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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4ot9A_ | PDB header: transcription | Chain: A: PDB Molecule: nuclear factor nf-kappa-b p100 subunit; | PDBTitle: crystal structure of the c-terminal domain of p100/nf-kb2 |
Added to library: Sat Jan 17 09:05:42 2015 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | Q | A | P | E | M | L | Q | R | A | R | E | Y | N | A | R | L | F | G | L | A | Q | R | S | A | R | A | L | L | D | Y | G | V | T | A | D | A | R | A | L | L | A | G | Q | R | H | L | L | T | A | Q | D | E | N | G | D | T | P | L | H | L | A | I | I | H | G | Q | T | S | V | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | G | G | G | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | E | Q | I | V | Y | V | I | H | H | A | Q | D | L | G | V | V | N | L | T | N | H | L | H | Q | T | P | L | H | L | A | V | I | T | G | Q | T | S | V | V | S | F | L | L | R | V | G | A | D | P | A | L | L | D | R | H | G | D | S | A | M | H | L | A | L | R | A | G | A | G | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | G | G | G | T | T | T | T | S | T | T | T | T | S | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | P | E | L | L | R | A | L | L | Q | S | G | A | P | A | V | P | Q | L | L | H | M | P | D | F | E | G | L | Y | P | V | H | L | A | V | R | A | R | S | P | E | C | L | D | L | L | V | D | S | G | A | E | V | E | A | T | E | R | Q | G | G | R | T | A | L | H | L | A | T | E | M |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | G | G | G | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | S | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | E | E | L | G | L | V | T | H | L | V | T | K | L | R | A | N | V | N | A | R | T | F | A | G | N | T | P | L | H | L | A | A | G | L | G | Y | P | T | L | T | R | L | L | L | K | A | G | A | D | I | H | A | E | N | E | E | P | S | S | F | R | G | H | T | P | L | D | L | T | C |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | S | S | T | T | S | T | T | T | S | S | T | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | S | T | K | V | K | T | L | L | L | N | A | A | Q | N | T | M | E | P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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