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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4qvjA_ | PDB header: viral protein | Chain: A: PDB Molecule: vp1; | PDBTitle: unliganded crystal structure of feline norovirus p domain co-2 crystallized with n-acetylneuraminic acid |
Added to library: Sat Nov 22 08:13:02 2014 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | V | S | F | S | V | P | G | L | V | V | E | D | M | S | N | S | R | W | P | A | Q | I | N | G | L | V | V | R | G | N | E | A | Q | V | V | H | F | Q | N | G | R | C | T | T | E | G | T | L | L | G | T | T | T | L | S | I | N | S | I | C | G | L | R | G | L | S | V | S | Q | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | B | S | S | S | S | B | S | S | B | S | S | S | B | T | T | B | T | T | S | G | G | G | T | T | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | S | V | A | D | T | T | L | W | L | R | V | E | E | P | D | G | R | P | Y | D | I | F | G | D | Q | P | A | P | L | G | T | P | D | F | T | A | V | I | V | G | T | A | I | R | P | R | T | A | S | G | A | Y | L | H | D | A | Y | V | D | T | T | P | G | D | A | D | F | T | P | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | B | B | T | T | S | B | T | T | S | S | S | S | S | S | T | T | S | B | S | S | T | T | S | T | T | T | T | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | T | G | N | T | K | I | V | L | R | G | G | G | S | G | H | V | G | Q | G | H | Y | W | Q | F | R | P | I | A | V | E | G | G | G | S | R | P | Q | Y | Q | E | Y | N | L | P | D | Y | A | G | P | T | A | S | N | H | D | L | A | P | P | V | A | P | R | M | P | G | E | L | L | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | T | T | T | B | T | T | S | S | S | S | T | T | S | B | T | T | S | T | T | T | T | S | S | B | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | L | F | E | S | D | M | P | V | W | D | N | G | A | G | A | A | P | A | Q | K | I | H | C | L | L | P | N | E | F | I | T | H | L | F | D | L | Q | A | P | A | L | A | E | A | A | L | L | R | Y | V | H | P | D | S | G | R | T | L | F | E | C | K | L | Y | R | E | G | Y | M | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S | S | S | T | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | |||||||||||||||||||||||
Sequence | V | A | A | P | A | G | R | L | N | F | P | L | D | G | Y | F | R | F | D | S | W | V | S | A | F | Y | I | L | S | P | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | T | T |
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