Job Description P31448 Confidence 97.84% Date Thu Jan 5 11:47:39 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 405 % Identity 15% Template c3hfxA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter; PDBTitle: crystal structure of carnitine transporter Resolution 3.15 Å

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		2	.	.	.	.				.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.													.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.			.	.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence							.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		N	S	L	Q	I	.	.	.	L	S	F	V	G	F	T	L	L	V	A	V	I	T	W	W	K	V	R	K	T	D	T	G	S	Q	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	L	A	G	R	S	L	K	A	P	V	I	A	A	S	L	M	L	T	N	L	S	.	.	T	E	Q	L	V	G	L
Query Conservation							.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence							.	.	.																									.	.			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		N	V	W	G	W	A	F	E	W	Y	M	V	V	M	L	F	G	W	F	W	L	V	F	G	P	Y	A	K	K	R	L	G	.	.	N	E	P	P	E	F	S	T	A	S	W	I	F	M	M	F	A	S	C	T	S	A	A	V	L	F	W	G	S	I	E	I	Y	Y	Y	I	S	T	P	P	F	G	L	E	P	N
Template Known Secondary structure																									S	S	S	T	T	S		S	S	.	.	S	S			S	S											T					S																S		S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.			.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.			.	.	.	.	.	.	110					.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.																											.	.								.	.	.	.
Query SS confidence															.	.																											.	.								.	.	.	.
Query Sequence		S	G	Q	A	Y	K	S	G	M	S	V	M	G	.	.	W	E	V	T	S	A	V	T	L	I	F	L	A	L	I	F	L	P	R	Y	L	K	R	G	I	A	.	.	T	I	P	D	F	L	E	.	.	.	.	E	R	Y	D	K	T	T	R	I	I	I	D	F	C	F	L	I	A	T	G	V	C	F	L	P	I
Query Conservation															.	.																											.	.								.	.	.	.
Alig confidence															.	.																											.	.								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	G	A	K	E	L	G	L	A	Y	S	L	F	H	W	G	P	L	P	W	A	T	Y	S	F	L	S	V	A	F	A	Y	F	F	F	V	R	K	M	E	V	I	R	P	S	S	T	L	V	P	L	V	G	E	K	H	A	K	G	L	F	G	T	I	V	D	N	F	Y	L	V	A	L	I	F	A	M	G	T
Template Known Secondary structure																	T	S																				T	S						S	S	G	G	G	G		T	T	T		S	S		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.					.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.
Query Sequence		V	L	Y	S	G	A	L	A	L	N	S	L	F	H	V	G	E	S	L	Q	I	S	H	G	A	A	I	W	L	L	V	I	L	L	G	L	A	G	I	L	Y	A	V	I	G	.	.	.	.	G	L	R	A	M	A	V	A	D	S	I	N	G	I	G	L	V	I	G	G	L	M	V	P	V	F	G	L	I	A	M
Query Conservation																																															.	.	.	.
Alig confidence												.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation												.	.
Template Sequence		S	L	G	L	A	T	P	L	V	T	.	.	E	C	M	Q	W	L	F	G	I	P	H	T	L	Q	L	D	A	I	I	I	T	C	W	I	I	L	N	A	I	C	V	A	C	G	L	Q	K	G	V	R	I	A	S	D	V	R	S	Y	L	S	F	L	M	L	G	W	V	F	I	V	S	G	A	S	F	I	M	N
Template Known Secondary structure												.	.				T	T	S	T	T				T																				S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.
Template SS confidence
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.			.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K	G	S	F	M	Q	G	I	E	Q	L	T	T	V	H	A	E	K	L	N	S	I	G	G	P	T	D	P	L	P	I	G	A	A	F	T	G	L	I	L	V	N	T	F	Y	W	C	T	N	Q	G	I	V	Q	R	T	L	A	S	K	S	L	A	E	G	Q	K	G	A	L	L	T	A	V	L	K	M	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.
Template Sequence		Y	F	T	D	S	V	G	M	L	L	M	Y	L	P	R	M	L	F	Y	T	D	P	I	A	K	G	G	F	P	Q	G	W	T	V	F	Y	W	A	W	W	V	I	Y	A	I	Q	M	S	I	.	.	.	F	L	A	R	I	S	R	G	R	T	V	R	E	L	C	F	G	M	V	L	G	L	T	A	S	T	W	I
Template Known Secondary structure																			T					S	S								T											T							.	.	.					T		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.				.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.										.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.		.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		P	L	V	L	V	L	P	G	L	I	A	F	H	L	Y	Q	D	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	D	M	A	Y	P	T	L	V	N	N	V	.	L	P	V	P	M	V	G	F	F	G	A	V	L	F	G	A	V	I	S	T	F	N	G	F	L	N	S	A	S	T	L	F	S	M	G	I	Y	R
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																																					.	.
Template Conservation		.																																																																														.	.
Template Sequence		.	L	W	T	V	L	G	S	N	T	L	L	L	I	D	K	N	I	I	N	I	P	N	L	I	E	Q	Y	G	V	A	R	A	I	I	E	T	W	A	A	L	P	L	S	T	A	T	M	W	G	F	F	I	L	C	F	I	A	T	V	T	L	V	N	A	C	S	Y	T	L	A	M	S	T	C	R	E	V	.	.
Template Known Secondary structure		.															T	T	S								G	G	G												T	S	S	S	T	T																												T	T	S		S	S	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																																														.	.
Template SS confidence
			362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	I	I	N	Q	N	A	E	P	Q	Q	L	V	T	V	G	R	K	F	G	F	F	I	A	I	V	S	V	L	V	A	P	W	I	A	N	A	P	Q	G	L	Y	S	W	M	K	Q	L	N	G	I	Y	N	V	P	L	V	T	I	I	I	M	G	F	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.			.
Template Sequence		.	.	.	R	D	G	E	E	P	P	L	L	V	R	I	G	W	S	I	L	V	G	I	I	G	I	V	L	L	A	L	.	.	.	.	.	.	.	G	G	.	L	K	P	I	Q	T	A	I	I	A	G	G	C	P	L	F	F	V	N	I	M	V	T	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	S	S	S		S	S		S	T	T																			.	.	.	.	.	.	.		S	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.			.
Template SS confidence
					439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.								.	.		.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.