Job Description P76403 Confidence 81.93% Date Thu Jan 5 12:22:42 GMT 2012 Rank 402 Aligned Residues 81 % Identity 21% Template d2gjpa2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.90

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.																							.	.		.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																						.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																						.	.
Query Sequence		K	N	M	R	Y	A	F	A	Y	G	A	D	A	V	Y	A	G	Q	P	R	Y	S	L	R	V	R	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	.	N	H	E	N	L	Q	L	G	I	N	E	A	H	A	L	G	K	K	F	Y	V	.	.	V	V	N	I
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																						.	.
Alig confidence																		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																						.	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		D	D	A	S	N	L	R	N	R	G	I	T	A	I	W	I	.	P	P	A	W	K	G	T	S	Q	N	D	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	N	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	R	S	Q	L	E	S	A	I	H	A	L	K	N	N	G	V	Q	V	Y	G	D	V	V	M	N	H
Template Known Secondary structure											T							.				S	B		S	S	T	T			S	T	T		S	B	T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S																T	T										S
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.		.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		69	70
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	G	A	D	A	T	E	N	V	L	A	V	E	V	N	P	N	N	R	N	Q	E	I	S	G	D	Y	T	I	E	A	W	T	K	F	D	F	P	G	R	G	N	T	Y	S	D	F	K	W	R	W	Y	H	F	D	G	V	D	W	D	Q	S	R	Q	F	Q	N	R	I	Y	K	F	R	G	D	G	K	A	W
Template Known Secondary structure				S		S												T	T							S											B			T	T	T	T	T	S	S					B		G	G	G					S			T	T	T			S	S							S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
																								71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.		.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	N	A	K	L	K	T	F	I	R	D	L	K	P	V	V	E	.	M	G	P	D	A	L	I	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	E	V	D	S	E	N	G	N	Y	D	Y	L	M	Y	A	D	V	D	M	D	H	P	E	V	V	N	E	L	R	R	W	G	E	W	Y	T	N	T	L	N	L	D	G	F	R	I
Template Known Secondary structure			S	S	S			T	T	S						S	S					T	T																				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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