Job Description P23843 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:51 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 502 % Identity 20% Template c3ftoA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide-binding protein oppa; PDBTitle: crystal structure of oppa in a open conformation Resolution 2.38 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.						.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		D	V	P	A	G	V	T	L	A	E	K	Q	T	L	V	R	N	N	G	S	E	V	Q	S	L	D	P	H	K	I	E	G	V	P	E	S	N	I	S	R	.	.	.	.	.	D	L	F	E	G	L	L	V	S	D	L	D	G	H	P	A	P	G	V	A	E	S	W	D	.	N	K	D	A	K	V	W	T	F	H
Query Conservation																																										.	.	.	.	.																									.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.																									.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	Q	N	P	D	K	A	I	K	G	G	N	L	K	V	A	Y	Q	S	D	S	P	X	K	A	Q	W	L	S	G	L	S	N	D	A	T	F	A	T	X	S	G	P	G	G	G	Q	D	G	L	F	F	T	D	S	G	F	K	F	I	K	G	G	A	A	D	V	A	L	D	K	E	S	K	T	A	T	I	T
Template Known Secondary structure		B				S	S				S	S										S	S							S	T	T	T										T	G	G	G	T	T	T	T	B						T	T	S	B			S		S	S							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.				.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.
Query Sequence		L	R	K	D	A	K	W	S	D	G	T	P	V	T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	S	V	D	P	N	T	A	S	P	Y	A	S	Y	L	Q	Y	G	H	I	A	G	I	D	E	I	L	E	G	K	K	P	I	T	D	L	G	V	K	A	I	D	D	.	.	.	H	T	L	E	V	T	L	S	E	P	V
Query Conservation																																																																				.	.	.
Alig confidence																																								.																		.										.	.	.
Template Conservation																																								.																		.
Template Sequence		L	R	K	D	L	K	W	S	D	G	S	E	V	T	A	K	D	Y	E	F	T	Y	E	T	I	A	N	P	A	Y	G	S	D	R	W	T	D	S	.	L	A	N	I	V	G	L	S	D	Y	H	T	G	K	A	K	T	.	I	S	G	I	T	F	P	D	G	E	N	G	K	V	I	K	V	Q	F	K	E	X	K
Template Known Secondary structure				T	T		B		T	T	S		B																G	G	G			S				G	G	.	G	G	G	B	T	T						T	T	S		S	S	.		T	T				T	T		T	T	S	S						B	S	S
Template Predicted Secondary structure																																								.																		.
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.							.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Y	F	Y	K	L	L	V	H	P	S	T	S	P	V	P	K	A	A	I	.	.	.	.	.	.	E	K	F	G	E	K	W	T	Q	P	G	N	I	V	T	N	G	A	Y	T	L	K	D	W	V	V	N	E	R	I	V	L	E	R	S	P	T	Y	W	N	N	A	K	T	V	I	N	Q	V	T	Y	L	P	I
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.																																								.
Template Conservation																																																																			.
Template Sequence		P	G	X	T	Q	S	G	N	G	Y	F	L	E	T	V	A	P	Y	Q	Y	L	K	D	V	A	P	K	D	L	A	S	S	P	K	T	T	T	K	P	L	V	T	G	P	F	K	P	E	N	V	V	A	G	E	S	I	K	Y	V	P	N	P	Y	Y	W	.	G	E	K	P	K	L	N	S	I	T	Y	E	V	V
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	B	T	T		S	S	S			B								T	T	S		G	G	G	T	T	T	S	G	G	G	T	T	S					S	S								T	T	T								T	T		S	.	S				S		S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.		.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.														.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	E	V	T	D	V	N	R	Y	R	S	G	E	I	D	M	T	N	N	S	M	P	I	E	L	F	Q	K	L	K	K	E	I	P	D	E	V	H	V	D	P	Y	L	C	T	Y	Y	Y	E	I	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	K	P	P	F	N	D	V	R	V	R	T	A	L
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.																		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.																		.
