Job Description P23843 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:51 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 479 % Identity 19% Template c1ztyA_ PDB info PDB header:sugar binding protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:chitin oligosaccharide binding protein; PDBTitle: crystal structure of the chitin oligasaccharide binding2 protein Resolution 2.30 Å

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		38	.	40	.	.	.	.				.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
Predicted Secondary structure									.	.	.																																					.	.												.
Query SS confidence									.	.	.																																					.	.												.
Query Sequence		K	Q	T	L	V	R	N	.	.	.	N	G	S	E	V	Q	S	L	D	P	H	K	I	E	G	V	P	E	S	N	I	S	R	D	L	F	E	G	L	L	V	S	D	L	D	G	.	.	H	P	A	P	G	V	A	E	S	W	D	.	N	K	D	A	K	V	W	T	F	H	L	R	K	D	A	K	W	S	D	G
Query Conservation									.	.	.																																					.	.												.
Alig confidence									.	.	.																			.	.																	.	.												.
Template Conservation																														.	.
Template Sequence		R	S	E	L	T	I	V	P	D	F	Y	P	T	M	V	R	N	F	N	P	Y	L	A	T	N	L	R	T	.	.	T	T	D	F	I	Y	E	P	L	V	V	F	N	E	M	K	G	N	T	P	V	F	R	L	A	E	S	Y	K	M	A	D	D	L	M	S	V	T	F	D	I	R	K	G	V	K	W	S	D	G
Template Known Secondary structure									S				S	S							T	T		S	S	S		T	T	.	.	S	B	T	T	T	B			S					G	G	G	T	T					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	P	V	T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	S	V	D	P	N	T	A	S	P	Y	A	S	Y	L	Q	Y	G	H	I	A	G	I	D	E	I	L	E	G	K	K	P	I	T	D	L	G	V	K	A	I	D	D	H	T	L	E	V	T	L	S	E	P	V	P	Y	F	Y	K	L	L	V	H	P	S	T	S
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Sequence		E	A	F	T	A	D	D	V	V	Y	S	F	G	L	L	K	A	K	P	E	L	D	Q	R	G	I	N	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	S	V	E	K	V	D	E	Y	K	V	R	F	R	L	S	E	A	N	S	N	V	P	Y	E	I	S	.	.	L	I	P
Template Known Secondary structure			B																S	G	G	G		T	T		G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T							S	S			T	T							.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.			.	.	.
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.		.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		P	V	P	K	A	A	I	E	K	F	G	.	E	K	W	T	Q	P	G	N	I	V	T	N	G	A	Y	T	L	K	D	W	V	V	N	E	R	I	V	L	E	R	S	P	T	Y	W	N	N	A	K	T	V	I	N	Q	V	T	Y	L	P	I	A	S	E	V	T	D	V	N	R	Y	R	S	G	E	I	D	M	T
Query Conservation													.
Alig confidence													.
Template Conservation
Template Sequence		I	V	A	E	H	V	W	K	D	V	K	D	P	T	T	F	T	N	E	N	P	V	G	T	G	P	F	T	V	I	D	T	F	T	P	Q	L	Y	I	Q	C	R	N	P	N	Y	W	D	A	A	N	L	E	V	D	C	L	R	V	P	Q	I	A	N	N	D	Q	L	L	G	K	I	V	N	S	E	L	D	W	T
Template Known Secondary structure									T	T		S		T	T	T				S	S				S	S	S									S	S								T	T		T	T	G	G	G													S										T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.							.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	N	S	M	P	I	E	L	F	Q	K	L	K	K	E	I	P	D	E	V	H	V	D	P	Y	L	C	T	Y	Y	Y	E	I	N	N	Q	K	P	.	.	.	.	.	.	P	F	N	D	V	R	V	R	T	A	L	K	L	G	M	D	R	D	I	I	V	N	K	V	K	A	Q	G	N	M	P	A	Y	G	Y	T
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.
Template Sequence		S	S	.	F	V	P	D	I	D	R	T	Y	A	A	A	N	P	N	H	H	Y	W	Y	P	A	A	G	T	Q	A	F	M	V	N	F	K	N	P	D	P	A	K	K	E	A	L	D	N	V	D	F	R	R	A	F	S	M	A	L	D	R	Q	T	I	I	D	I	A	F	Y	G	S	G	T	V	N	D	F	A	S
Template Known Secondary structure				.			T	T					T	G	G	G		T	T																	T	T		S	S								T																						T	T	T		S						T	T
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		219	220		.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		345	.	.				.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.												380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	P	Y	.	.	.	T	D	G	A	K	L	T	Q	P	E	W	F	G	W	S	Q	E	K	R	N	E	E	A	K	K	L	L	A	E	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	D	K	P	L	T	I	N	L	L	Y	N	T	S	D	L	H	K	K	L	A	I	A	A	S	S	L	W	K	K
Query Conservation					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	G	Y	A	F	E	A	W	S	D	E	A	T	H	K	K	Y	K	G	F	N	T	Y	D	V	E	G	S	K	K	L	L	A	K	A	G	F	K	D	V	N	G	D	G	F	V	E	T	P	S	G	K	S	F	E	L	L	I	Q	S	P	N	G	W	T	D	F	N	N	T	V	Q	L	A	V	E	Q	L	Q
Template Known Secondary structure					G	G	G	G	G	G											G	G	G	S														T					S	S	S	S	S				T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.									460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	I	G	V	N	V	K	L	V	N	Q	E	W	K	T	F	L	D	T	R	H	Q	G	T	F	D	V	A	R	A	G	W	C	A	D	Y	N	E	P	T	S	F	L	N	T	M	L	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	M	N	T	A	H	Y	K	S	P	A	F	D	S	I	M	A	E	T	L	K	V
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		E	V	G	I	K	A	K	A	R	T	P	E	F	A	V	Y	N	Q	A	M	L	E	G	T	Y	D	V	A	Y	T	N	Y	F	H	G	.	A	D	P	F	T	Y	W	N	S	G	Y	N	S	A	L	Q	S	G	D	G	M	P	R	F	A	M	H	Y	F	T	D	K	K	L	D	G	L	L	D	S	F	Y	K	T
Template Known Secondary structure		T	T	T																			T	T			S										.	S	S	T										G	G	G	G	S	S	T	T			S	T	T	T	T												T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.		.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		T	D	E	A	Q	R	T	A	L	Y	T	K	A	E	Q	Q	L	D	K	D	S	A	I	V	P	V	Y	Y	Y	V	N	A	R	L	V	K	P	.	W	V	G	G	Y	T	G	K	D	P	L	D	N	T	Y	T	R	N	M	Y	I
Query Conservation																																							.
Alig confidence																																							.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	K	N	E	Q	L	A	I	A	H	G	I	Q	K	I	I	A	E	N	Q	V	T	I	P	V	M	S	G	A	W	M	Y	Q	Y	N	T	T	R	F	T	G	W	W	S	E	E	N	P	K	G	R	P	S	V	W	A	G	I
Template Known Secondary structure																						T		S														T	T	T						B	T	T	B			S					S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.