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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4llfE_ | PDB header: virus | Chain: E: PDB Molecule: capsid protein; | PDBTitle: crystal structure of cucumber necrosis virus |
Added to library: Sat Nov 2 08:27:17 2013 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | G | S | V | R | I | T | H | R | E | Y | V | S | V | L | S | G | T | N | G | E | F | L | R | N | N | G | T | G | P | N | N | D | F | S | I | N | P | L | N | P | F | L | F | P | W | L | V | N | I | A | A | N | F | D | Q | Y | K | F | N | S | L | R | F | E | Y | V | P | L | V | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | G | G | G | T | S | S | T | T | B | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | T | T | T | N | G | R | V | A | L | Y | F | D | K | D | S | E | D | P | G | P | D | D | R | A | A | L | A | N | Y | A | H | L | S | E | I | S | P | W | A | I | T | K | L | T | V | P | T | D | N | V | K | R | F | I | S | D | T | S | S | G | D | P | K | L | I | N | L | G | Q | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | T | T | S | S | T | T | T | G | G | G | S | T | T | S | S | T | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | G | W | V | A | Y | S | G | P | T | A | E | L | G | D | I | F | V | E | Y | T | V | D | L | F | E | A | Q | P | T | S | P | L | L | E | S | L | F | R | E | S | A | S | S | V | Q | T | R | M | G | L | P | Y | F | S | L | E | V | A | S | A | T | D | L | V | W | Q | A | R | V | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | T | T | T | T | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | G | T | Y | V | V | T | I | I | F | N | S | T | V | G | G | L | T | P | S | I | S | G | G | G | T | I | N | S | S | F | S | V | S | T | A | G | S | S | A | Y | V | A | N | I | T | I | R | V | N | A | N | L | S | L | S | G | L | T | G | A | T | N | A | Q | L | F | A | V | R | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | I | T | E | N | A | V | Q | V | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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