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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c2vqqA_ | PDB header: hydrolase | Chain: A: PDB Molecule: histone deacetylase 4; | PDBTitle: structure of hdac4 catalytic domain (a double cysteine-to-2 alanine mutant) bound to a trifluoromethylketone inhbitor |
Added to library: Tue Mar 16 13:28:55 2010 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | R | F | T | T | G | L | V | Y | D | T | L | M | L | K | H | Q | H | A | G | R | I | Q | S | I | W | S | R | L | Q | E | T | G | L | R | G | K | C | E | A | I | R | G | R | K | A | T | L | E | E | L | Q | T | V | H | S | E | A | H | T | L | L | Y | G | T | N | P | L | V | D | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | G | G | G | S | T | S | S | T | T | T | S | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | D | T | I | W | N | E | V | H | S | A | G | A | A | R | L | A | V | G | C | V | V | E | L | V | F | K | V | A | T | G | E | L | K | N | G | F | A | V | V | R | P | P | G | H | H | A | E | E | S | T | P | M | G | F | C | Y | F | N | S | V | A | V | A | A | K | L | L | Q | Q | R |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | T | T | T | S | S | S | S | S | T | T | B | T | T | B | B | T | T | B | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | L | S | V | S | K | I | L | I | V | D | W | D | V | H | H | G | N | G | T | Q | Q | A | F | Y | S | D | P | S | V | L | Y | M | S | L | H | R | Y | D | D | G | N | F | F | P | G | S | G | A | P | D | E | V | G | T | G | P | G | V | G | F | N | V | N | M | A | F | T | G | G | L |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | S | T | T | T | T | T | T | T | T | S | T | T | T | T | S | G | G | G | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | D | P | P | M | G | D | A | E | Y | L | A | A | F | R | T | V | V | M | P | I | A | S | E | F | A | P | D | V | V | L | V | S | S | G | F | D | A | V | E | G | H | P | T | P | L | G | G | Y | N | L | S | A | R | C | F | G | Y | L | T | K | Q | L | M | G | L | A | G | G | R | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | T | S | T | T | B | T | T | S | T | T | S | B | T | T | S | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 340 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 350 |
Sequence | V | L | A | L | E | G | G | H | D | L | T | A | I | C | D | A | S | E | A | C | V | S | A | L | L | G | N | E | L | D | P | L | P | E | K | V | L | Q | Q | R | P | N | A | N | A | V | R | S | M | E | K | V | M | E | I | H | S | K | Y | W | R | C | L | Q | R | T | T | S | T | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | T | G | G | G | T | S | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 360 | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | G | R | S | L | I | E | A | Q | T | C | E | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | T |
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