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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c3sfvB_ | PDB header: protein transport/protein binding | Chain: B: PDB Molecule: lida protein, substrate of the dot/icm system; | PDBTitle: crystal structure of the gdp-bound rab1a s25n mutant in complex with2 the coiled-coil domain of lida from legionella pneumophila |
Added to library: Sat Apr 21 12:25:11 2012 | |
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Sequence | K | L | D | K | L | E | R | Q | G | K | D | L | E | D | K | Y | K | T | Y | E | E | N | L | E | G | F | E | K | L | L | T | D | S | E | E | L | S | L | S | E | I | N | E | K | M | K | A | F | S | K | D | S | E | K | L | T | Q | L | M | E | K | H | K | G | D | E | K | T | V | Q |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | S | L | Q | R | E | H | H | D | I | K | A | K | L | A | N | L | Q | V | L | H | D | A | H | T | G | K | K | S | Y | V | N | E | K | G | N | P | V | S | S | L | K | D | A | H | L | A | I | N | K | D | Q | E | V | V | E | H | K | G | Q | F | Y | L | L | Q | K | G | Q | W | D | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | T | T | S | B | S | G | G | G | S | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | I | K | N | D | P | A | A | L | E | K | A | Q | K | D | Y | S | Q | S | K | H | D | L | A | T | I | K | M | E | A | L | I | H | K | L | S | L | E | M | E | K | Q | L | E | T | I | N | D | L | I | M | S | T | D | P | K | E | N | E | E | A | T | K | L | L | H | K | H | N | G | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | N | L | K | L | A | N | L | Q | D | M | L | A | V | H | R | K | E | K | S | F | F | N | E | K | G | E | K | V | T | S | L | N | D | A | H | Y | V | I | G | K | D | Q | Q | L | F | N | L | G | G | K | F | Y | P | I | H | K | E | Q | K | I | L | E | K | D | G | K | F | Y | L | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | T | T | S | S | G | G | G | S | T | T | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . |
Sequence | K | Q | G | E | D | W | E | S | I | K | D | S | P | E | K | Q | K | K | A | E | H | D | F | H | K | L | Q | Y | E | T | P | M | T | V | K | K | L | V | H | H | N | K | G | L | E | T | T | I | H | K | E | R | I | E | E | L | E | H | H | H | H | H | ||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | G | G | G | G | S | B | G | G | G |
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