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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c2v84A_ | PDB header: transport protein | Chain: A: PDB Molecule: spermidine/putrescine abc transporter, | PDBTitle: crystal structure of the tp0655 (tppotd) lipoprotein of2 treponema pallidum |
Added to library: Tue Mar 16 12:26:33 2010 | |
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Sequence | D | V | L | Y | L | Y | N | W | T | Y | Y | T | P | T | S | L | I | K | K | F | E | Q | Q | Y | N | V | Q | V | V | Y | D | D | Y | A | S | N | E | D | M | F | A | K | L | S | I | G | A | S | G | Y | D | L | V | V | P | S | G | D | F | V | S | I | M | K | R | K | H | L | L | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | T | S | S | S | S | S | S | B | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | K | I | D | L | S | K | I | P | N | V | Q | F | I | K | E | S | V | R | A | R | I | A | Y | D | P | K | M | E | Y | S | V | P | Y | Y | L | G | A | A | G | I | A | V | N | K | K | A | V | P | S | Y | A | R | T | W | S | I | F | S | R | K | D | L | A | Y | R | M | S | M | M | D |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | G | G | G | G | G | B | T | T | S | T | T | S | S | T | T | T | S | S | S | G | G | G | G | G | G | G | G | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | D | M | R | E | V | M | G | A | A | L | A | S | L | G | Y | N | V | N | T | K | N | E | Q | E | L | A | Q | A | A | I | L | V | T | D | H | W | K | P | N | L | V | K | F | D | S | D | G | Y | A | K | S | F | A | S | G | D | F | V | V | A | H | G | F | A | E | A | F | F | A | E |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | G | G | G | S | S | S | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | T | P | E | A | M | H | E | H | I | D | F | F | I | P | Q | D | V | A | S | P | V | Y | V | D | S | F | C | I | P | K | G | A | R | N | R | D | L | A | H | A | F | I | N | F | F | L | E | P | A | H | Y | A | E | F | L | D | T | F | G | F | P | S | T | I | H | R | E | A | A | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | G | G | G | G | G | G | T | T | T | T | B | T | T | S | T | S | T | S | S | B | T | T | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | ||||
Sequence | Y | Q | K | K | T | P | Y | Y | S | E | H | D | L | E | R | G | T | L | K | T | D | V | G | A | A | I | E | H | Y | N | A | H | W | N | A | V | R | F | R | |||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | S | S | S | G | G | G | G | S | S | S | G | G | G |
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