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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4dkmH_ | PDB header: fluorescent protein | Chain: H: PDB Molecule: amphioxus green fluorescent protein, gfpc1a; | PDBTitle: crystal structure of amphioxus gfpc1a |
Added to library: Sat May 25 08:32:32 2013 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | L | P | T | T | H | E | V | H | V | Y | G | S | I | N | G | V | E | F | D | L | V | G | S | G | K | G | N | P | K | D | G | S | E | E | I | Q | V | K | S | T | K | G | P | L | G | F | S | P | Y | I | V | V | P | N | I | F | H | Q | Y | L | P | F | P | D | G | M | S | P | F | Q |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | T | S | S | S | S | S | S | G | G | G | T | S | T | T | G | G | G | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | A | A | A | D | D | G | S | G | Y | V | V | H | R | T | I | Q | F | E | D | G | A | S | L | T | G | N | Y | R | Y | S | Y | D | G | G | H | I | K | G | E | F | H | V | V | G | S | G | F | P | A | D | G | P | V | M | T | K | S | L | T | A | V | D | W | S | V | A | T | M | L | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | T | T | T | T | S | T | T | T | T | T | B |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | P | N | D | T | T | V | V | S | T | I | D | W | T | C | P | T | T | S | G | K | R | Y | H | A | T | L | R | T | N | Y | T | F | A | K | P | I | A | A | T | I | L | Q | K | Q | P | M | F | V | F | R | K | T | E | V | K | A | S | D | A | E | I | N | L | K | E | W | Q | K | A | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | B | T | T | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | H | D | L | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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