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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4wutA_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: abc transporter substrate binding protein (ribose); | PDBTitle: crystal structure of an abc transporter solute binding protein2 (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220)3 with bound d-fucose |
Added to library: Sat Dec 20 10:11:38 2014 | |
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Sequence | G | E | I | A | V | I | V | K | T | V | N | S | T | F | W | Q | N | V | Q | K | G | A | D | A | A | I | G | K | Q | K | A | H | T | I | T | F | Q | G | P | A | A | E | S | A | I | A | D | Q | V | N | X | V | E | N | A | V | N | R | K | V | D | A | I | L | L | A | P | S | D | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | T | T | S | S | S | S | T | T | T | T | S | S | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | D | A | L | V | P | A | V | K | K | A | W | E | A | R | I | P | V | V | I | I | D | S | X | L | S | K | D | A | E | K | Y | Y | Q | A | F | L | A | T | D | N | K | A | A | G | E | L | A | A | K | A | X | I | Q | K | V | G | T | E | G | K | I | A | V | X | S | Y | V | A | G | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | S | S | G | G | G | G | G | G | S | S | S | S | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | G | S | E | I | G | R | V | G | G | F | T | D | Y | I | K | A | N | S | K | L | Q | I | V | G | P | Y | Y | S | Q | S | Q | X | A | T | A | L | N | Q | T | T | D | V | L | A | A | N | A | D | L | K | G | I | F | G | A | N | E | P | T | A | I | G | X | G | R | A | I | K | Q | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | G | K | A | G | K | L | V | A | I | G | F | D | G | N | Q | D | L | Q | E | F | V | K | D | G | T | L | E | A | T | V | V | Q | G | S | Y | Q | X | G | E | K | G | V | D | T | L | L | K | L | L | S | K | E | K | V | E | K | F | I | D | T | G | V | V | V | V | T | K | Q | N | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | S | S | T | T | S | S | T | T | S | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | D | K | P | E | A | K | N | V | L | Y | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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