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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c4alzA_ | PDB header: membrane protein | Chain: A: PDB Molecule: yop proteins translocation protein d; | PDBTitle: the yersinia t3ss basal body component yscd reveals a different2 structural periplasmatic domain organization to known homologue prgh |
Added to library: Sat Apr 27 08:22:10 2013 | |
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Sequence | Q | L | V | E | Q | E | V | R | R | L | L | A | T | A | A | Y | K | D | V | V | L | T | S | P | K | E | G | E | P | W | L | L | T | G | Y | I | Q | D | N | H | A | R | L | S | L | Q | N | F | L | E | S | H | G | I | P | F | R | L | E | L | R | S | M | E | E | L | R | Q | G | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | G | G | G | T | T | T | T | S | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | E | F | I | L | Q | R | L | G | Y | H | G | I | E | V | S | L | A | P | Q | A | G | W | L | Q | L | N | G | E | V | S | E | E | I | Q | K | Q | K | I | D | S | L | L | Q | A | E | V | P | G | L | L | G | V | E | N | K | V | R | I | A | P | N | Q | R | K | R | L | D | A | L | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | T | T | T | T | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | |||
Sequence | E | Q | F | G | L | D | S | D | F | T | V | N | V | K | G | E | L | I | E | L | R | G | Q | V | N | D | E | K | L | S | S | F | N | Q | L | Q | Q | T | F | R | Q | E | F | G | N | R | P | K | L | E | L | V | N | V | ||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | T | T | T | T | S | S |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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