Template Sequence		S	T	.	A	K	S	V	A	A	L	S	S	S	K	Y	D	I	I	N	G	.	X	V	S	S	Q	Y	K	Q	V	K	N	L	K	G	Y	K	V	L	G	Q	Q	A	X	Y	I	S	L	X	Y	Y	N	L	G	H	Y	D	A	K	N	S	I	N	V	Q	D	R	K	T	P	L	Q	D	Q	N	V	R	Q	A	I
Template Known Secondary structure				.									T	T			S					.			G	G	G						T		T	T									S														T	T	T	T									G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure				.																		.
Template SS confidence
		259	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	G	M	D	R	D	I	I	V	N	K	V	K	A	Q	G	N	M	P	A	Y	G	Y	T	P	P	Y	T	D	G	A	K	L	T	Q	P	E	W	F	G	W	S	Q	E	K	R	N	E	E	A	K	K	L	L	A	E	A	G	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	K	P	L	T	I	N	L
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.
Template Sequence		G	Y	A	R	N	V	A	E	V	D	N	K	F	S	N	G	L	S	T	P	A	N	S	L	I	P	P	I	F	K	Q	F	T	S	.	.	.	S	S	V	K	G	Y	E	K	Q	D	L	D	K	A	N	K	L	L	D	E	D	G	W	K	L	N	K	S	T	G	Y	R	E	K	D	G	K	E	L	S	L	V	Y
Template Known Secondary structure															T	T	T	S					S	S	S	S		T	T	S	T	T	S			.	.	.	T	T				S	S	S												T	T	T					S	S	S	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.
Template SS confidence
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370				.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430								.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	N	T	S	D	L	H	K	K	L	A	I	A	A	S	S	L	W	K	K	N	I	G	V	N	V	K	L	V	N	Q	E	W	K	T	F	L	D	T	R	.	.	.	.	.	.	.	H	Q	G	T	F	D	V	A	R	A	G	W	C	A	D	Y	N	E	P	T	S	F	L	N	T	M	L	S	N	S	S	M
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																																																																									.	.
Template Sequence		A	A	R	V	G	D	A	N	A	E	T	I	A	Q	N	Y	I	Q	Q	W	K	K	I	G	V	K	V	S	L	Y	N	G	K	L	X	E	F	N	S	W	V	D	H	X	T	T	P	P	G	A	N	D	W	D	I	T	D	G	S	W	S	L	A	S	E	P	S	Q	Q	D	L	.	.	F	S	A	A	A	P	Y
Template Known Secondary structure				B	S		S	T	T															T	T						G	G	G	S		B											S	T	T			S	S		S										S	S							.	.		S	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Template SS confidence
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.			.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Predicted Secondary structure																					.	.
Query SS confidence																					.	.
Query Sequence		N	T	A	H	Y	K	S	P	A	F	D	S	I	M	A	E	T	L	K	.	.	V	T	D	E	A	Q	R	T	A	L	Y	T	K	A	E	Q	Q	L	D	K	D	S	A	I	V	P	V	Y	Y	Y	V	N	A	R	L	V	K	P	W	V	G	G	Y	T	G	K	D	P	L	D	N	T	Y	T	R	N	M	Y	I
Query Conservation																					.	.
Alig confidence																					.	.																																																.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		N	F	G	H	F	N	D	S	E	I	T	K	D	L	N	D	I	D	S	A	K	S	E	N	P	T	Y	R	K	A	A	F	V	K	Y	Q	E	D	X	N	K	K	A	Y	V	I	P	T	N	F	X	L	N	Y	T	P	V	N	K	R	V	V	G	X	T	L	D	Y	.	G	A	X	N	T	W	S	E	I	G	V
Template Known Secondary structure			T	T															T	S	G	G	G	G	S																				S															T	T			S		B			T	.	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570