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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4cemA_ | PDB header: transcription | Chain: A: PDB Molecule: regulator of nonsense transcripts 2; | PDBTitle: crystal structure of the first mif4g domain of human2 nonsense mediated decay factor upf2 |
Added to library: Sat Jan 11 09:27:23 2014 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | X | K | E | K | E | E | S | I | Q | L | H | Q | E | A | W | E | R | H | H | L | R | K | E | L | R | S | K | N | Q | N | A | P | D | S | R | P | E | E | N | F | F | S | R | L | D | S | S | I | K | K | N | T | A | F | V | K | K | L | K | T | I | T | E | Q | Q | R | D | S | L | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | G | G | G | T | S | B | G | G | G | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | H | D | F | N | G | L | N | L | S | K | Y | I | A | E | A | V | A | S | I | V | E | A | K | L | K | I | S | D | V | N | C | A | V | H | L | C | S | L | F | H | Q | R | Y | A | D | F | A | P | S | L | L | Q | V | W | K | K | H | F | E | A | R | K | E | E | K | T | P | N | I | T |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | B | T | T | G | G | G | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | K | L | R | T | D | L | R | F | I | A | E | L | T | I | V | G | I | F | T | D | K | E | G | L | S | L | I | Y | E | Q | L | K | N | I | I | N | A | D | R | E | S | H | T | H | V | S | V | V | I | S | F | C | R | H | C | G | D | D | I | A | G | L | V | P | R | K | V | K | S | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | A | E | K | F | N | L | S | F | P | P | S | E | I | I | S | P | E | K | Q | Q | P | F | Q | N | L | L | K | E | Y | F | T | S | L | T | K | H | L | K | R | D | H | R | E | L | Q | N | T | E | R | Q | N | R | R | I | L | H | S | K | G | E | L | S | E | D | R | H | K | Q | Y | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | T | T | T | T | T | T | T | T | T | T | S | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||
Sequence | E | F | A | X | S | Y | Q | K | L | L | A | N | S | Q | S | L | A | D | L | L | D | E | N | X | P | D | L | P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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