Job Description P23843 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:51 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 451 % Identity 19% Template c3ry3B_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:putative solute-binding protein; PDBTitle: putative solute-binding protein from yersinia pestis. Resolution 2.43 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																																											.
Query SS confidence												.																																											.
Query Sequence		T	L	V	R	N	N	G	S	E	V	.	Q	S	L	D	P	H	K	I	E	G	V	P	E	S	N	I	S	R	D	L	F	E	G	L	L	V	S	D	L	D	G	H	P	A	P	G	V	A	E	S	W	D	.	N	K	D	A	K	V	W	T	F	H	L	R	K	D	A	K	W	S	D	G	T	P	V	T	A	Q
Query Conservation												.																																											.
Alig confidence												.																	.	.	.																								.
Template Conservation																													.	.	.
Template Sequence		T	L	Q	L	A	I	G	D	E	P	T	E	G	F	D	P	X	L	G	W	S	H	G	S	Y	L	L	.	.	.	L	H	S	P	L	L	K	Q	N	E	D	F	S	W	D	S	L	L	L	S	Q	Y	Q	P	S	D	D	G	K	T	W	L	L	T	L	K	P	D	L	K	F	S	D	G	S	P	L	T	A	K
Template Known Secondary structure								S				S	S				G	G	G		S	S	S	S	T				.	.	.					S					T	T	S					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	V	Y	S	W	Q	R	S	V	D	P	N	T	A	S	P	Y	A	S	Y	L	Q	Y	G	H	I	A	G	I	D	E	I	L	E	G	K	K	P	I	T	D	L	G	V	K	A	I	D	D	H	T	L	E	V	T	L	S	E	P	V	P	Y	F	Y	K	L	L	V	H	P	S	T	S	P	V	P	K	A	A
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template Sequence		D	V	A	F	T	Y	N	N	A	A	A	G	K	V	D	X	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	S	A	E	V	I	D	P	L	N	V	R	I	H	L	K	A	P	Q	S	T	F	V	N	V	L	G	S	L	G	I	V	S	A	D	.	.	.
Template Known Secondary structure											T				S			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T							S	S			T	T						T	T	S					S	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	K	F	G	E	K	W	T	Q	P	G	N	I	V	T	N	G	A	Y	T	L	K	D	W	V	V	N	E	R	I	V	L	E	R	S	P	T	Y	W	N	N	A	K	T	V	I	N	Q	V	T	Y	L	P	I	A	S	E	V	T	D	V	N	R	Y	R	S	G	E	I	D	M	T	N	N	S	M	P	I	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																						.															.																				.
Template Conservation		.	.	.																																						.															.																				.
Template Sequence		.	.	.	K	Y	N	A	K	T	Y	A	Q	K	P	I	G	A	G	P	Y	R	L	V	S	F	Q	P	G	Q	Q	X	I	V	E	A	N	P	Y	Y	A	.	G	N	K	N	D	F	D	K	L	I	F	V	F	L	.	D	E	D	S	A	F	A	A	A	Q	S	G	Q	L	G	V	V	R	I	.	P	P	S	X
Template Known Secondary structure		.	.	.	T			T	T	T	T	T	T	S				S	S	S								T	T	T								T	T		S	.	S				S		S								.											T	T			S					.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																						.															.																				.
Template SS confidence
					163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.		.	.	.	.
		278	.	280	.	.	.											.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	F	Q	K	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	I	P	D	E	V	H	V	D	P	Y	L	C	T	Y	Y	Y	E	I	N	N	Q	K	P	P	F	N	D	V	R	V	R	T	A	L	K	L	G	M	D	R	D	I	I	V	N	K	V	K	A	Q	G	N	M	P	A	Y	G	Y	T	P	P	Y
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	G	S	V	N	N	X	K	L	W	V	R	P	S	V	E	N	R	G	I	V	F	P	T	T	P	A	G	K	K	D	A	H	G	Y	P	I	G	N	D	V	T	A	D	V	A	I	R	R	A	I	N	Y	A	I	N	R	Q	L	L	A	D	Q	I	X	E	G	H	A	I	P	A	Y	T	G	V	Q	G	L
Template Known Secondary structure							T	T								B											S		S					T	T	S						T	T	T	T	S																					S	T	T						S	S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.										380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	D	G	A	K	L	T	Q	P	E	W	F	G	W	S	Q	E	K	R	N	E	E	A	K	K	L	L	A	E	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	D	K	P	L	T	I	N	L	L	Y	N	T	S	D	L	H	K	K	L	A	I	A	A	S	S	L	W	K	K	N	I	G	V	N	V	K	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	W	N	N	P	D	S	A	I	.	.	.	.	.	.	K	D	G	D	I	D	K	A	K	Q	I	L	E	Q	A	G	W	Q	L	N	S	Q	G	T	R	E	K	N	G	L	P	A	K	I	T	L	W	Y	T	S	G	D	T	T	R	R	D	L	A	Q	A	L	R	S	X	L	K	P	I	G	I	D	V	D	L
Template Known Secondary structure		T	T	S		T	T				.	.	.	.	.	.			S												T	T					T	T	S	S				T	T											S	S																G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.							.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450			.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.
Query SS confidence																																		.	.
Query Sequence		V	N	Q	E	W	K	T	F	L	D	T	R	H	Q	G	T	F	D	V	A	R	A	G	W	C	A	D	Y	N	E	P	T	.	.	S	F	L	N	T	M	L	S	N	S	S	M	N	T	A	H	Y	K	S	P	A	F	D	S	I	M	A	E	T	L	K	V	T	D	E	A	Q	R	T	A	L	Y	T	K	A	E
Query Conservation																																		.	.
Alig confidence													.	.	.																			.	.
Template Conservation													.	.	.
Template Sequence		K	S	G	S	W	E	T	V	E	R	N	.	.	.	X	H	A	N	P	T	L	F	G	W	G	S	L	D	P	X	E	L	Y	H	H	Y	S	S	N	A	A	G	V	E	Y	Y	N	P	G	Y	Y	K	N	P	X	V	D	K	H	L	Q	Q	A	L	D	A	P	T	W	Q	Q	A	V	P	F	W	Q	Q	V	D
Template Known Secondary structure													.	.	.	T	T	T	S									S	S	T									G	G	G	T	T	S	T	T	S	S	T	T																		S	S										T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.				.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
								497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Q	Q	L	D	K	D	S	A	I	V	P	V	Y	Y	Y	V	N	A	R	L	V	K	P	W	V	G	G	Y	T	G	K	D	P	L	D	N	T	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	D	G	T	T	G	A	G	I	R	G	D	A	A	W	A	W	L	L	N	I	Q	H	T	Y	L	A	N	N	C	V	D	L	G	K	G	T	P	E	I	H	G	S	W
Template Known Secondary structure				S	S			S	S	T	T	T	T																	T	T							S		B		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.