Job Description P23843 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:51 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 476 % Identity 20% Template c2d5wA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:peptide abc transporter, peptide-binding protein; PDBTitle: the crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus2 thermophilus hb8 complexed with pentapeptide Resolution 1.30 Å

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		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.					.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90														.		.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Query SS confidence																				.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Query Sequence		K	Q	T	L	V	R	N	N	G	S	E	V	Q	S	L	D	P	H	.	.	.	.	K	I	E	G	V	P	E	S	N	I	S	R	D	L	F	E	G	L	L	V	S	D	L	D	G	H	P	A	P	G	V	A	E	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	.	N	K	D	A	K	V	W	T
Query Conservation																				.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Alig confidence																				.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	S	L	V	I	G	A	S	Q	E	P	R	V	L	A	G	D	F	L	R	V	I	S	N	Q	A	I	K	S	E	I	E	Q	Y	L	F	A	P	F	I	G	F	N	A	D	S	Q	N	F	P	V	L	A	T	E	V	P	T	L	E	N	G	R	L	R	V	T	D	I	G	G	G	K	K	R	L	E	M	D
Template Known Secondary structure			T							S				S	S		S	S		T	T		S	S	B																S					T	T	S					S	S	B	S	S				T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	H	L	R	K	D	A	K	W	S	D	G	T	P	V	T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	S	V	D	P	N	T	A	S	P	Y	A	S	Y	L	Q	Y	G	H	I	A	G	I	D	E	I	L	E	G	K	K	P	I	T	D	L	G	V	K	A	I	D	D	H	T	L	E	V	T	L	S	E	P	V	P
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	T	I	R	P	D	A	K	W	S	D	G	R	P	I	T	T	E	D	V	A	F	Y	F	E	V	G	K	A	K	G	M	P	V	L	N	P	D	F	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	N	V	R	I	K	D	A	R	N	F	T	L	I	F	E	P	A	Y	Y
Template Known Secondary structure				B		T	T		B		T	T	S		B															S	T	T				S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S							S	S			T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	F	Y	K	L	L	V	H	P	S	T	S	P	V	P	K	A	A	I	E	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	K	W	T	Q	P	G	N	I	V	T	N	G	A	Y	T	L	K	D	W	V	V	N	E	R
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.
Template Sequence		Y	D	T	Y	G	P	I	N	T	.	.	.	Y	A	P	K	H	I	M	G	P	E	W	E	R	V	K	A	A	A	R	G	L	D	P	D	K	D	A	E	K	L	N	E	L	Y	R	N	F	F	L	K	F	A	T	P	Q	A	L	N	R	G	A	M	V	Y	S	G	P	F	K	L	K	R	W	V	P	G	N	S
Template Known Secondary structure		T	T	T		S		B			.	.	.																			T	T			T	T	T	T														T	T	T	S						T	T						S	S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.				.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.					.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.						.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		I	V	L	E	R	S	P	T	Y	W	.	.	.	.	N	N	A	K	T	V	I	N	Q	V	T	Y	L	P	I	A	S	E	V	T	D	V	N	R	Y	R	S	G	E	I	D	M	T	N	N	S	M	P	I	E	L	.	.	.	.	.	F	Q	K	L	K	K	E	I	P	D	E	V	H	V	D	P	Y	L	C	T
Query Conservation												.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	E	M	E	R	N	P	N	F	P	I	K	P	E	G	G	E	S	K	Y	V	Q	K	V	V	Y	R	F	I	Q	N	T	N	S	L	L	V	A	V	I	G	G	S	I	D	A	T	S	S	V	S	L	T	F	D	Q	G	R	S	P	Q	L	V	R	R	A	P	G	R	F	D	I	W	F	V	P	G	A	I	W
Template Known Secondary structure								T	T						T	T		G	G	G	S		S								S	S											T			S				S	S	S							T						T	T		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.								310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Y	Y	E	I	N	N	Q	K	P	P	.	.	.	.	.	.	.	F	N	D	V	R	V	R	T	A	L	K	L	G	M	D	R	D	I	I	V	N	K	V	K	A	Q	G	N	M	P	A	Y	G	Y	T	P	P	Y	T	D	G	A	K	L	T	Q	P	E	W	F	G	W	S	Q	E	K	R	N	E	E	A	K
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.
Template Sequence		E	H	I	D	I	N	K	F	E	N	C	Q	V	V	K	D	L	G	L	N	D	K	R	T	R	Q	A	I	L	H	A	L	N	R	E	G	L	V	K	A	F	F	D	G	L	Q	P	V	A	H	T	W	I	A	P	V	N	P	L	F	N	P	N	V	K	.	.	.	.	.	K	Y	E	F	D	L	K	K	A	E
Template Known Secondary structure										T	T	S							T	T	T	S										T	S											T	T	S	S		B		S	S	S	S		T	T	S	T	T			T	T	S		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.						.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.														.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430							.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	L	A	E	A	G	Y	T	A	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	T	I	N	L	L	Y	N	T	S	D	L	H	K	K	L	A	I	A	A	S	S	L	W	K	K	N	I	G	V	N	V	K	L	V	N	Q	E	W	K	T	F	L	D	T	R	.	.	.	.	.	.	H	Q
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	L	A	E	M	G	W	R	K	G	P	D	G	I	L	Q	R	T	V	N	G	R	T	V	R	F	E	I	E	Y	V	T	T	A	G	N	V	V	R	E	R	T	Q	Q	F	F	A	E	D	L	K	K	I	G	I	A	V	K	I	N	N	A	P	S	A	V	V	F	A	D	E	F	I	Q	R	A	S	E	C
Template Known Secondary structure							T	T					T	T	S							T	T												B	T	T																		T	T								B						T	B					T		G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.		.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.													.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	F	D	V	A	R	A	G	W	C	A	D	Y	.	N	E	P	T	S	F	L	N	T	M	L	S	N	S	S	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	A	H	Y	K	S	P	A	F	D	S	I	M	A	E	T	L	K	V	T	D	E	A	Q	R	T	A	L	Y	T	K	A	E	Q	Q	L
Query Conservation																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	W	T	G	M	F	E	F	A	W	V	S	N	L	Q	E	D	G	S	L	F	Q	Y	K	N	L	N	T	G	A	I	M	V	P	T	K	E	N	N	Y	Q	G	Q	N	I	G	G	W	R	N	D	E	F	D	R	L	T	S	Q	A	V	L	E	F	D	P	E	R	R	K	Q	L	F	W	R	A	Q	E	I	W
Template Known Secondary structure		S	S		S										S					G	G	G		S	B		T	T	T			B		S		S	G	G	G	T	T		S	S		T	T															T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.
Query SS confidence																																		.	.
Query Sequence		D	K	D	S	A	I	V	P	V	Y	Y	Y	V	N	A	R	L	V	K	P	W	V	G	G	Y	T	G	K	D	P	L	D	.	.	N	T	Y	T	R	N	M	Y
Query Conservation																																		.	.
Alig confidence																																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	E	L	P	A	L	P	L	Y	F	R	A	N	P	Y	V	V	R	K	G	L	V	N	Y	V	A	S	A	Y	S	G	G	Y	G	Y	P	G	W	N	A	W
Template Known Secondary structure						S															T	T			S					S	S	T	T	T	T	T		S		T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580