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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4nzrM_ | PDB header: immune system/protein binding | Chain: M: PDB Molecule: protein m td; | PDBTitle: crystal structure of the antibody-binding region of protein m (protein2 m td) in complex with anti-hiv antibody pgt135 fab |
Added to library: Sat Feb 22 08:15:01 2014 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | N | D | G | S | Y | Q | S | E | I | D | L | S | G | G | A | N | F | R | E | K | F | R | N | F | A | N | E | L | S | E | A | I | T | N | S | P | K | G | L | D | R | P | V | P | K | T | E | I | S | G | L | I | K | T | G | D | N | F | I | T | P | S | F | K | A | G | Y | Y | D | H |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | S | B | S | S | S | S | B | S | S | T | T | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | V | A | S | D | G | S | L | L | S | Y | Y | Q | S | T | E | Y | F | N | N | R | V | L | M | P | I | L | Q | T | T | N | G | T | L | M | A | N | N | R | G | Y | D | D | V | F | R | Q | V | P | S | F | S | G | W | S | N | T | K | A | T | T | V | S | T | S | N | N | L | T | Y | D |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | B | T | T | S | S | S | S | S | B | S | S | B | S | S | S | S | S | S | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | K | W | T | Y | F | A | A | K | G | S | P | L | Y | D | S | Y | P | N | H | F | F | E | D | V | K | T | L | A | I | D | A | K | D | I | S | A | L | K | T | T | I | D | S | E | K | P | T | Y | L | I | I | R | G | L | S | G | N | G | S | Q | L | N | E | L | Q | L | P | E | S | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | S | G | G | G | T | T | T | T | S | T | S | G | G | G | G | G | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | K | K | V | S | L | Y | G | D | Y | T | G | V | N | V | A | K | Q | I | F | A | N | V | V | E | L | E | F | Y | S | T | S | K | A | N | S | F | G | F | N | P | L | V | L | G | S | K | T | N | V | I | Y | D | L | F | A | S | K | P | F | T | H | I | D | L | T | Q | V | T | L | Q |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | B | T | T | S | S | G | G | G | B | T | T | T | T | T | S | T | T | S | B |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 350 |
Sequence | N | S | D | N | S | A | I | D | A | N | K | L | K | Q | A | V | G | D | I | Y | N | Y | R | R | F | E | R | Q | F | Q | G | Y | F | A | G | G | Y | I | D | K | Y | L | V | K | N | V | N | T | N | K | D | S | D | D | D | L | V | Y | R | S | L | K | E | L | N | L | H | L | E | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | B | T | T | T | T | T | G | G | G | S | T | T | S | T | T | S | S | S | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 360 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 370 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 380 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 390 | . | ||
Sequence | A | Y | R | E | G | D | N | T | Y | Y | R | V | N | E | N | Y | Y | P | G | A | S | I | Y | E | N | E | R | A | S | R | D | S | E | F | Q | N | E | I | L | K | R | |||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | T | T |
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