Job Description P42915 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:14 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 457 % Identity 40% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

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		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	F	T	N	Y	S	F	T	G	S	D	N	R	Y	R	Q	G	N	R	S	Q	R	Q	Y	L	N	M	Q	N	G	A	N	F	G	P	W	R	L	R	N	Y	S	T	W	T	R	N	D	Q	T	S	S	W	N	T	I	S	S	Y	L	Q	R	D	I	K	A	L	K	S	Q	L	L	L	G	E	S	A	T	S
Query Conservation
Alig confidence																																																					.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	S	N	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G	Y	T	Q
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S																.														T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	I	F	S	S	Y	T	F	T	G	V	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	N	S	Q	R	G	F	A	P	T	V	R	G	I	A	N	S	S	A	I	V	T	I	R	Q	N	G	Y	V	I	Y	Q	S	N	V	S	A	G	A	F	E	I	N	D	L	Y	P	S	S	N	S	G	D	L	E	V	T	I	E
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V	T	I	K
Template Known Secondary structure		T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	D	G	T	Q	R	R	F	I	Q	P	Y	S	S	L	P	M	M	Q	R	P	G	H	L	K	Y	S	A	T	A	G	R	Y	R	A	D	A	N	S	D	S	K	E	P	E	F	A	E	A	T	A	I	Y	G	L	N	N	T	F	T	L	Y	G	G	L	L	G	S	E	D	Y	Y	A	L	G	I	G	I	G
Query Conservation
Alig confidence																																					.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	.	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G	I	G
Template Known Secondary structure			S	S	S																		T	T													.			S	T	T																G	G	G											S	S
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.							.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	L	G	A	L	G	A	L	S	M	D	I	N	R	A	D	T	Q	F	D	N	Q	H	S	F	H	G	Y	Q	W	R	T	Q	Y	I	K	D	I	P	E	T	N	T	N	I	A	V	S	Y	Y	R	Y	T	N	D	G	Y	F	S	F	N	E	A	N	T	.	.	.	.	.	.	R	N	W	D	Y	N	S	R
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.
Template Sequence		K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	D	Y	Y	N	L	A	Y	N
Template Known Secondary structure						T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.		.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.
Query SS confidence																																																														.
Query Sequence		Q	K	S	E	I	Q	F	N	I	S	Q	T	I	F	D	G	V	S	L	Y	A	S	G	S	Q	Q	D	Y	W	G	N	N	D	K	N	R	N	I	S	V	G	V	S	G	Q	Q	W	G	V	G	Y	S	L	N	Y	Q	Y	S	R	Y	.	T	D	Q	N	N	D	R	A	L	S	L	N	L	S	I	P	L	E	R
Query Conservation																																																														.
Alig confidence																																																														.																			.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	.
Template Known Secondary structure															T	T	T													S	S	S																S	S													T	T	T																	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
		575	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.					.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.
Query Sequence		W	L	P	R	S	R	V	S	Y	Q	M	T	S	Q	K	D	R	P	T	Q	H	E	M	R	L	D	G	S	L	L	D	D	G	R	L	S	Y	S	L	E	Q	S	L	.	.	.	.	D	D	D	N	N	H	N	S	S	L	N	A	S	Y	R	S	P	Y	G	T	F	S	A	G	Y	S	Y	G	N	D	S	S	Q
Query Conservation																																													.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	I	K	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.												T	T													T	T	T	T												T	T	S	S														S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
		651	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	N	Y	G	V	T	G	G	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		648	.	650	.	.	.	.	.	.