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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c5dmuA_ | PDB header: transferase | Chain: A: PDB Molecule: nhej polymerase; | PDBTitle: structure of the nhej polymerase from methanocella paludicola |
Added to library: Sat Oct 10 08:21:54 2015 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | G | L | V | P | R | G | S | H | M | T | E | V | L | H | I | E | G | H | D | I | K | V | T | N | P | D | K | V | L | F | P | E | D | G | I | T | K | G | E | L | V | D | Y | Y | R | R | I | S | G | V | M | V | P | L | V | R | G | R | P | M | T | M | Q | R | F | P | D | G | I | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | B | S | S | T | T | S | T | T | B | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | K | E | G | F | F | Q | K | E | A | S | D | Y | F | P | D | W | V | H | R | A | T | L | E | L | G | K | G | G | I | Q | H | Q | V | V | C | D | D | A | A | T | L | V | Y | L | A | S | Q | A | M | I | T | P | H | V | F | L | S | R | I | D | K | V | H | Y | P | D | R | L | I | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | S | T | T | S | T | T | S | S | S | T | T | S | S | G | G | G | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | D | L | D | P | P | D | N | N | F | E | T | V | R | S | A | A | K | T | I | R | E | A | L | D | A | E | G | Y | P | V | Y | L | M | T | T | G | S | R | G | L | H | V | V | V | P | L | D | R | S | A | D | F | D | T | V | R | A | F | A | R | G | F | G | E | K | L | T | K | K | Y |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | S | S | S | B | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | P | D | R | F | T | I | E | L | S | K | E | K | R | R | G | R | L | F | L | D | Y | L | R | N | S | Y | G | Q | T | G | V | A | P | Y | G | V | R | A | R | S | G | A | P | V | A | T | P | I | T | W | D | E | L | D | D | I | S | G | S | Q | E | Y | N | I | R | N | I | M | G | R |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | S | T | T | T | T | T | T | B | T | T | S | S | T | T | T | T | B | S | S | T | T | B | B | B | T | T | S | T | T | S | B | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | ||||||||||
Sequence | M | D | K | R | G | D | A | W | K | Y | I | D | K | D | R | T | S | I | K | N | L | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | G | G | G | G | B | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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