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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4cekA_ | PDB header: transcription | Chain: A: PDB Molecule: regulator of nonsense transcripts 2; | PDBTitle: crystal structure of the second mif4g domain of human2 nonsense mediated decay factor upf2 |
Added to library: Sat Jan 11 09:13:09 2014 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | G | I | W | E | D | E | D | A | R | N | F | Y | E | N | L | I | D | L | K | A | F | V | P | A | T | L | E | L | G | D | E | A | E | D | L | T | K | K | L | L | D | E | Q | S | T | G | S | H | L | K | L | I | V | D | A | F | L | Q | Q | L | P | N | C | V | N | R | D | L | I | D |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | G | G | G | S | G | G | G | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | K | A | A | M | D | F | C | M | N | M | N | T | K | A | N | R | K | K | L | V | R | A | L | F | I | V | P | R | Q | R | L | D | L | L | P | F | Y | A | R | L | V | A | T | L | H | P | C | M | S | D | V | A | E | D | L | C | S | M | L | R | G | D | F | R | F | H | V | R | K | K |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | G | G | G | G | G | G | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | I | N | I | E | T | K | N | K | T | V | R | F | I | G | E | L | T | K | F | K | M | F | T | K | N | D | T | L | H | C | L | K | M | L | L | S | D | F | S | H | H | H | I | E | M | A | C | T | L | L | E | T | C | G | R | F | L | F | R | S | P | E | S | H | L | R | T | S | V | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | L | E | Q | M | M | R | K | K | Q | A | M | H | L | D | A | R | Y | V | T | M | V | E | N | A | Y | Y | Y | C | N | P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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