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Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.2 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c6dspB_ | 1.37 | PDB header: signaling protein | Chain: B: PDB Molecule: autoinducer 2-binding protein lsrb; |
Added to library: Sat Feb 9 08:28:46 2019 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | V | T | V | T | F | I | P | K | L | T | G | N | A | F | F | E | S | A | N | K | G | A | Q | K | Y | S | E | Q | W | G | F | K | V | D | Y | E | G | D | A | N | A | S | A | A | S | Q | V | S | V | I | N | K | A | V | Q | Q | G | T | N | A | I | C | L | S | S | V | D | A | A | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | T | S | S | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | V | K | D | A | L | K | A | A | A | D | A | G | V | T | V | T | T | W | D | S | D | V | D | P | S | V | R | K | V | M | V | S | Q | G | T | P | E | Q | L | G | Q | M | L | V | Q | M | G | Y | D | S | L | K | E | R | G | K | D | P | E | K | D | A | I | K | Y | C | W | H | Y | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | G | G | G | S | S | T | T | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | N | A | T | V | T | D | Q | N | S | W | Q | V | E | G | E | K | Y | I | K | S | K | Y | P | N | W | Q | N | V | A | P | D | N | Y | Y | S | N | Q | D | A | E | Q | A | I | S | V | G | E | S | I | L | S | A | H | S | D | I | D | L | I | I | C | N | D | S | T | A | L | P | G | Q |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | S | T | T | T | T | T | T | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | A | Q | A | A | Q | N | K | G | L | T | A | K | N | V | T | I | T | G | F | A | S | P | N | S | M | K | Q | Y | C | N | D | G | I | L | T | R | W | G | L | W | D | C | G | I | Q | G | A | M | G | C | Y | M | A | Y | Y | I | A | S | G | N | S | V | K | V | G | D | K | I | E | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | B | G | G | G | G | T | T | S | S | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | |||||
Sequence | P | T | V | G | T | V | E | V | M | P | N | S | V | L | D | P | K | A | D | D | S | D | T | S | S | G | V | V | L | L | P | E | R | T | I | F | T | K | D | N | M | N | N | Y | D | F | ||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | G | G | G | T | T | T | S | S | T | T | S | T | T | T | G | G | G |
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