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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c5xe7A_ | 2.16 | PDB header: dna binding protein | Chain: A: PDB Molecule: ecf rna polymerase sigma factor sigj; |
Added to library: Sat Jul 22 08:50:58 2017 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | E | V | S | E | F | E | A | L | R | Q | H | L | X | S | V | A | Y | R | L | T | G | T | V | A | D | A | E | D | I | V | Q | E | A | W | L | R | W | D | S | T | V | I | A | D | P | R | A | W | L | T | T | V | V | S | R | L | G | L | D | K | L | E | T | Y | T | G | T | W | L | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | E | P | V | V | T | G | L | D | A | T | D | P | L | A | A | V | V | A | A | E | D | A | R | F | A | A | X | V | V | L | E | R | L | R | P | D | Q | R | V | A | F | V | L | H | D | G | F | A | V | P | F | A | E | V | A | E | V | L | G | T | S | E | A | A | A | R | Q | L | A | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | S | G | G | G | S | T | T | T | S | S | S | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | R | A | R | K | A | V | T | D | P | A | H | N | E | V | V | G | R | L | X | A | A | X | A | A | G | D | L | D | T | V | V | S | L | L | H | P | D | V | T | F | T | G | D | S | N | G | K | A | P | T | A | V | R | A | V | R | G | S | D | K | V | V | R | F | I | L | G | L | V | Q |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | T | G | G | G | T | S | B | T | T | T | T | S | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . |
Sequence | R | Y | G | P | G | L | F | G | A | N | Q | L | A | L | V | N | G | E | L | G | A | Y | T | A | G | L | P | G | V | D | G | Y | R | A | X | A | P | R | I | T | A | I | T | V | R | D | G | K | V | C | A | L | W | D | I | A | N | P | D | K | F | T | G | S | P | L | K | |||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | G | G | G | T | T | T | T | S | S | S | T | T | G | G | G | T | T | S | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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