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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4l8kB_ | PDB header: hydrolase | Chain: B: PDB Molecule: putative peptidase; | PDBTitle: crystal structure of a putative peptidase (parmer_02772) from2 parabacteroides merdae atcc 43184 at 2.26 a resolution |
Added to library: Sat Jul 6 08:30:01 2013 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | N | S | S | P | R | D | N | F | E | A | L | W | R | I | X | D | E | N | Y | C | F | F | A | F | K | D | V | D | W | D | D | V | Y | D | R | Y | N | L | L | V | K | D | T | X | N | Q | Y | E | L | F | D | I | L | G | K | X | L | A | E | V | K | D | G | H | T | N | L | I | S | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | G | G | G | S | S | T | T | G | G | G | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | F | D | X | S | R | Y | W | A | W | Y | E | D | Y | P | A | N | F | Y | K | E | I | Q | D | N | Y | L | G | T | D | Y | K | I | A | G | G | X | K | Y | K | R | L | A | D | D | Q | I | G | Y | V | Y | Y | G | S | F | S | S | G | V | G | E | N | N | L | D | Y | X | F | A | H | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | B | T | T | S | S | S | T | T | T | T | T | T | B | T | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | K | E | C | K | G | L | I | F | D | V | R | D | N | G | G | G | S | X | L | Y | S | D | R | I | A | S | R | F | L | E | E | R | I | L | T | G | Y | T | Q | Y | K | K | G | N | G | H | N | D | F | T | Q | P | N | P | V | Y | L | S | P | S | D | R | T | R | W | L | R | P | V | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | B | G | G | G | S | S | B | S | S | S | T | T | B | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | V | L | T | N | R | H | S | Y | S | A | T | N | D | F | V | N | V | X | R | L | L | P | Q | V | T | V | X | G | D | R | T | G | G | G | S | G | L | P | F | S | S | E | L | P | N | G | W | S | V | R | F | S | A | C | P | V | L | D | V | N | K | Q | H | T | E | F | G | I | D | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | B | T | T | T | S | T | T | S | B | S | T | T | S | S | T | T | S | B | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | ||||||||||||
Sequence | D | T | A | V | A | I | T | G | E | D | I | X | K | G | R | D | T | I | I | E | A | A | I | G | L | L | L | A | K | G | D | S | A | I | S | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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