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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4mptA_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: putative leu/ile/val-binding protein; | PDBTitle: crystal structure of periplasmic binding protein type 1 from2 bordetella pertussis tohama i |
Added to library: Sat Jan 11 09:12:57 2014 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | D | T | I | K | I | G | X | T | S | A | L | T | G | P | Y | N | E | F | G | E | G | N | R | R | A | V | E | L | A | V | E | Q | W | N | A | K | G | G | I | N | G | K | K | I | E | I | A | X | L | L | D | D | Q | L | N | P | D | R | A | V | Q | N | I | R | A | I | L | D | N | K |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | T | T | S | B | T | T | B | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | D | I | V | G | I | I | G | P | A | G | S | G | P | X | L | A | V | I | D | X | V | Q | A | D | G | R | P | Y | X | N | P | I | A | Q | T | P | V | V | T | Y | P | G | E | K | T | G | E | K | P | R | P | N | V | F | S | F | A | L | Q | N | D | I | E | A | V | A | X | G | E | Y |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | S | G | G | G | T | T | T | S | B | T | T | B | S | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | L | A | K | K | F | K | R | V | G | I | I | H | E | S | T | A | Y | G | V | T | G | V | D | Y | L | A | A | S | I | A | K | N | G | G | A | K | P | V | A | T | D | S | Y | N | Q | G | A | Q | D | X | T | A | Q | V | A | R | X | K | R | A | N | V | D | A | I | A | A | I | G | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | T | T | S | T | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | G | K | D | L | A | V | L | R | R | T | X | A | R | L | N | V | N | V | P | L | A | A | S | N | G | A | L | G | Q | P | Y | Q | E | G | A | G | E | L | T | L | G | T | L | G | T | X | I | G | A | F | G | N | P | X | R | A | P | A | A | D | F | A | K | A | Y | K | A | K | Y | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | G | G | G | G | S | G | G | G | G | T | T | T | T | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 350 |
Sequence | T | D | R | W | W | G | N | D | P | E | N | P | Q | L | F | X | A | I | S | V | S | N | G | Y | D | A | A | N | I | L | F | E | G | I | R | L | A | N | S | T | D | P | K | A | V | I | A | A | I | E | S | I | K | D | Y | Q | G | V | N | T | A | Y | T | F | S | K | E | R | H | H |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | S | S | S | S | T | T | T | T | S | S | S | S | S | B | T | T | B | B |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 360 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 370 | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||
Sequence | G | I | E | T | D | G | V | K | V | F | E | Y | V | K | K | G | D | K | I | R | L | E | P | I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | S | S | S |
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