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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c2g77A_ | PDB header: hydrolase activator/protein transport | Chain: A: PDB Molecule: gtpase-activating protein gyp1; | PDBTitle: crystal structure of gyp1 tbc domain in complex with rab332 gtpase bound to gdp and alf3 |
Added to library: Tue Mar 16 12:58:38 2010 | |
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Sequence | Q | E | L | N | S | I | I | Q | R | I | S | K | F | D | N | I | L | K | D | K | T | I | I | N | Q | Q | D | L | R | Q | I | S | W | N | G | I | P | K | I | H | R | P | V | V | W | K | L | L | I | G | Y | L | P | V | N | T | K | R | Q | E | G | F | L | Q | R | K | R | K | E | Y |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | B | T | T | T | T | T | T | T | S | S | B | G | G | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | R | D | S | L | K | H | T | F | S | D | Q | H | S | R | D | I | P | T | W | H | Q | I | E | I | D | I | P | R | T | N | P | H | I | P | L | Y | Q | F | K | S | V | Q | N | S | L | Q | R | I | L | Y | L | W | A | I | R | H | P | A | S | G | Y | V | Q | G | I | N | D | L | V | T |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | T | T | S | G | G | G | S | S | T | T | S | G | G | G | G | S | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | P | F | F | E | T | F | L | T | E | Y | L | P | P | S | Q | I | D | D | V | K | I | K | D | P | S | T | Y | M | V | D | E | Q | I | T | D | L | E | A | D | T | F | W | C | L | T | K | L | L | E | Q | I | T | D | N | Y | I | H | G | Q | P | G | I | L | R | Q | V | K | N | L | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | G | S | G | G | G | G | G | G | T | T | T | S | G | G | G | T | S | T | T | G | G | G | S | S | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | Q | L | V | K | R | I | D | A | D | L | Y | N | H | F | Q | N | E | H | V | E | F | I | Q | F | A | F | R | W | M | N | C | L | L | M | R | E | F | Q | M | G | T | V | I | R | M | W | D | T | Y | L | S | E | T | S | Q | Q | S | S | L | N | E | F | H | V | F | V | C | A | A | F |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | T | T | T | G | G | G | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 290 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 300 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 310 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 320 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 330 | . | |||||||
Sequence | L | I | K | W | S | D | Q | L | M | E | M | D | F | Q | E | T | I | T | F | L | Q | N | P | P | T | K | D | W | T | E | T | D | I | E | M | L | L | S | E | A | F | I | W | Q | S | L | Y | K | D | A | T | |||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | S | T | T | T | S |
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