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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4jb9H_ | PDB header: viral protein/immune system | Chain: H: PDB Molecule: antibody vrc06 heavy chain; | PDBTitle: crystal structure of antibody vrc06 in complex with hiv-1 gp120 core |
Added to library: Sat May 11 08:39:05 2013 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | E | V | Q | L | V | E | S | G | P | V | M | R | K | P | G | S | S | M | K | I | S | C | A | T | S | G | Y | N | F | R | D | F | S | I | H | W | V | R | F | N | R | R | Y | G | F | E | W | I | G | W | I | K | P | M | W | G | A | V | N | Y | A | R | Q | L | Q | G | R | V | S | M |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | G | G | G | S | T | T | T | T | T | T | T | G | G | G | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | S | R | L | F | S | Q | D | L | Y | Y | P | D | R | G | T | A | Y | L | E | F | S | G | L | T | S | A | D | T | A | D | Y | F | C | V | R | R | G | S | S | C | P | H | C | G | D | F | H | F | E | H | W | G | Q | G | T | A | V | V | V | S | A | A | S | T | K | G | P | S | V | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | S | S | T | T | S | S | S | S | S | T | T | S | B |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | P | L | A | P | S | S | K | A | L | G | C | L | V | K | D | Y | F | P | E | P | V | T | V | S | W | N | S | G | A | L | T | S | G | V | H | T | F | P | A | V | L | Q | S | S | G | L | Y | S | L | S | S | V | V | T | V | P | S | S | S | L | G | T | Q | T | Y | I | C | N | V | N |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | B | S | S | B | B | T | T | T | T | B | T | T | T | T | S | T | T | S | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | H | K | P | S | N | T | K | V | D | K | K | V | E | P | K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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