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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4n8yA_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: putative trap-type c4-dicarboxylate transport system, | PDBTitle: crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from2 bradyrhizobium sp. btai1 b (bbta_0128), target efi-5100563 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate |
Added to library: Sat Nov 23 09:00:11 2013 | |
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Sequence | R | D | F | R | S | A | D | V | H | P | A | D | Y | P | T | V | E | A | V | K | F | M | G | K | Q | L | A | A | A | S | G | G | K | L | G | V | K | V | F | P | N | G | A | L | G | S | E | K | D | T | I | E | Q | L | K | I | G | A | L | D | M | M | R | I | N | S | S | P | L | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | S | T | T | T | S | T | T | T | T | T | S | S | S | G | G | G | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | N | F | V | P | E | T | V | A | L | C | L | P | F | V | F | R | D | T | Q | H | M | R | N | V | L | D | G | P | I | G | D | E | I | L | A | A | M | E | P | A | G | L | V | G | L | A | Y | Y | D | S | G | A | R | S | I | Y | T | V | K | A | P | V | K | S | L | A | D | L | K | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | G | G | G | S | T | T | S | S | S | S | T | T | G | G | G | T | S | S | S | S | G | G | G | G | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | L | K | I | R | V | Q | Q | S | D | L | W | V | G | M | I | Q | S | L | G | A | N | P | T | P | M | P | Y | G | E | V | Y | T | A | L | K | T | G | L | V | D | A | A | E | N | N | W | P | S | Y | E | S | S | R | H | F | E | A | A | K | F | Y | N | I | T | E | H | S | L | A | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | G | G | G | T | S | S | T | S | G | G | G | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | E | V | L | V | M | S | K | K | V | W | D | T | L | S | K | E | D | Q | A | L | V | R | K | A | A | K | D | S | V | P | V | M | R | K | L | W | D | E | R | E | Q | A | S | R | K | A | V | E | A | A | G | V | Q | V | V | T | V | A | N | K | Q | E | F | V | D | A | M | K | P | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | Y | Q | K | F | A | G | D | E | K | L | S | S | L | V | K | R | I | Q | D | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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