Job Description P42915 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:14 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 759 % Identity 40% Template c3rfzB_ PDB info PDB header:cell adhesion/transport/chaperone Chain: B: PDB Molecule:outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis; PDBTitle: crystal structure of the fimd usher bound to its cognate fimc:fimh2 substrate Resolution 2.80 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.		.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		A	Q	L	P	G	T	Y	Q	V	D	I	W	L	N	K	K	K	V	S	Q	K	K	I	T	F	T	A	N	A	.	E	Q	L	L	Q	P	Q	F	T	V	E	Q	L	R	E	L	G	I	K	V	D	E	I	P	A	L	A	E	K	D	D	D	S	V	I	N	S	L	E	Q	I	I	P	G	T	A	A	E	F	D
Query Conservation																															.
Alig confidence																															.																																		.
Template Conservation																																																																	.
Template Sequence		E	L	P	P	G	T	Y	R	V	D	I	Y	L	N	N	G	Y	M	A	T	R	D	V	T	F	N	T	G	D	S	E	Q	G	I	V	P	C	L	T	R	A	Q	L	A	S	M	G	L	N	T	A	S	V	A	G	M	N	L	L	A	D	D	A	.	C	V	P	L	T	T	M	V	Q	D	A	T	A	H	L	D
Template Known Secondary structure															T	T														S	S	T	T	S													T	T	B		G	G	G	S	T	T	T	T	T	S		S	S		.								S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	H	Q	Q	L	N	L	S	I	P	Q	I	A	L	Y	R	D	A	R	G	Y	V	S	P	S	R	W	D	D	G	I	P	T	L	F	T	N	Y	S	F	T	G	S	D	N	R	Y	R	Q	G	N	R	S	Q	R	Q	Y	L	N	M	Q	N	G	A	N	F	G	P	W	R	L	R	N	Y	S	T	W	T	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	G	Q	Q	R	L	N	L	T	I	P	Q	A	F	M	S	N	R	A	R	G	Y	I	P	P	E	L	W	D	P	G	I	N	A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	T								G	G	G	B	S			S	T	T				G	G	G		B																				T	T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	Q	T	S	S	W	N	T	I	S	S	Y	L	Q	R	D	I	K	A	L	K	S	Q	L	L	L	G	E	S	A	T	S	G	S	I	F	S	S	Y	T	F	T	G	V	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	N	S	Q	R	G	F	A	P	T	V	R	G	I	A	N	S	S	A	I	V	T	I	R	Q	N
Query Conservation
Alig confidence					.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		N	S	N	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	Q	R	G	F	A	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N
Template Known Secondary structure					.	.														T	T	T	T												S	S	S	S														G	G	G	S		G	G	G	S	S										S	S	S								T
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		186	.	.			.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	V	I	Y	Q	S	N	V	S	A	G	A	F	E	I	N	D	L	Y	P	S	S	N	S	G	D	L	E	V	T	I	E	E	S	D	G	T	Q	R	R	F	I	Q	P	Y	S	S	L	P	M	M	Q	R	P	G	H	L	K	Y	S	A	T	A	G	R	Y	R	A	D	A	N	S	D	S	K	E	P	E	F
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	.	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F
Template Known Secondary structure		T										S												T	T	S										S	S	S													T	T				T	T													.		S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	A	T	A	I	Y	G	L	N	N	T	F	T	L	Y	G	G	L	L	G	S	E	D	Y	Y	A	L	G	I	G	I	G	G	T	L	G	A	L	G	A	L	S	M	D	I	N	R	A	D	T	Q	F	D	N	Q	H	S	F	H	G	Y	Q	W	R	T	Q	Y	I	K	D	I	P	E	T	N	T	N	I	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	N	E	S	G	T	N	I	Q
Template Known Secondary structure											G	G	G											T	T														T	T															T	T	S																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.			.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.
Query SS confidence																												.	.
