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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c1qz1A_ | PDB header: cell adhesion | Chain: A: PDB Molecule: neural cell adhesion molecule 1, 140 kda isoform; | PDBTitle: crystal structure of the ig 1-2-3 fragment of ncam |
Added to library: Tue Mar 16 12:04:46 2010 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | V | L | Q | V | D | I | V | P | S | Q | G | E | I | S | V | G | E | S | K | F | F | L | C | Q | V | A | G | D | A | K | D | K | D | I | S | W | F | S | P | N | G | E | K | L | S | P | N | Q | Q | R | I | S | V | V | W | N | D | D | D | S | S | T | L | T | I | Y | N | A | N | I |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | S | S | T | T | S | S | S | T | T | S | B | S | S | S | S | T | T | S | G |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | D | D | A | G | I | Y | K | C | V | V | T | A | E | D | G | T | Q | S | E | A | T | V | N | V | K | I | F | Q | K | L | M | F | K | N | A | P | T | P | Q | E | F | K | E | G | E | D | A | V | I | V | C | D | V | V | S | S | L | P | P | T | I | I | W | K | H | K | G | R | D | V |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | G | G | T | T | S | S | S | S | T | T | S | S | S | T | T | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | I | L | K | K | D | V | R | F | I | V | L | S | N | N | Y | L | Q | I | R | G | I | K | K | T | D | E | G | T | Y | R | C | E | G | R | I | L | A | R | G | E | I | N | F | K | D | I | Q | V | I | V | N | V | P | P | T | V | Q | A | R | Q | S | I | V | N | A | T | A | N | L | G |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | T | T | T | T | S | T | T | G | G | G | G | G | G | T | S | S | T | T | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 230 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 240 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 250 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 260 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 270 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 280 |
Sequence | Q | S | V | T | L | V | C | D | A | D | G | F | P | E | P | T | M | S | W | T | K | D | G | E | P | I | E | N | E | D | D | E | K | H | I | F | S | D | D | S | S | E | L | T | I | R | N | V | D | K | N | D | E | A | E | Y | V | C | I | A | E | N | K | A | G | E | Q | D | A | S |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | S | T | T | S | S | T | T | S | S | G | G | G | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | I | H | L | K | V | F | A | K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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