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| Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.2 | |||||||
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| Fold library id | PDB Header | Molecule | Title | 
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| c3t5qA_ | PDB header: viral protein/rna | Chain: A: PDB Molecule: nucleoprotein; | PDBTitle: 3a structure of lassa virus nucleoprotein in complex with ssrna | 
| Added to library: Sat Jan 14 21:24:31 2012 | |
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| Links to external resources | |
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| Sequence | K | S | F | L | W | T | Q | S | L | R | R | E | L | S | G | Y | C | S | N | I | K | L | Q | V | V | K | D | A | Q | A | L | L | H | G | L | D | F | S | E | V | S | N | V | Q | R | L | M | R | K | E | R | R | D | D | N | D | L | K | R | L | R | D | L | N | Q | A | V | N | N | L | 
| Predicted secondary structure |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | |||||||||||
| SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Known secondary structure (DSSP) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | G | G | G | B |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | S |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | S |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 | 
| Sequence | V | E | L | K | S | T | Q | Q | K | S | I | L | R | V | G | T | L | T | S | D | D | L | L | I | L | A | A | D | L | E | K | L | K | S | K | V | I | M | G | N | L | S | S | Q | Q | L | D | Q | R | R | A | L | L | N | M | V | V | R | V | W | D | V | K | N | A | E | L | L | S | N | 
| Predicted secondary structure |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | |||||||||||||||||||
| SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Known secondary structure (DSSP) | S | B |  |  |  | B | T | T | B |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | S | T | T |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | S | G | G | G | G | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 | 
| Sequence | Q | F | G | T | M | P | S | L | T | L | A | C | L | T | K | Q | G | Q | V | D | L | N | D | A | V | Q | A | L | T | D | L | G | L | I | Y | T | A | K | Y | P | N | T | S | D | L | D | R | L | T | Q | S | H | P | I | L | N | M | I | D | T | K | K | S | S | L | N | I | S | G | Y | 
| Predicted secondary structure |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | |||||||||||||||||||||||
| SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Known secondary structure (DSSP) | S | S |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T | T | T | S |  |  |  |  |  |  |  | T | T | T | G | G | G | G | G | S | T | T | T | T | T | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 | 
| Sequence | N | F | S | L | G | A | A | V | K | A | G | A | C | M | L | D | G | G | N | M | L | E | T | I | K | V | S | P | Q | T | M | D | G | I | L | K | S | I | L | K | V | K | K | A | L | G | M | F | I | S | D | T | P | G | E | R | N | P | Y | E | N | I | L | Y | K | I | C | L | S | G | 
| Predicted secondary structure |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | |||||||||||||||||||||||||||||
| SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Known secondary structure (DSSP) | S |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T | T | S | S | S | G | G | G | B | B | T | T | T |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T | S | S | S |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | 
| Sequence | D | G | W | P | Y | I | A | S | R | T | S | I | T | G | R | A | W | E | N | T | V | V | D | L | E | S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Predicted secondary structure |  |  |  |  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Known secondary structure (DSSP) | S | B | T | T | T | S | B | T | T | S |  |  |  |  |  |  |  | 
| Download: | PDB structure | FASTA sequence | 
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