V	K	L	T	N	T	I	S	V	L	L	A	I	F	I	V	L	R	F	G	E	L	I	Y	R	D	K	L	S	L	A	F	A	G	D	F	Y	S	V	M	F	W	I	E	V	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	I	A	V	P	T	G	I	K	V	F	S	W	I	A	T	M	W	G	G	S	I	E	F	K	T	P	M	L	W	A	F	G	F	L	F	L	F	T	V	G	G	V	T	G	V	V	L	S	Q	A	P	L	D	R	V	Y	H	D	T	Y	Y	V	V	A	H	F	H	Y	V	M	S	L	G	A	V	F	G	I	F
Template Known Secondary structure			T																	S	S																														S								T	T	B												T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.			.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350							.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	L	F	P	L	V	V	L	R	V	A	K	L	R	N	D	S	R	M	L	F	L	S	A	L	S	A	L	L	G	C	A	T	W	R	L	T	Y	S	L	V	A	F	N	.	.	P	G	G	G	Y	A	Y	F	P	T	W	E	.	.	.	.	.	.	E	L	L	I	S	I	G	F	V	A	I	E	I	C	A	Y
Query Conservation																																														.	.													.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	V	Y	Y	W	I	G	K	M	S	G	R	Q	Y	P	E	W	A	G	Q	L	H	F	W	M	M	F	I	G	S	N	L	I	F	F	P	Q	H	F	L	G	R	Q	G	M	P	R	R	Y	I	D	Y	P	V	E	F	A	Y	W	N	N	I	S	S	I	G	A	Y	I	S	F	A	S	F	L	F	F	I	G
Template Known Secondary structure													S																								S								T	T		B	S	S		S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	V	L	I	R	L	L	P	I	L	P	P	L	K	Q	N	D	H	N	R	H	E	A	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	V	F	Y	T	L	F	A	G	K	R	V	N	V	P	N	Y	W	N	E	H	A	D	T
Template Known Secondary structure										S					S	S		S	S		T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.