Job Description P23843 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:51 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 474 % Identity 19% Template c2o7jA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide abc transporter, periplasmic PDBTitle: the x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose2 binding protein bound with cellopentaose Resolution 1.50 Å

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		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.			.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.		.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure															.	.																																	.
Query SS confidence															.	.																																	.
Query Sequence		T	L	A	E	K	Q	T	L	V	R	N	N	G	.	.	S	E	V	Q	S	L	D	P	H	K	I	E	G	V	P	E	S	N	I	S	R	D	L	F	E	G	L	L	V	S	D	L	.	D	G	H	P	A	P	G	V	A	E	S	W	D	N	K	D	A	K	V	W	T	F	H	L	R	K	D	A	K	W	S	D
Query Conservation															.	.																																	.
Alig confidence															.	.																	.	.															.
Template Conservation																																	.	.
Template Sequence		S	L	P	R	E	D	T	V	Y	I	G	G	A	L	W	G	P	A	T	T	W	N	L	Y	A	P	Q	S	T	W	G	.	.	T	D	Q	F	M	Y	L	P	A	F	Q	Y	D	L	G	R	D	A	W	I	P	V	I	A	E	R	Y	E	F	V	D	D	K	T	L	R	I	Y	I	R	P	E	A	R	W	S	D
Template Known Secondary structure					G	G	G						S	S			S					S		T	T	S	S	S			T	T	.	.					T	S			S					T	T	T	T					S	S									T	T								T	T		B		T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		G	T	P	V	T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	S	V	D	P	N	T	A	S	P	Y	A	S	Y	L	Q	Y	G	H	I	A	G	I	D	E	I	L	E	G	K	K	P	I	T	D	L	G	V	K	A	I	D	D	H	T	L	E	V	T	L	S	E	P	V	P	Y	F	Y	K	L	L	V	H	.	P	S
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	P	I	T	A	D	D	F	V	Y	A	L	E	L	T	K	E	L	G	I	G	P	G	G	G	W	D	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	Y	V	K	A	V	D	T	K	V	V	E	F	K	A	K	E	E	N	L	N	Y	F	Q	F	L	S	Y	S	L	G
Template Known Secondary structure		S		B																	T		S	T	T	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T								S	T	T												T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200								.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.				240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Query Sequence		T	S	P	V	P	K	A	A	I	E	K	.	.	.	.	.	.	.	F	G	E	K	W	T	Q	P	G	N	I	V	T	N	G	A	Y	T	L	K	D	W	V	V	N	E	R	I	V	L	E	R	S	P	T	Y	W	N	N	.	.	.	A	K	T	V	I	N	Q	V	T	Y	L	P	I	A	S	E	V	T	D	V
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.																									.															.	.	.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		A	Q	P	M	P	K	H	V	Y	E	R	I	R	A	Q	M	N	I	K	D	W	I	N	D	K	P	E	E	Q	V	V	S	G	P	Y	K	L	Y	Y	Y	D	P	.	N	I	V	V	Y	Q	R	V	D	D	W	W	G	K	D	I	F	G	L	P	R	P	K	Y	L	A	H	V	I	Y	K	D	N	P	S	A	S
Template Known Secondary structure																	S		G	G	G						T	T	T				S	S	S								T	.	T								T	T		T	T								S		S								S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.						.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		N	R	Y	R	S	G	E	I	D	M	T	N	N	S	M	P	I	E	L	F	Q	K	L	K	K	E	I	P	D	E	V	H	.	.	.	.	.	V	D	P	Y	L	C	T	Y	Y	Y	E	I	N	N	Q	K	P	P	F	N	D	V	R	V	R	T	A	L	K	L	G	M	D	R	D	I	I	V	N	K	V	K	A
Query Conservation																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	F	E	R	G	D	I	D	W	N	G	L	F	I	P	S	V	W	E	L	W	E	K	K	G	L	P	V	G	T	W	Y	K	K	E	P	Y	F	I	P	D	G	V	G	F	V	Y	V	N	N	T	K	P	G	L	S	D	P	A	V	R	K	A	I	A	Y	A	I	P	Y	N	E	M	L	K	K	A	Y	F
Template Known Secondary structure						T	T			S							T	T	T	T					T	S			S				S		S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T	S											S									T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.										.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.											380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Query Sequence		Q	G	N	M	P	A	Y	G	Y	T	P	P	Y	T	D	G	A	K	L	T	Q	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	F	G	W	S	Q	E	K	R	N	E	E	A	K	K	L	L	A	E	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	D	K	P	L	T	.	I	N	L	L	Y	N	T	S
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	G	S	Q	A	H	P	S	M	V	I	D	L	F	E	P	Y	K	Q	Y	I	D	Y	E	L	A	K	K	T	F	G	T	E	D	G	R	I	P	F	D	L	D	M	A	N	K	I	L	D	E	A	G	Y	K	K	G	P	D	G	V	R	V	G	P	D	G	T	K	L	G	P	Y	T	I	S	V	P	Y	G
Template Known Secondary structure		T	S	S		B			T	T				T	T	S	G	G	G	G	G	G	S											S	S	S																	T	T					T	T	S					T	T	S		B			S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460											.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	H	K	K	L	A	I	A	A	S	S	L	W	K	K	N	I	G	V	N	V	K	L	V	N	Q	E	W	K	T	F	L	D	T	R	H	Q	G	T	F	D	V	A	R	A	G	.	W	C	A	D	Y	N	E	P	T	S	F	L	N	T	M	L	S	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	M	N
Query Conservation																																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	T	D	W	M	M	M	C	E	M	I	A	K	N	L	R	S	I	G	I	D	V	K	T	E	F	P	D	F	S	V	W	A	D	R	M	T	K	G	T	F	D	L	I	I	S	W	S	V	G	P	S	F	D	H	P	F	N	I	Y	R	F	V	L	D	K	R	L	S	K	P	V	G	E	V	T	W	A	G	D
Template Known Secondary structure																			T	T																				T			S											T	T	T	T										G	G	G				T	T	S			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.		520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		T	A	H	Y	K	S	P	A	F	D	S	I	M	A	E	T	L	K	V	T	D	E	A	Q	R	T	A	L	Y	T	K	A	E	Q	Q	L	D	K	D	S	A	I	V	P	V	Y	Y	Y	V	N	A	R	L	V	K	P	.	W	V	G	G	Y	T	G	K	D
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																																																										.
Template Conservation
Template Sequence		W	E	R	Y	D	N	D	E	V	V	E	L	L	D	K	A	V	S	T	L	D	P	E	V	R	K	Q	A	Y	F	R	I	Q	Q	I	I	Y	R	D	M	P	S	I	P	A	F	Y	T	A	H	W	Y	E	Y	S	T	K	Y	W	I	N	W	P	S	E	D
Template Known Secondary structure		T	T															T	S	S																							S															S	S						B	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.