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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c3jpyA_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: glutamate [nmda] receptor subunit epsilon-2; | PDBTitle: crystal structure of the zinc-bound amino terminal domain of2 the nmda receptor subunit nr2b |
Added to library: Sun Aug 29 03:32:39 2010 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | P | P | S | I | G | I | A | V | I | L | V | G | T | S | D | E | V | A | I | K | D | A | H | E | K | D | D | F | H | H | L | S | V | V | P | R | V | E | L | V | A | M | N | E | T | D | P | K | S | I | I | T | R | I | C | D | L | M | S | D | R | K | I | Q | G | V | V | F | A | D |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | S | S | T | T | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | D | T | D | Q | E | A | I | A | Q | I | L | D | F | I | S | A | Q | T | L | T | P | I | L | G | I | H | G | G | S | S | M | I | M | A | D | K | D | E | S | S | M | F | F | Q | F | G | P | S | I | E | Q | Q | A | S | V | M | L | N | I | M | E | E | Y | D | W | Y | I | F | S | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | S | G | G | G | S | S | T | T | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | V | T | T | Y | F | P | G | Y | Q | D | F | V | N | K | I | R | S | T | I | E | N | S | F | V | G | W | E | L | E | E | V | L | L | L | D | M | S | S | K | I | Q | N | Q | L | K | K | L | Q | S | P | I | I | L | L | Y | C | T | K | E | E | A | T | Y | I | F | E | V | A | N | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | T | T | S | S | T | T | T | S | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | V | G | L | T | G | Y | G | Y | T | W | I | V | P | S | L | V | A | G | D | T | D | T | V | P | S | E | F | P | T | G | L | I | S | V | S | Y | D | E | W | D | Y | G | L | P | A | R | V | R | D | G | I | A | I | I | T | T | A | A | S | D | M | L | S | E | H | S | F | I | P | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | S | S | S | S | S | T | T | T | T | S | S | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 350 |
Sequence | P | K | S | S | C | Y | N | T | H | E | K | R | I | Y | Q | S | N | M | L | N | R | Y | L | I | N | V | T | F | E | G | R | D | L | S | F | S | E | D | G | Y | Q | M | H | P | K | L | V | I | I | L | L | N | K | E | R | K | W | E | R | V | G | K | W | K | D | K | S | L | Q | M |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | T | T | T | T | B | T | T | S | B | B | S | S | S | S | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | K | Y | Y | V | W | P | R | M | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S |
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