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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c5dkvD_ | PDB header: sugar binding protein | Chain: D: PDB Molecule: abc transporter substrate binding protein (ribose); | PDBTitle: crystal structure of an abc transporter solute binding protein from2 agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d-3 tagatopyranose |
Added to library: Sat Oct 3 09:15:15 2015 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | K | F | R | I | A | L | I | P | G | L | T | T | D | A | F | Y | I | T | M | H | K | G | A | E | A | A | A | A | A | I | G | A | Q | I | I | F | Q | G | A | P | D | F | N | P | V | T | Q | V | P | V | L | D | A | V | I | A | K | K | P | D | A | I | L | I | A | P | T | D | T | T |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | S | S | S | T | S | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | Q | L | V | Q | P | L | K | K | A | A | D | A | G | I | P | M | I | T | V | D | T | F | I | G | T | G | D | Y | Q | T | G | A | G | D | G | D | F | P | L | S | Y | I | A | S | D | N | V | L | G | G | E | I | A | A | R | S | L | A | L | A | I | G | D | K | G | K | V | Y | V | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | S | S | S | T | T | S | S | S | S | S | T | T | S | S | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | N | V | K | P | G | V | S | T | T | D | Q | R | E | Q | G | F | K | S | E | M | A | K | H | P | G | I | T | V | L | E | T | Q | F | N | D | N | D | A | N | K | A | A | S | Q | L | Q | A | V | Y | A | R | N | P | D | L | A | G | V | F | G | A | N | L | F | S | G | L | G | S | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | N | G | V | Q | Q | A | G | Q | S | G | T | I | K | V | V | A | F | D | A | P | G | S | V | V | D | N | L | K | S | G | L | I | D | F | A | I | A | Q | H | P | A | E | I | G | Y | Y | G | V | I | S | A | Y | A | H | L | T | G | Q | S | I | P | T | K | I | G | T | G | F | T | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | S | S | T | T | T | S | S | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | I | N | K | S | N | V | T | D | P | A | V | A | R | F | I | Y | A | E | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | S | T | T | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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