Query Sequence		V	S	Y	Y	R	Y	T	N	D	G	Y	F	S	F	N	E	A	N	T	R	N	W	D	Y	N	S	.	.	R	Q	K	S	E	I	Q	F	N	I	S	Q	T	I	F	D	G	V	S	L	Y	A	S	G	S	Q	Q	D	Y	W	G	N	N	D	K	N	R	N	I	S	V	G	V	S	G	Q	Q	W	G	V	G	Y
Query Conservation																												.	.
Alig confidence																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W
Template Known Secondary structure										T	T									B	S	S					T	T	S															S	S	S													S	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.		.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.									.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	N	Y	Q	Y	S	R	Y	T	D	Q	.	N	N	D	R	A	L	S	L	N	L	S	I	P	L	E	R	W	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	R	V	S	Y	Q	M	T	S	Q	K	D	R	P	T	Q	H	E	M	R	L	D	G	S	L	L	D	D	G	R	L	S	Y	S	L	E	Q	S	L
Query Conservation														.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	S	H	W	L	R	S	D	S	K	S	Q	W	R	H	A	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y
Template Known Secondary structure											S	S	S		S													S	G	G	G	S		T	T			S	G	G	G	G											S	S	S													S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
						618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	D	D	D	N	N	H	N	S	S	L	N	A	S	Y	R	S	P	Y	G	T	F	S	A	G	Y	S	Y	G	N	D	S	S	Q	Y	N	Y	G	V	T	G	G	V	V	I	H	P	H	G	V	T	L	S	Q	Y	L	G	N	A	F	A	L	I	D	A	N	G	A	S	G	V	R	I	Q	N	Y	P
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V	L	A	H	A	N	G	V	T	L	G	Q	P	L	N	D	T	V	V	L	V	K	A	P	G	A	K	D	A	K	V	E	N	Q	T
Template Known Secondary structure				S	T	T	T															S	S											S	S																T	T						S				S	S							T	T			S		B	B	T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
		694	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	A	T	D	P	F	G	Y	A	V	V	P	Y	L	T	T	Y	Q	E	N	R	L	S	V	D	T	T	Q	L	P	D	N	V	D	L	E	Q	T	T	Q	F	V	V	P	N	R	G	A	M	V	A	A	R	F	N	A	N	I	G	Y	R	V	L	V	T	V	S	D	R	N	G	K	P	L	P	F	G	A	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		G	V	R	T	D	W	R	G	Y	A	V	L	P	Y	A	T	E	Y	R	E	N	R	V	A	L	D	T	N	T	L	A	D	N	V	D	L	D	N	A	V	A	N	V	V	P	T	R	G	A	I	V	R	A	E	F	K	A	R	V	G	I	K	L	L	M	T	L	T	H	.	N	N	K	P	L	P	F	G	A	M
Template Known Secondary structure		T		B			T	T	S					S				T	T	S						B		G	G	G	S		T	T				S		S						B		T	T												S										.	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		691	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		774	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	N	D	D	T	G	Q	Q	S	I	V	D	E	G	G	I	L	Y	L	S	G	I	S	S	K	S	Q	S	W	T	V	R	W	G	N	Q	A	D	Q	Q	C	Q	F	A	F	S	T	P	D	S	E	P	T	T	S	V	L	Q	G	T	A	Q	C
Query Conservation
Alig confidence																													.							.	.	.
Template Conservation																													.							.	.	.
Template Sequence		V	T	S	E	S	S	Q	S	S	G	I	V	A	D	N	G	Q	V	Y	L	S	G	M	P	L	A	G	.	K	V	Q	V	K	W	.	.	.	G	E	A	H	C	V	A	N	Y	Q	L	P	P	E	S	Q	Q	Q	L	L	T	Q	L	S	A	E	C
Template Known Secondary structure					S	S	S	S							G	G	G									S			.						S	.	.	.													G	G	G	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																													.							.	.	.
Template SS confidence
		770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.		.	.	.	800	.	.				.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.