Job Description P13009 Confidence 41.74% Date Thu Jan 5 11:33:23 GMT 2012 Rank 305 Aligned Residues 281 % Identity 15% Template c3ivuB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:homocitrate synthase, mitochondrial; PDBTitle: homocitrate synthase lys4 bound to 2-og Resolution 2.72 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	I	L	V	L	D	G	G	M	G	T	M	I	Q	S	Y	R	L	N	E	A	D	F	R	G	E	R	F	A	D	W	P	C	D	L	K	G	N	N	D	L	L	V	L	S	K	P	E	V	I	A	A	I	H	N	A	Y	F	E	A	G	A	D	I	I	E	T	N	T	F	N	S	T	T	I	A	M	A	D
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Template Sequence		N	N	F	S	I	I	E	S	T	L	R	E	G	E	Q	F	A	N	A	F	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	K	K	I	Q	I	A	K	A	L	D	N	F	G	V	D	Y	I	E	L	T	S	P	V	A	S	E	Q	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S							T	T	T	G	G	G	G	S	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T		S							G	G	G				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	M	E	S	L	S	A	E	I	N	F	A	A	A	K	L	A	R	A	C	A	D	E	W	T	A	R	T	P	E	K	P	R	Y	V	A	G	V	L	G	P	T	N	R	T	A	S	I	S	P	D	V	N	D	P	A	F	R	N	I	T	F	D	G	L	V	A	A	Y	R	E	S	T	K	A	L	V	E	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	Q	D	C	E	A	I	C	K	L	G	L	K	C	K	I	L	T	H	I	R	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	M	D	D	A	R	V	A	V	E	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	S			S	S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.														.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	D	L	I	L	I	E	T	V	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	N	A	K	A	A	V	F	A	V	K	T	E	F	E	A	L	G	V	E	L	P	I	M	I	S	G	T	I	T	D	A	S	G	R	T	L	S	G	Q	T	T	E	A	F	Y	N	S	L	R	H	A	E	A
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		G	V	D	G	V	D	V	V	I	G	T	S	Q	Y	L	R	K	Y	S	H	D	M	T	Y	I	I	D	S	A	T	E	V	I	N	F	V	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	I	E	V	R	F	S	S	.	.	E	D	S	F	R	S	D	L	V	D	L	L	S	L	Y	K	A	V	D	K	I	G	V
Template Known Secondary structure		T		S								G	G	G																										.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								.	.	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.									.	.	.	.	160	.	.	.	.			.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250				.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.			.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.																								.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.																								.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	F	G	L	N	C	A	L	G	.	.	.	P	D	E	L	R	Q	Y	V	Q	E	L	S	R	I	A	E	C	Y	V	T	A	H	P	.	.	N	A	G	L	P	N	A	F	G	E	Y	D	L	D	A	D	T	M	A	K	Q	I	R	E	W	A	Q	A	G	F	L	N	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.																								.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.																								.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Sequence		N	R	V	G	I	A	D	T	V	G	C	A	T	P	R	Q	V	Y	D	L	I	R	T	L	R	G	V	V	S	C	D	I	E	C	H	F	H	N	D	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	I	A	N	A	Y	C	A	L	.	.	E	A	G	A	T	H	I	D	T	S	I	L	G	I	G
Template Known Secondary structure		S							S	S	S																			S	S							B		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.			T							B	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230													.	.	.	.	.	.	.	.	.	240			.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
																							308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.							.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	C	C	G	T	T	P	Q	H	I	A	A	M	S	R	A	V	E	G	L	A	P	R	K	L	P	E	I	P	.	.	.	.	.	.	V	A	C	R	L	S	G	L	E	P	L	N	I	G	E	D	S	L	F	V	N	V	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	N	G	I	T	P	L	G	A	L	L	A	R	M	Y	V	T	D	R	E	Y	I	T	H	K	Y	K	L	N	Q	L	R	E	L	E	N	L	V	A	D	A	V	E	V	Q	I	P	F	N	N	Y	I	T	G	M	C	A	F	T	H	K	A	G	I	H	A	S	T	Y	E	I	L	K	P	E	D	F	G	M
Template Known Secondary structure		S	T	T		B		B																				S		G	G	G													T					T	T		T	T	T	S	T	T	T	T					S	T	T							S		G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		361	.	.						.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380				.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.																		.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.																		.	.	.
Query Sequence		E	R	T	.	.	.	.	.	N	V	T	G	S	A	K	F	K	R	L	I	K	E	E	K	Y	.	.	.	S	E	A	L	D	V	A	R	Q	Q	V	E	N
Query Conservation					.	.	.	.	.																		.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	R	Y	V	H	V	G	S	R	L	T	G	W	N	A	I	K	S	R	A	E	Q	L	N	L	H	L	T	D	A	Q	A	K	E	L	T	V	R	I	K	K
Template Known Secondary structure									S															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.