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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4ifdC_ | PDB header: hydrolase/rna | Chain: C: PDB Molecule: exosome complex component rrp43; | PDBTitle: crystal structure of an 11-subunit eukaryotic exosome complex bound to2 rna |
Added to library: Sat Feb 9 15:39:30 2013 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | L | E | T | I | E | I | H | P | I | T | F | P | P | E | V | L | A | R | I | S | P | E | L | S | L | Q | R | H | L | S | L | G | I | R | P | C | L | R | K | Y | E | E | F | R | D | V | A | I | E | N | N | T | L | S | R | Y | A | D | A | G | N | I | D | T | K | N | N | I | L | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | B | T | T | S | B | T | T | S | S | S | S | T | T | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | S | N | V | L | K | S | G | K | T | I | V | I | T | S | I | T | G | G | I | I | E | E | T | E | D | I | I | A | N | Y | A | S | V | Y | P | V | V | E | V | E | R | G | R | V | G | A | C | T | D | E | E | M | T | I | S | Q | K | L | H | D | S | I | L | H | S | R | I | L | P | K |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | G | G | G | S | S | S | S | T | T | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | K | A | L | K | V | K | A | G | V | R | S | A | N | E | D | G | T | F | S | V | L | Y | P | D | E | L | K | R | K | W | S | Y | V | L | Y | A | K | I | V | V | L | S | R | T | G | P | V | F | D | L | C | W | N | S | L | M | Y | A | L | Q | S | V | K | L | P | R | A | F | I | D |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | T | T | T | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | E | R | A | S | D | L | R | M | T | I | R | T | R | G | R | S | A | T | I | R | E | T | Y | E | I | I | C | D | Q | T | K | S | V | P | L | M | I | N | A | K | N | I | A | F | A | S | N | Y | G | I | V | E | L | D | P | E | C | Q | L | Q | N | T | V | L | I | A | D | L | D | T |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | T | T | T | G | G | G | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . |
Sequence | E | A | E | E | T | S | I | H | S | T | I | S | I | L | A | A | P | S | G | N | Y | K | Q | L | T | L | M | G | G | G | A | K | I | T | P | E | M | I | K | R | S | L | L | L | S | R | V | R | A | D | D | L | S | T | R | F | N | I | ||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S | T |
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